Wątki bez odpowiedzi | Aktywne wątki Teraz jest N mar 24, 2019 6:37



Odpowiedz w wątku  [ Posty: 56 ]  Przejdź na stronę Poprzednia strona  1, 2, 3, 4  Następna strona
 Czyż to nie Cud? 
Autor Wiadomość

Dołączył(a): Cz lis 01, 2018 13:16
Posty: 175
Post Re: Czyż to nie Cud?
proteom napisał(a):
Wybawiony napisał(a):
Czyżbyś należał do tych, którzy mają nadzieję, że kiedy wszystko już wyjaśnimy, to wyeliminujemy Boga z istniejącej rzeczywistości? Problem w tym, że nigdy do tego nie dojdzie, gdyż każdy uczciwy naukowiec powie Ci, że im więcej wiemy, tym więcej nowych pytań się przed nami pojawia.

Z czym konkretnie polemizujesz?

Z sugestią Robka, że człowiek przypisuje Bogu tylko to, czego mechanizmu działania nie rozumie, a ponieważ wiedza "idzie do przodu", to przypisywanie Bogu czegokolwiek jest (w domyśle) głupie.


Wt mar 12, 2019 13:00
Zobacz profil
Avatar użytkownika

Dołączył(a): So gru 20, 2014 19:04
Posty: 4837
Post Re: Czyż to nie Cud?
Wybawiony napisał(a):
Czyżbyś należał do tych, którzy mają nadzieję, że kiedy wszystko już wyjaśnimy, to wyeliminujemy Boga z istniejącej rzeczywistości? Problem w tym, że nigdy do tego nie dojdzie, gdyż każdy uczciwy naukowiec powie Ci, że im więcej wiemy, tym więcej nowych pytań się przed nami pojawia.



To Bóg jest potrzebny do tego żeby, wyjaśniać otaczającą nas rzeczywistość?

Przecież jeśli by udało sie udowodnić, że to chrześcijański Bóg stworzył świat, to wtedy już nie byłoby żadnej wiary, by była jedynie wiedza.



proteom napisał(a):
Gdzie pisałem o Bogu? Proszę czytać ze zrozumieniem. Nie kto, ale co modyfikuje histony, to już dobrze wiemy: są to liczne białka, choć wszystkich jeszcze nie poznaliśmy.



Z uwagi na specyfike tego forum, przyszło mi do głowy, że widzisz w tym Boga, który modyfikuje te histony.

_________________
Wymyśliłem swoje życie od początku do końca bo to, które dostałem mi się nie podobało.


Wt mar 12, 2019 20:03
Zobacz profil
Avatar użytkownika

Dołączył(a): Cz sty 22, 2009 8:40
Posty: 992
Post Re: Czyż to nie Cud?
zefciu napisał(a):
proteom napisał(a):
Co jednak ( jaki czynnik; informacja) integruje materialne procesy zachodzące w epigenomie?
A skąd sugestia, że coś takiego (jakiś jeden centralny czynnik) musi to wszystko „integrować” (cokolwiek to znaczy). Mechanizmy epigenetyczne powstały w drodze ewolucji tak samo jak informacja genetyczna. Normalnym jest zatem to, że nie ma żadnego centralnego planu, który nimi kieruje.

Czy posiadasz jakąś wiedzę z epigenetyki? Polecam książkę https://www.researchgate.net/profile/Is ... orders.pdf rozdział 2. Bez znajomości podstaw trudna będzie dyskusja.


Śr mar 13, 2019 12:04
Zobacz profil
Moderator

Dołączył(a): Pn cze 21, 2004 18:27
Posty: 6747
Post Re: Czyż to nie Cud?
proteom napisał(a):
Czy posiadasz jakąś wiedzę z epigenetyki?
Zobaczymy. Przedstaw swoje argumenty, to się okaże, czy moja wiedza na ten temat jest wystarczająca, aby je zrozumieć, czy nie.

_________________
მიჯნურობა სხვა რამეა, არ სიძვისა დასადარი:
იგი სხვაა, სიძვა სხვაა, შუა უზის დიდი მზღვარი


Śr mar 13, 2019 12:09
Zobacz profil
Avatar użytkownika

Dołączył(a): Cz sty 22, 2009 8:40
Posty: 992
Post Re: Czyż to nie Cud?
zefciu napisał(a):
proteom napisał(a):
Czy posiadasz jakąś wiedzę z epigenetyki?
Zobaczymy. Przedstaw swoje argumenty, to się okaże, czy moja wiedza na ten temat jest wystarczająca, aby je zrozumieć, czy nie.

Co w takim razie decyduje o epigenomie?


Śr mar 13, 2019 12:17
Zobacz profil
Moderator

Dołączył(a): Pn cze 21, 2004 18:27
Posty: 6747
Post Re: Czyż to nie Cud?
proteom napisał(a):
Co w takim razie decyduje o epigenomie?
Co to znaczy „decydować o epigenomie”? Skąd założenie, że musi być jakieś jedne „coś”, co samo „decyduje o epigenomie”?

_________________
მიჯნურობა სხვა რამეა, არ სიძვისა დასადარი:
იგი სხვაა, სიძვა სხვაა, შუა უზის დიდი მზღვარი


Śr mar 13, 2019 12:20
Zobacz profil
Avatar użytkownika

Dołączył(a): Cz sty 22, 2009 8:40
Posty: 992
Post Re: Czyż to nie Cud?
zefciu napisał(a):
proteom napisał(a):
Co w takim razie decyduje o epigenomie?
Co to znaczy „decydować o epigenomie”? Skąd założenie, że musi być jakieś jedne „coś”, co samo „decyduje o epigenomie”?

decydować https://sjp.pl/decydowa%C4%87
Co odgrywa zasadniczą rolę, o epigenomie https://pl.wikipedia.org/wiki/Epigenom w komórce, czy w wariancie prostszym - określonym genie lub zestawie genów. Zgadzasz się, że epigenom decyduje o genach. Co jednak rozstrzyga o zintegrowanym: specyficznym i selektywnym epigenomie?


Śr mar 13, 2019 12:39
Zobacz profil
Moderator

Dołączył(a): Pn cze 21, 2004 18:27
Posty: 6747
Post Re: Czyż to nie Cud?
proteom napisał(a):
Następna taka chamska wstawka – wątek ląduje w koszu
Cytuj:
Co odgrywa zasadniczą rolę
Ponawiam pytanie – skąd wniosek, że musi istnieć jakieś jedno „coś”, co decyduje. Epigenom modyfikowany jest przez różne mechanizmy, których działanie wynika z różnych czynników zewnętrznych i wewnętrznych.
Cytuj:
Zgadzasz się, że epigenom decyduje o genach.
Co to znaczy „epigenom decyduje o genach?” Epigenom reguluje ekspresję genów.
Cytuj:
Co jednak rozstrzyga o zintegrowanym: specyficznym i selektywnym epigenomie?
Co to znaczy?

_________________
მიჯნურობა სხვა რამეა, არ სიძვისა დასადარი:
იგი სხვაა, სიძვა სხვაა, შუა უზის დიდი მზღვარი


Śr mar 13, 2019 12:46
Zobacz profil
Avatar użytkownika

Dołączył(a): Cz sty 22, 2009 8:40
Posty: 992
Post Re: Czyż to nie Cud?
Cytuj:
Ponawiam pytanie – skąd wniosek, że musi istnieć jakieś jedno „coś”, co decyduje. Epigenom modyfikowany jest przez różne mechanizmy, których działanie wynika z różnych czynników zewnętrznych i wewnętrznych.

Czy wg Ciebie działanie epigenomu jest przypadkowe, czy też zintegrowane/skoordynowane/ukierunkowane na ekspresję specyficznych genów w określonym miejscu i czasie przy udziale specyficznych/selektywnych czynników np. modyfikacji histonów, specyficznych czynnikow transkrypcyjnych?
Cytuj:
Co to znaczy „epigenom decyduje o genach?” Epigenom reguluje ekspresję genów.

Zgadzam się. Co jednak koordynuje ten skomplikowany proces, wieloetapowy proces?https://pl.wikipedia.org/wiki/Ekspresja_genu Przypadkowe białka i RNA w przypadkowych etapach?
proteom
Cytuj:
Co jednak rozstrzyga o zintegrowanym: specyficznym i selektywnym epigenomie?

zefciu
Cytuj:
Co to znaczy?
To w praktyce oznacza, iż komórka musi "wiedzieć", jakie mechanizmy (np. specyficzne białka) użyć w ekspresji określonych genów na określonym etapie. Skąd posiada o tym informację? Postaram Ci się to pokazać na przykładzie jakiegoś genu pospolitych drożdży i to tylko na etapie regulacji transkrypcji - w czym jest problem.


Cz mar 14, 2019 12:26
Zobacz profil
Moderator

Dołączył(a): Pn cze 21, 2004 18:27
Posty: 6747
Post Re: Czyż to nie Cud?
proteom napisał(a):
Czy wg Ciebie działanie epigenomu jest przypadkowe, czy też zintegrowane/skoordynowane/ukierunkowane na ekspresję specyficznych genów w określonym miejscu i czasie przy udziale specyficznych/selektywnych czynników np. modyfikacji histonów, specyficznych czynnikow transkrypcyjnych?
Działanie epigenomu jest produktem ewolucji. Utrwaliły się w jego działaniu takie mechanizmy, które były ewolucyjnie promowane. Zatem jego działanie sprzyja przetrwaniu genów, podobnie jak działanie innych mechanizmów w organizmach żywych. Nie oznacza to jednak, że jest coś, co działanie epigenomu „integruje”.
Cytuj:
Zgadzam się. Co jednak koordynuje ten skomplikowany proces, wieloetapowy proces?
Nie mamy przesłanek, aby twierdzić, że musi istnieć coś jednego, co ten proces koordynuje. Jeśli jakiś etap tego procesu nie zadziała, to będzie to zmiana letalna.
Cytuj:
To w praktyce oznacza, iż komórka musi "wiedzieć", jakie mechanizmy (np. specyficzne białka) użyć w ekspresji określonych genów na określonym etapie. Skąd posiada o tym informację?
Informacja ta jest przekazywana molekularnie przy pomocy produktów określonych genów. Obecnie mamy to jako tako opisane u Drosophilae. Są to między innymi gap genes, pair rule genes i geny Hox przez nie regulowane.

_________________
მიჯნურობა სხვა რამეა, არ სიძვისა დასადარი:
იგი სხვაა, სიძვა სხვაა, შუა უზის დიდი მზღვარი


Cz mar 14, 2019 12:47
Zobacz profil
Avatar użytkownika

Dołączył(a): Cz sty 22, 2009 8:40
Posty: 992
Post Re: Czyż to nie Cud?
Cytuj:
Działanie epigenomu jest produktem ewolucji. Utrwaliły się w jego działaniu takie mechanizmy, które były ewolucyjnie promowane. Zatem jego działanie sprzyja przetrwaniu genów, podobnie jak działanie innych mechanizmów w organizmach żywych. Nie oznacza to jednak, że jest coś, co działanie epigenomu „integruje”.

Nie wiem czemu poruszasz problem pochodzenia (ewolucji) epigenomu, tym bardziej, że temu nie przeczę? To, że epigenom powstał drogą ewolucji, nie zaprzecza, że do swego prawidłowego funkcjonowania wymaga integracji.
Cytuj:
Nie mamy przesłanek, aby twierdzić, że musi istnieć coś jednego, co ten proces koordynuje. Jeśli jakiś etap tego procesu nie zadziała, to będzie to zmiana letalna.

Nie wiem, czy to jest jeden czynnik ( np. niematerialna siła życiowa), ale działanie całego epigenomu wpływającego na ekspresję genów wymaga regulacji na różnych poziomach. Czy ta regulacja wymaga koordynacji/integracji - to oczywiste. Chyba nie twierdzisz, że regulacja ekspresji tysięcy genów na różnych poziomach przez specyficzne czynniki ( białka i/lub RNA) jest przypadkowa? Komórka wybiera określony mechanizm poprzez selektywną rekrutację specyficznych makrocząsteczek do specyficznego etapu ekspresji określonego genu np. zróżnicowane czynniki transkrypcyjne (TF) do aktywacji lub represji inicjacji transkrypcji. To nie są przypadkowe, losowe TF, bo akurat sobie podróżują w jądrze komórkowym. Komórka rekrutuje te specyficzne i je tam transportuje - właściwe dla: 1. danego genu 2. miejsca w genie 3. warunków środowiska ( wewnętrzne i zewnętrzne) 4. faza cyklu komórkowego.
Cytuj:
Informacja ta jest przekazywana molekularnie przy pomocy produktów określonych genów. Obecnie mamy to jako tako opisane u Drosophilae. Są to między innymi gap genes, pair rule genes i geny Hox przez nie regulowane.

Gap genes kodują czynniki transkrypcyjne regulujące pair rule genes ( geny zaangażowane w rozwój segmentowanych zarodków owadów) https://en.wikipedia.org/wiki/Pair-rule_gene Te procesy wymagają integracji epigenomu, chocby poprzez specyficzną regulację określonych grup genów na specyficznym poziomie np. inicjacji transkrypcji. Jeśli np. Gap genes zostaną włączone, to komórka musi wiedzieć, jakich mechanizmów ma użyć, aby tego dokonać. To wymaga integracji procesu w zakresie czasowo-przestrzenno-ilościowo-jakościowym.


Cz mar 14, 2019 21:10
Zobacz profil
Avatar użytkownika

Dołączył(a): Cz sty 22, 2009 8:40
Posty: 992
Post Re: Czyż to nie Cud?
Teraz chciałbym Ci przedstawić problem, jaki ma komórka pospolitych drożdży Saccharomyces cerevisiae już tylko na pierwszym i najważniejszym etapie ekspresji genu - inicjacji transkrypcji ( aktywacji i/lub represji). Skorzystałem z największej i regularnie aktualizowanej bazy TF drożdży http://www.yeastract.com/index.php służącej do analizy transkrypcji genów tego organizmu poprzez różne TF. Od ostatniej aktualizacji w czerwcu 2017 r. YEASTRACT obejmuje około 163000 powiązań regulacyjnych między czynnikami transkrypcyjnymi (TF) a genami docelowymi w S. cerevisiae, w oparciu o ponad 1600 odniesień bibliograficznych; obejmuje również 247 konkretnych wiążących konsensusów DNA regulowanych przez 113 TF. Można sobie m.in. wybrać warunki, w jakich dany gen podlega ekspresji i zobaczyć jakie TF wtedy go regulują. Za przykład biorę gen białka histon HHT2 w warunkach bezstresowych w logarytmicznej fazie wzrostu (Unstressed log-phase growth control).
TF, które bezpośrednio udokumentowano wiązanie specyficzne z promotorem jest 7 np. Met28p,Met4p.
TF, które pośrednio udokumentowano wiązanie z promotorem jest aż 43, tylko wiążą się w sposób niespecyficzny, czyli niezgodny z sekwencją konsensusową charakterystyczną dla danego TF. Jeśli chcemy wiedzieć, jakie TF wiążą się z promotorem w specyficznych warunkach, to np. zaangażowane w synchronizację cyklu komórkowego są tylko 3: Yox1p, Yhp1p, Swi4p( tylko ten wiąże się specyficznie). TF zaangażowane w regulację w zależności od dostępności azotu: Flo8p ,Sfp1p ( oba niespecyficznie). Można dalej szukać TF w zależności od określonych warunków np. stres, dostępność tlenu itd. Będą to inne TF. Na czym polega integracja? Komórka drożdży posiada potencjalnie 117 TF, ale tylko część jest w ciągłym użyciu. Wiele ( większość?) jest nieobecna i dopiero w określonych warunkach jest używana do regulacji specyficznych genów. W przypadku genu HHT2 w warunkach dostępności azotu: 1. musi dokonać najpierw specyficznych modyfikacji specyficznych histonów w specyficznym miejscu np. promotor. 2. musi rekrutować specyficzne TF: lo8p i Sfp1p i dostarczyć je do promotora, spośród wielu TF, a nawet wielu białek obecnych w jadrze. Proces jest selektywny i specyficzny- zarówno w czasie, jak i przestrzeni, więc wymaga koordynacji przez czynnik integrujący, którego mechanizm działania i natura pozostają zagadkowe. Jeśli potrafisz wyjaśnić regulację genu HHT2 bez postulowania czynnika integrującego - czekam na propozycję. Zauważ, jak problem robi się skomplikowany, gdy uświadomimy sobie, że komórka musi w sposób skoordynowany i selektywny regulować tysiące genów i to nie tylko na poziomie inicjacji transkrypcji, ale splicingu https://pl.wikipedia.org/wiki/Splicing# ... ternatywny, transportu m-RNA, modyfikacji i transportu białka itd.


Cz mar 14, 2019 22:32
Zobacz profil

Dołączył(a): Pn sty 08, 2018 21:10
Posty: 162
Post Re: Czyż to nie Cud?
Do czego właściwie zmierzasz tym swoim wywodem? W komórkach traszek ma miejsce jakieś pogwałcenie praw natury? Atomy się pojawiają z powietrza, całość trzyma jakieś pole siłowe, czy może każdy zachodzący tam proces to normalna reakcja chemiczna regulowana przez geny?


Pt mar 15, 2019 9:17
Zobacz profil
Moderator

Dołączył(a): Pn cze 21, 2004 18:27
Posty: 6747
Post Re: Czyż to nie Cud?
proteom napisał(a):
Nie wiem czemu poruszasz problem pochodzenia (ewolucji) epigenomu, tym bardziej, że temu nie przeczę? To, że epigenom powstał drogą ewolucji, nie zaprzecza, że do swego prawidłowego funkcjonowania wymaga integracji.
To że epigenom potrzebuje integracji jest właśnie tezą, którą trzeba wykazać. Gdyby powstawał on na stole projektowym, moglibyśmy oczekiwać, że będzie zaprojektowany właśnie z jakąś „integracją”, bo tak maszyny projektują ludzkie umysły (choć w dzisiejszym komputerze obliczenia są znacznie bardziej rozproszone, niż w dawnych konstrukcjach)
Cytuj:
Czy ta regulacja wymaga koordynacji/integracji - to oczywiste.
Aha. Czyli mamy ostateczny argument logiczny: „to oczywiste”. Dla mnie jednak nie jest oczywiste, więc jeśli to jedyny argument, to wątek można zamknąć.
Cytuj:
Chyba nie twierdzisz, że regulacja ekspresji tysięcy genów na różnych poziomach przez specyficzne czynniki ( białka i/lub RNA) jest przypadkowa?
A kto mówi o przypadkowości? Te elementy mogą ze sobą współdziałać bez istnienia jakiejś centralnej integracji.
Cytuj:
Komórka wybiera
A to już antropomorfizacja. Równie dobrze możemy powiedzeć, że komórka jest programowana do wykonania określonego mechanizmu.
Cytuj:
To wymaga integracji procesu w zakresie czasowo-przestrzenno-ilościowo-jakościowym.
No i ta „integracja” zachodzi przy pomocy mechanizmów molekularnych. Ale nadal nie ma potrzeby jakiegoś centralnego czynnika „integrującego”.

_________________
მიჯნურობა სხვა რამეა, არ სიძვისა დასადარი:
იგი სხვაა, სიძვა სხვაა, შუა უზის დიდი მზღვარი


Pt mar 15, 2019 10:46
Zobacz profil
Avatar użytkownika

Dołączył(a): Cz sty 22, 2009 8:40
Posty: 992
Post Re: Czyż to nie Cud?
zefciu
Cytuj:
A kto mówi o przypadkowości? Te elementy mogą ze sobą współdziałać bez istnienia jakiejś centralnej integracji.

Co zatem koordynuje ilościowo-jakościowo-czasowo-przestrzennie współdziałanie ( jak nie lubisz słowa integracja) epigenomu, a konkretnie poziomy ekspresji genów np. inicjację transkrypcji? Samo się koordynuje?
http://www.zo.utexas.edu/faculty/sjaspe ... s/19.7.gif Każdy z tych etapów wymaga specyficznych i selektywnych mechanizmów, w tym makrocząsteczek dostarczanych w odpowiednie miejsce i w odpowiednim czasie. To się nie dzieje przypadkowo. Paradoks polega na tym, że pomimo niemal nieskończonej liczby przypadkowych zderzeń cząsteczek i makrocząsteczek, następuje skoordynowana selekcja w sposób specyficzny i selektywnych tych, które mają sens biologiczny np. zapewniają prawidłową ekspresję tysięcy genów. Jak w tym gąszczu molekularnym, komórka potrafi skoordynować w sposób sensowny biologiczne liczne procesy?
https://www.youtube.com/watch?v=2fobDHHl11c (symulacja bardzo uproszczona, bo pokazane są tylko nieliczne makrocząsteczki)
Cytuj:
Równie dobrze możemy powiedzeć, że komórka jest programowana do wykonania określonego mechanizmu.

Akurat z tym się zgodzę.
Cytuj:
No i ta „integracja” zachodzi przy pomocy mechanizmów molekularnych. Ale nadal nie ma potrzeby jakiegoś centralnego czynnika „integrującego”.

Problemem nie jest to, że zachodzi przy pomocy mechanizmów molekularnych, tylko to, czy te mechanizmy ( przede wszystkim makrocząsteczki) działają w sposób skoordynowany (w sposób, o jakim już pisałem) - co jest czynnikiem koordynującym ten złożony proces? Nie wiem, czy to jest jeden, czy kilka czynników, ale to współdziałanie jest skoordynowane.
Schemat: czynnik integrujący - epigenom - geny.


N mar 17, 2019 10:53
Zobacz profil
Wyświetl posty nie starsze niż:  Sortuj wg  
Odpowiedz w wątku   [ Posty: 56 ]  Przejdź na stronę Poprzednia strona  1, 2, 3, 4  Następna strona

Nie możesz rozpoczynać nowych wątków
Nie możesz odpowiadać w wątkach
Nie możesz edytować swoich postów
Nie możesz usuwać swoich postów
Nie możesz dodawać załączników

Szukaj:
Skocz do:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Designed by Vjacheslav Trushkin for Free Forums/DivisionCore.
Przyjazne użytkownikom polskie wsparcie phpBB3 - phpBB3.PL