O.dr dyr. Rydzyk właśnie naucza - nie mówić Bóg, Jezus tylko z szacunkiem Pan Bóg i Pan Jezus. Nie z Bogiem, a z Panem Bogiem. Bo co inne - od lewactwa jest.

Nie jestem biochemikiem ani genetykiem, dlatego nie mam szczegółowej wiedzy na temat regulacji genów w jednokomórkowcach. Tracenie teraz czasu, aby zapoznać się z tymi procesami tylko po to, by móc Ci to wyjaśnić, nie ma nie tylko sensu, ale również potrzeby w kontekście obrony mojej pierwotnej tezy. Moja argumentacja opiera się na ogólnych zasadach genetyki i biologii, które już omówiliśmy, a nie na szczegółach molekularnych, które nie wpływają na główny temat naszej dyskusji. Twoje pytanie dotyczy bardzo specyficznego poziomu szczegółowości, który nie jest kluczowy dla ogólnej dyskusji na temat makroewolucji.

Źródła, które wcześniej podawałem, takie jak książki Stephena Meyera czy biochemika Michaela Behe, jasno i przystępnie wyjaśniają mechanizmy oraz prawa, jakimi rządzą się procesy genetyczne i biologiczne, bez potrzeby zagłębiania się w nadmierne szczegóły. Podobnie jak w fizyce – nie muszę szczegółowo objaśniać tensora różniczkowego, aby przekonać kogoś o słuszności teorii względności Einsteina. Wystarczy zrozumienie ogólnych zasad i praw fizyki, które tę teorię potwierdzają. Analogicznie, w tej dyskusji wystarczy opierać się na fundamentach biologii molekularnej i genetyki, zamiast wchodzić w zbyt drobiazgowy poziom biochemii, który nie zmienia istoty omawianego problemu.

Dlatego nie wiadomo dlaczego, próbujesz wejść w zbyt szczegółowy poziom biochemii, podczas gdy dyskutujemy fundamentalną zasadę. Nieważne, jak skomplikowane są mechanizmy regulacji genów:

- Wszystkie te informacje są zakodowane w DNA.
- System działa według tych instrukcji.
- I nie tworzy nowej informacji genetycznej.

To trochę jak pytać programistę systemu operacyjnego o:
- każdą linijkę kodu.
- każdą interakcję między procesami.
- i każdy szczegół techniczny.

Podczas gdy dyskutujemy, czy system operacyjny może stworzyć nowy program "z niczego/od zera", odwołując się do praw, na których jest oparty - zasad, które są niezmienne i podporządkowane ściśle określonym regułom działania. Przemieszczanie linijek kodu czy zmiana interakcji między procesami w systemie operacyjnym może prowadzić do nowych rezultatów, ale zawsze w granicach tych reguł. System operacyjny nie jest w stanie samodzielnie stworzyć czegoś zupełnie nowego, czego nie da się wyjaśnić za pomocą wcześniej wgranych zasad i kodu.

Kluczowe prawa i zasady dotyczące tej dyskusji zostały już omówione, w tym odwołanie się do praw Mendla, wyjaśnienie, czym jest DNA, jakie informacje genetyczne zawiera, oraz ogólne zasady, według których działa system genetyczny. Wszystkie te kwestie były wystarczająco przedstawione, by zrozumieć fundamenty biologii molekularnej i genetyki:

- Skomplikowanie mechanizmów nie zmienia fundamentalnego ograniczenia.
- System operuje na istniejącej informacji genetycznej.
- I nie może wykroczyć poza dostępną pulę genową.

Twoje pytanie jest interesujące, ale szczegóły biochemiczne, choć fascynujące, nie zmieniają fundamentalnego faktu - epigenetyka ani regulacja genów nie tworzą nowej informacji genetycznej potrzebnej do makroewolucji.

Moja argumentacja opiera się na braku empirycznych dowodów na procesy makroewolucyjne, a nie na szczegółowych mechanizmach molekularnych, które są domeną specjalistów. Jeśli uważasz, że poziom szczegółowości w Twoim pytaniu podważa moją argumentację, to chętnie usłyszę, jak Twoja odpowiedź wspiera ogólną teorię makroewolucji?

Mam jednak wrażenie, że koncentrujesz się na szczegółach, które, choć mogą być interesujące, nie wnoszą niczego nowego do głównej dyskusji o makroewolucji. To trochę jak próba wyciągnięcia wniosków o całym systemie operacyjnym na podstawie analizy jednej linijki kodu - zgłębianie tych detali nie odpowiada na kluczowe pytanie, czy system może stworzyć coś nowego 'z niczego'. Dlatego chciałbym zrozumieć, co konkretnie próbujesz udowodnić, skupiając się na tym poziomie szczegółowości, i jak to wspiera argumenty za makroewolucją?


Jednocześnie warto zauważyć, że nie muszę być ekspertem od każdego aspektu biologii molekularnej, by wskazywać, że skomplikowanie mechanizmów regulacji nie rozwiązuje problemu braku mechanizmu tworzenia nowej informacji genetycznej.


Dlatego nie ma potrzeby wchodzenia aż w takie szczegóły....... jeszcze raz......

Skąd komórka wie, jakich TF użyć?

Z DNA! Przykład HHT1, który podałeś, świetnie ilustruje ten proces:
- DNA koduje same czynniki transkrypcyjne (Fkh2p, Msn2p, itd.).
- DNA zawiera sekwencje rozpoznawane przez te TF.
- DNA określa miejsca ich wiązania – czyli promotory.

Te dane z bazy YEASTRACT pokazują:
- Złożony system regulacji
- Wiele czynników transkrypcyjnych
- Skomplikowane interakcje

ALE: wszystko to jest zakodowane w DNA! Cały ten złożony system jest już zapisany w genomie, nie tworzy nowych informacji spoza puli genowej, tylko wykonuje istniejące instrukcje.


"skąd komórka czerpie informacje":

Wszystkie informacje regulacyjne pochodzą z DNA:
- Geny kodują czynniki transkrypcyjne (TF).
- DNA zawiera sekwencje, które te TF rozpoznają.
- DNA określa, gdzie, kiedy i jak mogą działać.

To, co pokazuje baza, to już zapisany w genomie kod, który jest wykorzystywany przez komórkę. DNA zawiera instrukcje do wykonania, ale nie tworzy nowych informacji poza tym, co już istnieje.

To nie wspiera makroewolucji, bo:
- Cały system regulacji jest już zapisany w genomie.
- Nie tworzy nowych informacji spoza puli genowej.
- Tylko wykonuje istniejące instrukcje.

To jak rozbudowany program komputerowy - może mieć tysiące linijek kodu i złożone interakcje, ale nie może wykonać operacji, która nie jest w nim zapisana. Bo wszystkie możliwe operacje są zapisane w kodzie, system nie może wykonać czegoś, co nie jest w nim zaprogramowane.


Jeśli Twoim celem jest wykazanie, że w tych procesach kryje się możliwość generowania zupełnie nowej informacji genetycznej, to warto pamiętać, że:

Komórka czerpie informacje wyłącznie z już istniejącego genomu oraz zewnętrznych sygnałów, które są interpretowane na podstawie tego samego genomu. To DNA zawiera instrukcje do budowy i regulacji systemów, a wszelkie procesy, jakie obserwujemy – w tym epigenetyka, mutacje czy rekombinacje – operują wyłącznie w ramach już istniejącej informacji. Nie są one źródłem "czegoś z niczego", a jedynie modyfikacją, przestawianiem lub utratą informacji, która już wcześniej była obecna.

W tym kontekście procesy molekularne, choć skomplikowane i zaawansowane, nie prowadzą do tworzenia nowych informacji spoza istniejącego genomu. To jak komputer – bardzo zaawansowany, szybko przetwarzający dane, ale zawsze działający w ramach instrukcji, które zostały mu wcześniej wgrane. Komputer może przetwarzać informacje w sposób szybki i dokładny, ale nigdy nie wyjdzie poza zaprogramowane możliwości. Nie będzie kreatywny, nie wymyśli nowych algorytmów, jeśli nie zostanie do tego specjalnie zaprogramowany.

Tak samo w przypadku organizmu - genotyp zawiera zaprogramowane instrukcje, a procesy takie jak mutacje, epigenetyka czy rekombinacja operują na tych istniejących danych. Choć mogą prowadzić do różnorodnych wyników, wciąż pozostają w ramach ustalonych wcześniej instrukcji genetycznych. Takie procesy, choć mogą wydawać się "twórcze", w rzeczywistości tylko przestawiają, zmieniają lub usuwają istniejące informacje, które zostały zapisane w genomie.

Więc, jeśli uważasz, że szczegóły tych mechanizmów podważają moją argumentację, chętnie usłyszę, w jaki sposób Twoja odpowiedź wspiera teorię makroewolucji. A takie wchodzenie w szczegóły molekularne, które nie zmieniają fundamentalnych ograniczeń systemu genetycznego, jest jak tworzenie z igły widły - bardziej zaciemnia temat niż go rozjaśnia.

Ludzie! Czy po naszej dyskusji o DNA, jego strukturze i funkcjach, nie nasuwa się fundamentalne pytanie: Jak to możliwe? Jak to możliwe, że molekularny mechanizm, który przetwarza informacje z matematyczną precyzją, reaguje na bodźce w sposób uporządkowany i przewidywalny, działa według ścisłych reguł i zasad, a na dodatek zawiera kod genetyczny, który przypomina... język programowania?

Kiedy słyszę wyjaśnienia o "przypadkowym"(ewolucyjnym) powstaniu życia przez procesy abiotyczne, po prostu nie mogę w to uwierzyć! Czy naprawdę możemy wierzyć, że takie zaawansowane mechanizmy mogły powstać w wyniku:

- Przypadkowych reakcji chemicznych, które miałyby stworzyć kod życia?
- Losowych wyładowań atmosferycznych, które miałyby uformować precyzyjne struktury biologiczne?
- Nieukierunkowanych procesów geologicznych, które miałyby stworzyć systemy tak złożone jak DNA?

To tak, jakbyśmy twierdzili, że huragan przechodzący przez złomowisko mógłby przypadkowo złożyć działający samolot. Geny w naszym DNA to nie zbiór prostych związków chemicznych – to precyzyjnie zaprogramowana maszyneria molekularna, której działanie jest tak skomplikowane, że wciąż nie rozumiemy wszystkich jej aspektów, mimo ogromnych postępów w nauce i technologii!

Zastanówmy się, jak nawet współczesna nauka z jej najnowszymi osiągnięciami nie potrafi odtworzyć wszystkich procesów związanych z działaniem DNA. Jak zatem możemy założyć, że powstało ono przez przypadek/ewolucją?

Czy nie jest logiczniejszym wnioskiem, że za powstaniem tego niewyobrażalnie złożonego, precyzyjnego systemu stoi coś - albo raczej KTOŚ - o inteligentnym projekcie, który zaplanował to wszystko z niezrównaną precyzją?

O czym Ty piszesz? Bóg jest odkrywalny od samego początku - jest z człowiekiem, prowadzi go, przemawia do niego i pozostawia prorocze znaki, a na końcu daje spisane objawienie i Ducha Świętego do naszych "ciał/serc".

Gdyby Bóg nie był odkrywalny naszymi ludzkimi możliwościami i zmysłami - którymi normalnie nas obdarował - to nigdy byśmy Go nie poznali. Ale On chce mieć z nami osobistą relację.

Nie wiem, co to za filozofia, ale nie ma ona nic wspólnego z chrześcijaństwem.


Nie mogę się zgodzić z takim twierdzeniem. Biblia jasno pokazuje, że Bóg objawia się w przyrodzie, a Jego chwała jest widoczna w stworzeniu. Apostoł Paweł pisze, że "od stworzenia świata niewidzialne Jego przymioty - wiekuista Jego potęga oraz bóstwo - stają się widzialne dla umysłu przez Jego dzieła" (Rz 1:20). A jakie są "dzieła" Boga? Zacznijmy na początek od "stworzenia".....

Dawid w Psalmie 19 wyraźnie stwierdza: "Niebiosa głoszą chwałę Boga, dzieło rąk Jego nieboskłon obwieszcza" (Ps 19:2) - i wiele tego typu metafor jasno mówiących nam, że stworzenie, w tym przyroda jest świadectwem istnienia Boga. Sam zachwycał się Bożym stworzeniem i widział w nim Stwórcę. Również w Księdze Hioba Bóg objawia swoją potęgę poprzez opisy przyrody i zjawisk naturalnych (Hi 38-41).

To nie nauka prowadzi lub odwodzi od Boga - to ludzkie serce decyduje, jak interpretuje to, co widzi. Bóg dał nam przyrodę jako jeden ze sposobów poznawania Go, obok objawienia w Piśmie Świętym i przez Jezusa Chrystusa. Jeśli ktoś nie dostrzega Boga w przyrodzie, to - jak mówi Psalm 14:1 - "Głupi rzekł w swoim sercu: Nie ma Boga".


Niestety, ale dopóki będą takie niemerytoryczne opinie i zwykłe stwierdzenia powtarzane, to jak zauważę, będę je prostował...

Teoria ewolucji rzeczywiście zawiera szczegółowe mechanizmy jak dobór naturalny, specjacja czy selekcja - o których Biblia nie wspomina. Jednak w swoim ogólnym zarysie naukowym teoria ewolucji przedstawia historię życia biologicznego, a ten aspekt rzeczywistości jest właśnie opisany w Biblii.
Szczególnie istotne są biblijne opisy dotyczące powstania człowieka, stworzenia roślin i zwierząt oraz pojawienia się śmierci. Teoria ewolucji odnosi się do tych fundamentalnych kwestii - i właśnie na poziomie tych podstawowych prawd stoi w sprzeczności z przekazem biblijnym.

Stwierdzenie o zgodności ewolucji z Biblią jest więc nie tylko pozbawione merytorycznego uzasadnienia, ale stanowi przykład manipulacji faktami. Takie opinie wprowadzają w błąd i wymagają rzeczowej polemiki opartej na faktach, a nie na powierzchownych deklaracjach.


"Wszystko" rozumiem, ale szkoda, że te trafne rady podpierasz "takim wstępem" o ewolucji i Bogu...... przez to, nie do końca można wydedukować Twoją właściwą intencję tego postu....

Dostrzegam pewien paradoks w Twojej wypowiedzi. Wzywasz do międzyreligijnej miłości i wzajemnego zrozumienia, co jest bardzo szlachetne. Jednak czynisz to w sposób, który sam może pogłębiać podziały. Z jednej strony apelujesz o unikanie sporów, a z drugiej - rozpoczynasz od kategorycznych stwierdzeń o Bogu i ewolucji, zamykając przestrzeń do dialogu.

Twierdzisz, że dyskusja nie powinna "wchodzić w niuanse", ale jednocześnie sam przedstawiasz jednoznaczne stanowisko w tych sprawach. Czy nie jest to sprzeczne? Prawdziwy dialog i wzajemne zrozumienie wymagają gotowości do wysłuchania różnych perspektyw, a nie narzucania własnych poglądów jako jedynych słusznych, by następnie wzywać do zaprzestania dyskusji.

Nawołujesz do pokoju, ale sposób, w jaki to robisz - poprzez arbitralne stwierdzenia o Bogu i ewolucji, a następnie sugestię zaprzestania dyskusji - to raczej próba jednostronnego zamknięcia debaty na własnych warunkach. Czy to rzeczywiście służy budowaniu mostów między różnymi stanowiskami? Nawołujesz do pokoju, ale tylko na swoich warunkach - to trochę jak hipokryzja, bo w praktyce zamykasz możliwość dalszej wymiany zdań. Twój apel o miłość i zrozumienie może być łatwy do zaakceptowania, ale w kontekście tak silnych deklaracji, które zamykają przestrzeń dla innych poglądów, to raczej wprowadzasz zamęt i nieporozumienia.

Tak, jest odkrywany, ale nie jest odkrywalny. Przynajmniej dla człowieka wierzącego, który zdaje sobie sprawę jak wielka przepaść różni Boga od człowieka. Zarówno pod względem wiedzy, jak możliwości, sprawczości oraz Miłości. Łatwiej mrówce odkryć możliwości fizyczne i intelektualne człowieka, niż człowiekowi Boga.
Ale masz rację w tym zakresie, że człowiekowi, któremu się wydaje, że dorównał Bogu, może się wydawać też, że Go odkrył, że poznał Jego tajemnice. Ja czuje się mniejszym wobec Boga niż jednokomórkowiec w stosunku do najgenialniejszego człowieka.

Ale Ty masz swoje racje, swoją wiedzę (przekraczającą moją). Może rzeczywiście otrzymałeś łaskę dorównywania Stwórcy. Nie neguję tego, coś napisał, a jedynie wyjaśniam swoje stanowisko i postawę.

A co ma odkrywać człowiek wierzący? Za niego ktoś odkrył, wskazał i nakazał spożywać to co jemu smakowało. Nie poznając innych smaków, pokolenie PRL krzyczało Polo Cokta -to jest to, dziś Coca Cola - to jest to, a jutro może Coca Biden, czy Coca Putni to jest to. To nie jest język poszukującego, to język fanatyka wierzącego.

Zdecydowanie lepiej mrówce odkryć niż wierzącemu. Za mrówkę nikt niczego nie odkryje, nikt niczego nie nakaże i pod przymusem nie wskaże. Człowiek wierzący to człowiek niepoznający, a przyjmujący. Słusznie zauważyłeś, że zzujesz się mniejszy, bo w to uwierzyłeś, a nie odkryłeś.
PS
Idący, brawo, przestałeś negować, zaprzestałeś odprawiać modłów za adwersarza, a przynajmniej się tym chwalić na forum. Jak to mówił nieodżałowany śp. Stanisław Tym: Zmiany, zmiany, zmiany.
Filozofujmy, dyskutujmy, poznawajmy, uczmy się, odrzucajmy fanatyzm.
A, i jeszcze jedno, uważam, że wiedza nigdy nie jest twoja, to jest coś co zapożyczyłeś od innych, twoje może być jedynie doświadczenie.

Ciekawe spostrzeżenie.
Czy przedstawienie swojego stanowiska jest narzucaniem swojego poglądu? Sądzę, że nie. Czy gorące się sprzeciwianie temu co ktoś inny uważa za prawdziwe jest narzucaniem swojego poglądu? Raczej tak.
Czy rozmowa nie mogłaby wyglądać tak, że jedna osoba stwierdza, że wierzy w to, że Ziemia jest oparta na 3 słoniach, a drugi że na 3 żółwiach. Jeśli każdy powie, co myśli i dlaczego, to jest dialog. Jest ok. Ale gdy każdy zaprzecza zdaniu rozmówcy, usiłuje mu wykazać, że się myli, wypisuje epistoły, robi logiczne fikołki, aby tylko wykazać swoje, to już nie jest dyskusja, ale próba indoktrynacji.
Każdy ma prawo wierzyć. Każdy ma prawo czytać Biblię. Zarówno bezmyślnie i dosłownie, jak też logicznie ze zrozumieniem alegorii, porównań i innych form literackich.

Uważam, że dialog nie powinien polegać na negowaniu czyjegoś zdania, ale na przedstawianiu własnego. Dlatego bardzo niepodobna mi się powyżej zacytowany atak.

Jest mi przykro, że tak to odbierasz. Ma swoje zdanie i mam prawo je wypowiadać. Ty też je masz i z niego korzystasz. Uważam, przeciwnie niż Ty, że wypowiadanie własnego zdania zmniejsza podziały, gdyż poznaje się w ten sposób opinie innych. Natomiast unikanie wyrażania własnego zdanie prowadzi do głębokich podziałów, gdyż długo się kisi, aby w końcu wybuchnąć.

Tak jest. Przedstawiłem swoje stanowisko bez wchodzenia w niuanse. Zrobiłem to jednoznacznie i uczciwie. Bez owijania w bawełnę. Sztucznego łagodzenia.

Tak, dlatego tak uczyniłem. Wyjawiłem swoje poglądy bez wpierania ich komuś. Wyjawiłem to, co dla mnie jest słuszne. Bo nie potrafię za słuszne jednocześnie uznać iluś kolidujących ze sobą tez.

Nie, to nie próba. To przedstawienie mojego stanowiska. Bez próby naginania kogoś, przekabacania. Ale z zachętą do samodzielnego myślenia.

Uważam to za krzywdzące mnie stwierdzenie. Nikogo nie knebluję.
Nie mam zamiaru przekonywać płaskoziemcy o kulistości, ale mam prawo wyrazić swoje zdanie i ew. umotywować je. Zupełnie nie przeszkadza mi wiara w płaską Ziemię. Nie przeszkadza mi wiara w nieistnienie ewolucji, ani wiara w to, że Bóg miał na tyle związane ręce, że nie mógł posłużyć się ewolucją. Dla mnie t nielogiczne i sprzeczne z Biblią.

Istotną dla mnie jest natomiast wiara w to, że Bóg jest Stwórcą wszystkiego. W tym człowieka. Istotna jest wiara w to, że cała nasza rzeczywistość jest od początku dziełem Boga. Niestety dość mocno popsutym przez tych, których stworzył jako najwspanialsze istoty. I których wszystkich powołał do zbawienia. Ze świadomością, że korzystając z otrzymanych darów, wolnej woli i rozumu, wielu ludzi sprzeciwi Mu się i odrzuci zaproszenie do zbawienia.

Jeszcze jedno. Uważam, że obowiązkiem każdego kochającego Boga jest pomoc innym ludziom w drodze do zbawienia, całkowicie niezależnie od poglądów religijnych, społecznych czy politycznych.

Idący, nie nazbyt daleko posunąłeś się, nakładając obowiązki na Boga? Uważasz, że mimo swej wszechwiedzy i wszechmocy jest nieobowiązkowy?

Po prostu nie uważam, że ewolucja jest jak huragan a życie to samolot. Huragan nie złożyłby nawet młynka do mielenia mięsa.

Przeemek



Kodują prekursory tych białek. DNA nie zawiera pełnej informacji o ostatecznym produkcie ( np. modyfikacje post translacyjne) I jego lokalizacja w komórce.



1. DNA jest barierą dla transkrypcji i rozpoznawania przez TF - struktura chromatyny.

To dopiero modyfikacje w strukturze nukleosomów ( specyficzne, selektywne) mogą ją udostępnić dla transkrypcji. Tej inf. nie ma w DNA: jakie białka; kiedy i w jakich miejscach mają dokonać tego remodelingu w specyficznych genach.

Wiadomo, że ekspresja genów jest regulowana przez czynniki transkrypcyjne (TF) i modyfikacje histonowe (HM). Aby osiągnąć precyzyjną regulację, te czynniki regulacyjne często działają w sposób kooperatywny. Fizycznie TF i HM mają tendencję do lokalizowania się razem w elementach regulacyjnych (promotor, wzmacniacz lub izolator) w genomie, aby osiągnąć złożoną i dokładną regulację genów docelowych [ 1 , 2 , 3 , 4 ]. Na przykład, inicjacja transkrypcji obejmuje wiele interakcji białko-białko między czynnikami transkrypcyjnymi, które wiążą się z promotorem lub wzmacniaczem i stabilizują polimerazę RNA [ 5 , 6 , 7 ]. Ponadto, ostatnie badania wykazały, że modyfikacje histonowe odgrywają znaczącą rolę regulacyjną w procesie inicjacji i elongacji transkrypcji poprzez interakcję z czynnikami transkrypcyjnymi [ 8 , 9 ].
https://bmcgenomics.biomedcentral.com/a ... 018-5278-5
https://www.embopress.org/doi/full/10.1 ... .201540945
2. TF ( ten sam!) często rozpoznaje różne alternatywne sekwencje, a jednak in vivo komórka potrafi go użyć w ten specyficzny dla genu/genów, a nie losowy; często TF teoretycznie powinien się związać przed promotorem, a jednak tego nie robi i odwrotnie.
TEJ informacji nie ma w DNA! Potrzebna jest epigenetyczna ( epigenom), ale zrodlo jest nieznane. Widać skutki jego działania.
3. To epigenom decyduje, co jest rdzeniem promotora. Bez tego nie ma precyzyjnej transkrypcji. dna zawiera sekwencje, które mogą wchodzić w skład tego rdzenia promotora, ale jest ich potencjalnie tak wiele, że konieczna jest selektywna i zintegrowana selekcja. Celem jest stworzenie transcription preinitiation complex (PIC).
Są programy, które pokazują potencjalne miejsca inicjacji/ rdzeń promotora
https://www.bioinformatics.org/yapp/cgi-bin/yapp.cgi
POdstawą są sekwencje https://www.bioinformatics.org/yapp/cgi ... _intro.cgi
Daj sekwencje całego dowolnego genu i wtedy zobaczysz problem.

Kluczowa wiedza
a ) Tradycyjny pogląd na inicjację transkrypcji zakłada, że ​​transkrypcja rozpoczyna się w promotorach rdzenia genu, które rekrutują maszynerię transkrypcyjną składającą się z polimerazy RNA II (Pol II) i ogólnych czynników transkrypcyjnych (GTF), co prowadzi do utworzenia kompleksu preinicjacyjnego (PIC) i inicjacji transkrypcji. Transkrypcja z promotorów rdzenia jest aktywowana przez wzmacniacze, które mogą być zlokalizowane dystalnie i wiązać specyficzne dla sekwencji czynniki transkrypcyjne (TF), które rekrutują kofaktory (COF), przekazujące sygnały aktywujące do PIC w promotorze rdzenia. ( b )
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/P ... figure/F2/
Cały artykuł https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6205604/
To kluczowy problem biologii molekularnej
https://www.mdpi.com/2218-273X/14/2/176
Problemem jest : w jaki szybki i skuteczny sposób specyficzny TF dla danego genu jest w stanie związać się w specyficznym miejscu DNA w wyniku losowych, przypadkowych zderzeń z innymi makrocząsteczkami w jądrze komórkowym? TF istnieje w ogromnym zagęszczeniu https://en.wikipedia.org/wiki/Macromolecular_crowding
TF potrzebuje dodatkowej informacji ( oprócz tej, zawartej w jego strukturze przestrzennej= pośrednio w genie ), aby dokonać udanej rekrutacji do docelowego genu. Tym bardziej, że ma to być w określonym kontekście molekularnym, czasie i warunkach środowiska. Nie wystarczy więc mieć właściwą maszynę np. TF; trzeba umieć z niej korzystać w fabryce - właściwa linia produkcyjna.

Czy twoim zdaniem przedstawione przez Ciebie informacje w jakimś stopniu potwierdzają prawdziwość idei ewolucji, zaprzeczają jej, czy może trudno cokolwiek na ten temat powiedzieć?

Użyłeś krótkich sformułowań bez szerszego wyjaśnienia, w tym wypadku w kontekście słowa "Bóg jest nieodkrywalny". Chciałbym podkreślić, że napisałem jasno, w jakim zakresie Bóg jest odkrywalny - mianowicie w takim, w jakim sam postanowił się nam objawić. Proszę nie przypisywać mi więcej niż to, co faktycznie napisałem.

Przy okazji zauważ, że gdybyś wcześniej rozwinął swoje myśli dotyczące "odkrywalności Boga", być może nie musiałbym komentować tego stwierdzenia. Widać wyraźnie, że warto czasem rozwijać swoje myśli, ponieważ nie zawsze muszą one znaczyć to samo dla każdego rozmówcy.


Piszesz, że "gorące sprzeciwianie się temu, co ktoś inny uważa za prawdziwe, jest narzucaniem swojego poglądu" - ale czy nie zauważasz, że samo takie stwierdzenie jest już formą narzucania własnego poglądu? To wewnętrznie sprzeczne stanowisko.

Jeśli ktoś w dyskusji odwołuje się do faktów i znanych nauk, to w normalnej debacie - (a tą kwestię jasno pominąłeś pisząc właśnie w tym wątku, w którym toczy się debata - a nie np. kółko "w co wierzę") - należy te argumenty merytorycznie poprzeć lub obalić. To jest istota rzeczowej dyskusji, a nie tylko wymiana opinii bez uzasadnienia. Oczywiście można prowadzić rozmowę o wierze, gdzie każdy przedstawi swoje przekonania i, jeśli chce, wyjaśni ich podstawy - ale w tej dyskusji nawet nie przedstawiono żadnego "dlaczego".

Poza tym każda wiara musi się na czymś opierać. Skoro ktoś w coś wierzy, to zapewne ma ku temu jakieś podstawy - na przykład wiara w ewolucję wynika z konkretnych przesłanek. Dlatego kategoryczne wypowiadanie się jest nie na miejscu w wątku poświęconym kwestii, czy kreacjonizm czy ewolucja jest prawdziwa. Owszem, podany przez Ciebie przykład (żółwie kontra słonie) dobrze pokazuje, czym jest równoległe przedstawianie stanowisk bez negowania. Jednak nawet wtedy pytanie "dlaczego w to wierzysz?" staje się kluczowe, aby zrozumieć logikę drugiej osoby. Wypowiedzi kategoryczne bez uzasadnienia są albo ukrywaną perswazją albo argumentowaniem przez autorytet, w każydm razie stąd mój odzew na takie wypowiedzi.

A już na pewno w kontekście tematu tego wątku - który jest jawną debatą między tym co sobie @Idący kategorycznie stwierdził "jak jest" - to Twój komentarz wydaje się więc tutaj nieadekwatny do tematu dyskusji.


To mi jest przykro, że próbujesz forsować swoje zdanie bez uzasadnienia, kiedy jest to istotą i cześcią debaty tego wątku.

Owszem, znam Twoje stanowisko od dawna - więc mam uzasadnioną pretensję. Właśnie dlatego, że dobrze znam Twoje zdanie, liczyłbym, że nie będziesz go teraz na siłę powtarzać, ale spróbujesz chociaż trochę je uzasadnić. Tego jednak nie zrobiłeś…


Wyrywasz moje zdanie z kontekstu...tak przy okazji.

I niee, bo napisałeś: " Nauki przyrodnicze mają się nijak do odkrywania Boga. Te same fakty naukowe jednych prowadzą do Boga innych do zwątpienia, a nawet walki z Nim. Sama ewolucja nie jest sprzeczna, ale zgodna z Biblią.....". To jest kategoryczne stwierdzenie, a nie zniuansowane przedstawienie stanowiska. Piszesz o "faktach", ale nie podajesz konkretnych przykładów ani uzasadnienia. Właśnie ten brak argumentacji podlegał mojej krytyce.


Rozumiem, że wyraziłeś swoje poglądy, ale problem tkwi w sposobie, w jaki to zrobiłeś. Piszesz o "faktach naukowych", ale prezentujesz je jako coś jednoznacznie wspierającego Twoje przekonania, bez uwzględnienia innych perspektyw czy uzasadnienia.

Gdybyś chciał wyrazić wcześniej: "Wyjawiłem swoje poglądy bez wpierania ich komuś" - czyli swoją opinię, to np. prędzej: "Mam takie zdanie, mogę się mylić, ale to moje przemyślenia." - taka forma by o tym świadczyła. I pozostawiasz przestrzeń do dyskusji. Tymczasem Twoja pierwotna wypowiedź sugeruje, że to, co piszesz, jest niepodważalną prawdą - odwołując się do faktów. A to już nie jest tylko wyrażenie opinii, ale narzucanie swojego poglądu.

Dialog polega na wysłuchiwaniu różnych stron i otwartości na różne możliwości, a nie na sugerowaniu, że jedna teza jest słuszna, a inne są bezwartościowe.


To nie odwołuj się kategorycznie do faktów, fakty trzeba udowodnić i uzasadnić jeżeli nie odwoływałeś się do formy absolutów, tylko np. do teorii. A jeżeli nie chcesz tego robić - to zaznacz, że to twoja opinia i że możesz się mylić.....


Doceniam, że teraz rozwinąłeś swoją myśl i wyjaśniłeś ją bardziej szczegółowo. Gdybyś od tego zaczął, rozmowa miałaby zupełnie inny wydźwięk i być może byłoby łatwiej uniknąć nieporozumień.

Jednak Twoje pierwotne stwierdzenie, które zaczynało się od: "Prawdą jest sam BÓG. Prawdą i Miłością. Bóg nie jest odkrywalny. Nauki przyrodnicze mają się nijak do odkrywania Boga. Te same fakty naukowe jednych prowadzą do Boga innych do zwątpienia, a nawet walki z Nim.
Sama ewolucja nie jest sprzeczna, ale zgodna z Biblią. Nie ma nigdzie w Biblii zaprzeczenia procesowi ewolucji.
Dlatego uważam, że najwięcej .............", wybrzmiało inaczej. Wprowadziłeś tam kategoryczne tezy poparte rzekomymi faktami naukowymi, co dla mnie osobiście zabrzmiało jak zamknięcie dyskusji i narzucenie swojego stanowiska. Kiedy mówisz, że "fakty naukowe prowadzą.....", sugerujesz, że te same fakty muszą być interpretowane w taki sposób, a to wyklucza inne spojrzenia.

Teraz, gdy mówisz o swojej wierze i podkreślasz jej istotność dla Ciebie, brzmi to znacznie bardziej otwarcie i dialogicznie. Z takim podejściem znacznie łatwiej jest prowadzić konstruktywną rozmowę. Jednak wcześniej, poprzez ton i sposób formułowania zdań, odniosłam wrażenie, że wyrażasz nie tylko swoje przekonania, ale również próbujesz zasugerować, że to jedyna właściwa interpretacja rzeczywistości.

A ja uważam, że w przypadku ewolucyjnym powstaniu życia przez procesy abiotyczne analogia z huraganem jest bardzo trafna, a może nawet zbyt łagodna - A Ty @Alugard zbyt dużo sobie od niej życzysz..... może nie znałeś wszystkich faktów? Wygląda w takim razie, że raczej na pewo wykazujesz tutaj ogromną wiarę - w procesy które nigdy nie zostały udowodnione jeszcze...... to jest chyba już bardzo "religijne" podejście, nie uważasz? Jak widać, nie tylko Ty masz "swoją" religię....

Spójrzmy na te fakty:

Złożoność wymaganych procesów:
- Potrzebujemy powstania wielu niestabilnych związków chemicznych
- Muszą pojawić się dokładnie w odpowiednim czasie i miejscu
- Muszą przetrwać wystarczająco długo by wejść w reakcje
- Muszą połączyć się w odpowiedniej kolejności i proporcjach

Problemy laboratoryjne - fakty naukowe - pokazują skalę trudności:
- Nawet w kontrolowanych warunkach trudno uzyskać potrzebne związki
- Związki często są niestabilne i rozpadają się w minuty czy godziny
- Wymagają bardzo specyficznych warunków do powstania
- A co dopiero w chaotycznym środowisku pierwotnej Ziemi?

Sam długi czas nie rozwiązuje problemu:
- Miliony lat nie pomagają przy skrajnie małym prawdopodobieństwie
- Długi czas może wręcz przeszkadzać (rozpad związków)
- To jak czekanie, że huragan złoży samolot, tylko że przez miliony lat

Więc twierdzenie, że "huragan nie złożyłby nawet młynka" właśnie pokazuje skalę problemu - jeśli nie mógłby złożyć prostego młynka, to jak przypadkowe procesy miałyby stworzyć znacznie bardziej złożony system pierwszego życia? To nie jest kwestia czasu czy ilości prób - to kwestia fundamentalnej niemożliwości powstania tak złożonego systemu przez przypadek.


To, że DNA koduje prekursory, które później przechodzą modyfikacje, to nie jest argument za tworzeniem nowej informacji - to jest właśnie dowód na działanie zaprogramowanego systemu. Te modyfikacje i lokalizacje nie są przypadkowe - są przewidziane i kontrolowane przez instrukcje zapisane w DNA, podobnie jak program komputerowy ma zapisane instrukcje jak i kiedy modyfikować swoje pliki wyjściowe. Modyfikacja prekursora według zapisanych instrukcji to nie to samo co stworzenie całkiem nowej informacji.

Twoje skupianie się na modyfikacjach post-translacyjnych i szczegółach regulacji nie zmienia fundamentalnej zasady - to wciąż system operujący według zaprogramowanych instrukcji. To jak system operacyjny komputera:
- Czy system operacyjny może mieć skomplikowane procesy? Tak
- Czy może modyfikować pliki na różne sposoby? Tak
- Czy może tworzyć nowe kombinacje istniejących danych? Tak
ALE: Czy może stworzyć zupełnie nową funkcjonalność, która nie była w nim zaprogramowana? NIE.
Podobnie w komórce:
- To, że DNA koduje "tylko" prekursory białek
- To, że zachodzą modyfikacje post-translacyjne
- To, że białka są transportowane w różne miejsca.....

...nie zmienia faktu, że wszystkie te procesy działają według instrukcji zapisanych w DNA. System może być bardzo złożony, ale wciąż operuje w ramach zaprogramowanych możliwości.

Więc znów wracamy do głównego argumentu - skąd miałaby się wziąć nowa informacja genetyczna potrzebna do makroewolucji? Modyfikacje istniejących procesów to nie to samo co tworzenie zupełnie nowych funkcji?

Cały czas omijasz wszystkie moje argumenty odnoszące się ciągle do tej samej pierwotnej tezy i nic nie wykazujesz. Skupiasz się na coraz bardziej szczegółowych aspektach procesów komórkowych, ale jak to odnosi się do mojego głównego argumentu o braku mechanizmu tworzenia nowej informacji genetycznej? Czy te szczegóły w jakikolwiek sposób wyjaśniają, skąd bierze się nowa informacja potrzebna do makroewolucji?



Wydaje mi się, że nie do końca zrozumiałeś mój argument. To, że 'DNA jest barierą' i to, że (moje twierdzenie) 'DNA zawiera sekwencje rozpoznawane przez TF' to nie są sprzeczne stwierdzenia! To jak powiedzieć, że komputer ma hasło zabezpieczające (bariera) ALE zawiera też instrukcje jak to hasło sprawdzić i kiedy przyznać dostęp (sekwencje rozpoznawcze). Oba mechanizmy są częścią tego samego zaprogramowanego systemu.

A poza tym, wszystko co opisujesz - modyfikacje chromatyny, różne sekwencje rozpoznawane przez TF, epigenom - to jak różne poziomy kontroli dostępu w systemie operacyjnym:

- System plików ma różne warstwy zabezpieczeń
- Te same polecenia mogą dawać różne efekty w różnych kontekstach
- Pliki mogą być ukryte, zaszyfrowane, chronione

ALE: Wszystkie te mechanizmy kontroli są już zaprogramowane w systemie. System operacyjny nie 'wymyśla' nowych zasad dostępu - wykonuje tylko to, co zostało w nim zakodowane.


I do meritum, piszesz:"TEJ informacji nie ma w DNA! Potrzebna jest epigenetyczna ( epigenom), ale zrodlo jest nieznane. Widać skutki jego działania."

Kiedy mówisz 'TEJ informacji nie ma w DNA!', to jest nieporozumienie. To co nazywasz 'nieznanym źródłem' informacji epigenetycznej, to w rzeczywistości po prostu różne stany systemu zaprogramowanego w DNA. To jak w komputerze:

Program może być w różnych stanach:
- włączony/wyłączony
- zablokowany/odblokowany
- aktywny/uśpiony

Te stany nie są 'nową informacją' - są przewidzianymi możliwościami zapisanymi w kodzie programu.

Podobnie w komórce:
- chromatyna może być otwarta/zamknięta
- modyfikacje histonów mogą być różne
- czynniki transkrypcyjne mogą być aktywne/nieaktywne

To wszystko to nie jest 'nowa informacja' - to różne stany systemu działającego według instrukcji z DNA. Epigenetyka to jak panel sterowania - może włączać i wyłączać różne funkcje, ale nie tworzy nowych funkcji, których nie ma w kodzie.
Więc kiedy mówisz 'źródło jest nieznane' - źródło jest znane. To DNA, które zawiera instrukcje jak i kiedy zmieniać te stany. Epigenom to nie jakieś tajemnicze źródło nowej informacji - to sposób wykonywania zapisanych już instrukcji.

Więc znów wracamy do tego samego - skąd bierze się nowa informacja potrzebna do makroewolucji?

P.S. Może przedstawmy to inaczej - podaj konkretną analogię, którą wszyscy możemy obiektywnie przeanalizować. Pokaż mi w tym procesie moment, gdzie powstaje nowa informacja, której wcześniej nie było w DNA?


Z Twoich podanych artykułów można wyciągnąć kluczowe fragmenty pokazujące, że wszystkie procesy są zakodowane w DNA i działają według zaprogramowanych instrukcji:

Z artykułu o regulacji transkrypcji: https://www.mdpi.com/2218-273X/14/2/176
The GTFs assemble along with Pol II into a PIC in a tightly regulated process"
/ tłm. "Ogólne czynniki transkrypcyjne (GTF) gromadzą się wraz z Pol II w kompleks preinicjacyjny (PIC) w ściśle regulowanym procesie" - pokazuje, że jest to uporządkowany, zaprogramowany proces, nie przypadkowy.

Szczególnie ważny fragment z sekcji o PIC:
"PICs are nucleated by the general transcription factor IID (TFIID) bound to the promoter DNA. A recent comprehensive study of active promoters in human cells concluded all promoters are organized around the purpose of serving as a TFIID binding site"
/ tłum. "Kompleksy preinicjacyjne (PIC) są zarodkowane przez ogólny czynnik transkrypcyjny IID (TFIID) związany z DNA promotora. Najnowsze kompleksowe badania aktywnych promotorów w komórkach ludzkich wykazały, że wszystkie promotory są zorganizowane wokół celu, jakim jest miejsce wiązania TFIID"

O regulacji i specyficzności:
"The TAFs recognize other promoter elements, most notably the initiator (Inr) element [...] The Inr surrounds the TSS and is sufficient for initiation in the absence of other promoter elements"
/ tłum. "Czynniki TAF rozpoznają inne elementy promotorowe, szczególnie element inicjatorowy (Inr) [...] Inr otacza miejsce startu transkrypcji (TSS) i jest wystarczający do inicjacji nawet przy braku innych elementów promotorowych"

Te fragmenty pokazują, że:
- System ma określone miejsca wiązania (promotory)
- Ma określoną kolejność działania (uporządkowany montaż kompleksu)
- Ma zdefiniowane elementy rozpoznawcze (sekwencje DNA)

Więc twierdzenie że "TF potrzebuje dodatkowej informacji" jest nieprecyzyjne - TF nie potrzebuje "dodatkowej" informacji, tylko używa informacji już zakodowanej w DNA w postaci:
- Sekwencji rozpoznawczych
- Struktury promotorów
- Zdefiniowanych miejsc wiązania

To jak program komputerowy - nie potrzebuje "dodatkowej informacji" poza kodem, tylko wykonuje zapisane w nim instrukcje w określonym porządku i kontekście.


Podsumowując:
Sam cytujesz artykuły, które opisują precyzyjny, zaprogramowany system:

- 'Transkrypcja rozpoczyna się w promotorach rdzenia genu, które rekrutują maszynerię transkrypcyjną' - to opis zaprogramowanej sekwencji działań, nie przypadkowego procesu.
- 'TF potrzebuje dodatkowej informacji' - tak, ale ta 'dodatkowa informacja' to nie jest coś magicznie powstającego z niczego. To część zaprogramowanego systemu kontroli, gdzie:
- Promotory są w określonych miejscach ( jak zdefiniowane ścieżki dostępu do plików)
- Wzmacniacze mają określone lokalizacje ( jak zapisane punkty kontrolne w programie)
- TF wiążą się w specyficznych sekwencjach (jak programy rozpoznające określone formaty plików)

Wszystko działa według zapisanych instrukcji! To jak jeden wielki, precyzyjny system operacyjny z bazą danych i instrukcjami, gdzie szukać informacji i jak nimi operować według wcześniej zaprogramowanych algorytmów.

To jak pytanie 'jak program komputerowy wie, gdzie znaleźć potrzebne pliki w gęstym systemie plików?' - ma zapisane instrukcje gdzie szukać i jak rozpoznać właściwe miejsce.

Więc znów pokazujesz złożony, precyzyjny system, ale nie pokazujesz tworzenia nowej informacji genetycznej.

Przeemek


Nie tworzy się, tylko już istnieje w systemie.



No właśnie nie. Prekursory są zakodowane w DNA. Sekwencja białka np. histonowego HHT1 jest zaszyfrowana w DNA.
Modyfikacje, lokalizacja i czas zachodzenia tych procesów wymaga dodatkowej informacji nie zapisanej w DNA .
(Post-translational Modifications)
https://www.yeastgenome.org/locus/S000000214/protein





To trzeba dowieść na konkretnych przykładach. Zaproponowałem inicjację transkrypcji u drożdży w oparciu o bazę danych TF. Tylko część informacji jest zależna od DNA. Reszta to epigenetyka, czy rola epigenomu w praktyce.


Już pisałem i nie wracam do tematu.
Większym problemem jest inf.epigenetyczna, przynajmniej dla eukariota. Ona jest konieczna aby integrować całościowo np. transkrypcję; nie tylko na wszystkich etapach, ale też pozostałe etapy, aż do finalnego końca np. powstanie funkcjonalnego kompleksu molekularnego. Pojedyńcze białko/RNA nie ma sensu biologicznego; tylko sieć interakcji https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/P ... gure/Fig4/



Wg mnie nie wiemy. Widać tylko konieczność jej istnienia i skutki jej działania. Można spekulować, że jest zaszyfrowana w systemie, funkcja interakcji makrocząsteczek itd To są dla mnie mętne wyjaśnienia. Na pewno nie jest czymś statycznym, liniowym.




Gdzie masz to w artykule? Gdzie twierdziłem, że jest przypadkowy?
https://www.mdpi.com/2218-273X/14/2/176
Dwa mechanizmy powstawania PIC, które nie wykluczają się wzajemnie. ( a ) W modelu etapowym Pol II i GTF-y gromadzą się w określonej kolejności, co jest ułatwione dzięki temu, że jeden czynnik rekrutuje kolejny czynnik poprzez interakcje białko-białko.

W DNA masz tylko informację o strukturze pierwszorzędowej białka; jakie białka, po jakich modyfikacjach PTM, w jakim miejscu komórki i w jakiej kolejnośći będą rekrutowane, aby stworzyć PIC - to już inf. epigenetyczna.
Aby stworzyć [u]w pełni funkcjonalny kompleks transkrypcyjny potrzeba u drożdży 58 białek. [/u]
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/P ... figure/F3/
Nie wystarczy zsyntezować prekursory tych białek w cytoplazmie; należy z nich i tylko z nich zbudować kompleks transkrypcyjny dla każdego genu dla Pol II. Oczywiście wymaga to dodatkowo rekrutacji w okolice promotora specyficznych TF. Oczywiście wymaga to jednocześnie rekrutacji w obszar promotora specyficznych kompleksów białek modyfikujących histony. Oczywiście te kompleksy będą się różnić dla różnych promotorów, a nawet tego samego genu, choćby z tego względu, że tylko część jest aktywna transkrypcyjnie.
Polecam bazę https://epd.expasy.org/epd/S_cerevisiae ... cerevisiae Tam masz m.in informacje o sposobie modyfikacji histonów i w jakim miejscu zachodzą. Np. gen HHT1
https://epd.expasy.org/cgi-bin/epd/get_ ... try=HHT1_1

Jeśli jest ta pełna informacja zawarta w samym DNA, to daj namiary gdzie?



Maszyneria transkrypcyjna nie widzi promotora, tylko zostaje dostarczona z cytoplazmy do jądra, gdzie wchodzi w sieć interakcji np. z białkami, RNA i DNA - o ogromnie długiej sekwencji. Jak wynajduje ten własciwy promotor dla specyficznego genu?
Sekwencja promotora daleka jest od jednoznacznośći i rozpoznania. DNA jest warunkiem koniecznym, ale nie wystarczającym. Problemem jest m.in. kanoniczność sekwencji rdzeniowej.
TATA box jest rdzeniową sekwencją promotora i miejscem wiązania wielu czynników transkrypcyjnych.
Skrzynka TATA to sekwencja DNA wymagana w większości promotorów do efektywnej inicjacji transkrypcji [1] , [2] . Skrzynka TATA jest wysoce konserwatywnym elementem i zwykle odgrywa ważną rolę w składaniu maszynerii transkrypcyjnej w promotorach [3] , [4] . Na podstawie obecności lub braku skrzynki TATA w regionie promotora geny można klasyfikować jako geny zawierające TATA lub geny bez TATA [5] . Spośród wszystkich genów Saccharomyces cerevisiae zaledwie około 20% genów to geny zawierające TATA, a około 80% genów to geny bez TATA.
https://www.sciencedirect.com/science/a ... via%3Dihub
Niezwykle wysokie bogactwo A/T regionów międzygenowych/promotorowych (63% A+T w Saccharomyces ), brak prawdziwego konsensusu TATA box i fakt, że TBP jest wymagany w genach pozbawionych TATA box sprawiają, że zadanie odróżnienia funkcjonalnych TATA box od nieistotnych sekwencji podobnych do TATA jest nietrywialne.
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(04)00205-3?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867404002053%3Fshowall%3Dtrue

Promotor rdzeniowy to sekwencja DNA najbliższa kodonowi startowemu, która oddziałuje z polimerazą RNA II (pol-II) i innymi ogólnymi czynnikami transkrypcyjnymi, tworząc kompleks preinicjacyjny (PIC) ( 2 ). Region rdzeniowy zawiera również pole TATA, miejsce startu transkrypcji (TSS), odcinek lokalizacji PIC i region skanujący TSS dla pol-II ( 5 ). Wiązanie ogólnych białek czynników transkrypcyjnych i histonów z polem TATA ułatwia późniejsze wiązanie pol-II, które wraz z kilkoma białkami czynników transkrypcyjnych konstruuje kompleks inicjacji transkrypcji, który rozpoczyna syntezę mRNA z TSS ( 13 , 14 ). Skład nukleotydowy różnych regionów w promotorze rdzeniowym ma również silny wpływ na czułość promotora.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... ebaqyszpaw
Kluczowe:

5117 rodzimych promotorów S. cerevisiae z EPD ( 29 ), które zostały uwzględnione w tym badaniu, reprezentuje zróżnicowaną populację regulatorów transkrypcyjnych. Analiza motywów w tym zestawie wykazała, że ​​promotory były zróżnicowane pod względem składu nukleotydowego. Widzimy, że konserwacja na całej długości promotora jest niska, z wyjątkiem TSS.

UAS w S. cerevisiae , takie jak wzmacniacze w wyższych eukariotach, są wiązane przez białka aktywujące, które rekrutują promotor RNA polimerazy II wraz z ogólnym czynnikiem transkrypcyjnym [ 8 ]. UAS są zlokalizowane ~100–1400 nukleotydów przed rdzeniowym promotorem [ 6 ].

Konsensusową sekwencję dla drożdżowego TATA box zaproponowali Basehoar i in. [ 9 ] jako TATAWAWR (W: T lub A; R: G lub A). Jednakże skład i długość TATA box nie są jednoznacznie zdefiniowane [ 10 ].
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/P ... A4xBQ0LUcA

Wnioski:
W praktyce, aby miała miejsce skuteczna ( specyficzna i selektywna ) ekspresja genów, oprócz podstawowej matrycy DNA ( inf.genetyczna) jest konieczna inf.epigenetyczna. To epigenom decyduje o tym, co jest w pełni funkcjonalnym promotorem i sposobie jego aktywacji lub represji.