Idealna "laboratoryjna" próżnia jest rzeczywiście niczym i nie generuje niczego (z doskonale pustego to i Salamon nie naleje!)



Nie. Przestrzeń to boisko, na którym bytuje coś.
Ładnie mi się udało to skrócić.



Brzmi zachęcająco, ale mogłabyś przybliżyć jak się coś wyciąga z zera, proszę?



Ergo zero jest większe od zera "u źródła"?

Jak wyżej bym prosił...

Palmer ,czy ktoś uzyskał próżnię w której nie byłoby niczego? Przypominam że pola np elektomagnetyczne czy grawitacyjne to jednak coś...

Skoro energia próżni czy też energia punktu zerowego miałaby nie istnieć to proszę o wyjaśnienie efektu Casimira.
Do tego co z przesuniciem Lamba? Co z wirtualnymi fotonami i ich realnym oddziaływaniem?

Jeśli chcesz kontynuować ten temat to załóż osobny wątek, bo jednak fizyka kwantowa i biologia molekularna to nieco odległe dziedziny;)

Alugard Konkretnie co?
Alugard

Twierdzę: To spotkanie maszyn molekularnych może się odbywać w komórce na astronomiczną liczbę sposobów, czyli możliwa jest olbrzymia ilość interakcji konkretnego białka ( np. z różnymi mediami w komórce: jony, cząsteczki, makrocząsteczki, błony. To wynika z dynamiki procesow biologicznych i olbrzymiej liczny mediów w komórce. To i tak bardzo uproszona sieć interakcji, niektórych białek itd: https://www.youtube.com/watch?v=5JcFgj2gHx8
Alugard
To nie jest kwestia chcenia, tylko wiedzy. Jeśli takową posiadasz i/lub masz bazę danych - czekam. Mamy znakomitą bazę regularnie aktualizowaną, gdzie można znalezc m.in. interakcje fizyczne białko - białko dla drożdży, gdzie powstają kompleksy np. dimery, multimery https://thebiogrid.org/ https://wiki.thebiogrid.org/doku.php/curation_guide Ta baza nie pokazuje jednak, jak w czasie realizują się te interakcje; wiele interakcji jest potwierdzonych tylko pośrednio ( in vitro) Jako przykład, jeśli już jesteśmy przy transporcie do mitochondrium. Jednym z białek zangazowanych w ten proces jest MSP1 https://www.yeastgenome.org/locus/S000003260#reference Jak jednak wejdziesz w bazę, to okaże się, że jest tylko mitochondrialne ...jedno (PUF3) https://thebiogrid.org/33272/summary/sa ... /msp1.html Najciekawsze jest to, że tworzy ono kompleksy, ale z białkami z innych przedziałów; peroksysomy, jądro, ER, cytoplazma. Oczywiście, że jest SSA1(hSP70) który tworzy kompleksy już z większą liczbą białek mitochondrialnych, ale jest to znikomy procent, spośród prawie 1000; podobnie: reaguje również z wieloma bialkami spoza mitochondrium, a jednak one tam nie trafiają. Koncepcja zatem, że białka opiekuńcze wyjaśniają transport do chocby receptorów błony mitochondrialnej jest w dużym stopniu błędna. Alugard Mamy taką wiedzę, ale przede wszystkim w przypadku okreslonych modyfikacji potranslacyjnych np. fosforylacji. Jest o seryna, treonina i tyrozyna Problem zaczyna się, gdy chcemy wiedzieć: jaki aminokwas jest modyfikowany w jakim miejscu przez jakie białko? Np. ok 2000 białek podlega fosforylacji u drożdży. Wezmy ALY1. Wiemy, że jest modyfikowany w 11 miejscach https://thebiogrid.org/34153/summary/sa ... /aly1.html Tylko jednak dla jednego (seryna w 573) znamy kinazę: przez kinazę cdc28. Dla reszty miejsc jest nieznana/e kinazy. W większości białek tak jest. Można się wspomagać serwerami, które przy pomocy sieci neuronowych przewidują takie miejsca. http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/ To dość często się sprawdza, ale w wielu miejscach pokazuje fosforylację - tam jej nie ma, i odwrotnie. Złożoność wynika też z tego, że zwykłe drożdże mają ...129 kinaz, a tylko część jest aktywna https://yeastkinome.org/index.php

Znalazłem świetną bazę modyfikacji potranslacyjnych drożdży. http://yaam.ifc.unam.mx/search_yaam.php Można ustawić sobie rodzaj modyfikacji i/lub miejsce, gdzie dane białko się znajduje. Nawet nie wiedziałem, że białka mitochondrialne podlegają tak wielu modyfikacjom. Np. białko TOM70 podlega 26 modyfikacjom w 23 miejscach. http://yaam.ifc.unam.mx/detalle_final.php?orf=YNL121C Jakie pytania, na które w większości przypadku nie znamy odpowiedzi: jaki enzym i dlaczego dokonał określonej modyfikacji? Jaka była sekwencja tych modyfikacji i od czego zależy? Gdzie ( jaki przedział komórkowy) i kiedy (faza cyklu komórkowego) się odbyła?

.
IrciaLilith
Gdzie tak pisałem?
IrciaLilith

Najpierw trzeba wyjaśnić prostsze rzeczy, żeby brać się za cykle metaboliczne, które zależą od b.wielu czynników. Są już problemy z wyjaśnieniem kluczowego etapu ekspresji genu: transkrypcji, a Ty chcesz, abym wyjaśniał cykle biochemiczne?
IrciaLilith
Jak potrafisz, to zrób. To poza moimi możliwościami i zainteresowaniami - na dzisiaj.

IrciaLilith To rzeczywiście jeszcze wiele nie dostrzegasz. Jednak, zawsze możesz poznać.
IrciaLilith
Upraszzcasz w sposób nieuprawniony - wiele elementow na to wpływa. Przede wszystkim wielopoziomowa ekspresja genów i transport makrocząsteczek.
IrciaLilith
Tylko nie znalazłem żadnego artykułu, który pozwoliłby powiązać procesy biologiczne w komórce z funkcją/rolą pola morficznego.
IrciaLilith

Masz jakieś badania naukowe to potwierdzające dla jakiegoś bialka mitochondrialnego? O ile wiem, to transport białek do mitochondrium nie podlega temu procesowi np. podanymi w p.1.
fajne "wyjaśnienie"
Modyfikacja i transport bialka zależy od innych białek: co integruje ich zachowanie?
IrciaLilith

Jak masz o tym wiedzę- daj namiary.
za wysiłek. Tylko chyba widzisz, że Twoje propozycje są bardzo ogolnikowe i nie poparte żadnymi badaniami naukowymi. bez tego trudno racjonalnie dyskutować.

Proteom, ale cykle biochemiczne dotyczące stosunkowo prostszych cząsteczek niż białka są prostrze, do tego znacznie lepiej opisane. Serio, nie potrafisz opisać i sprawdzić czy potrzeba czynnika integrującego w np cyklu mocznikowym a bierzesz się za przemiany i transport białek i to od razu mitochondrialnych?

Wiem, że nie napisałeś co uważasz za centum zarządzające komórki, dlatego napisałam, że takie mam wrażenie. Co w takim wypadku uważasz za centum zarządzające i czy coś można tak nazwać?

Jasne, że wiele nie dostrzegam. Najbardziej widzę skalę swojej niewiedzy i kruchość oraz niepewność tego co za wiedzę uważam.

Serio sądzisz, że komórka ma koordynatora jak korporacja czy jakiś duży projekt?

Ja po przeczytaniu książek Shedraka takie związki dostrzegam, to tylko hipotezy i to ostro uderzające w paradygmaty, ale warte uczciwego rozważenia i zerknięcia na eksperymenty z losowo poruszającymi się robotami i pisklakami, bo tego się bez tego typu hipotez nie da wyjaśnić. Choć dla mnie pod nazwą pola morficznego może kryć się nie jedno zjawisko, a wszystko może opierać się o znane pola fizyczne lub schodzić na poziom kwantowy...

Moim zdaniem białka mitochondrialne jak i pozostałe są produkowane lub nie w zależności od potrzeb inaczej dojdzie do braku lub nadmiaru, bo sytuacja w komórce, a tym bardziej w mitochondrium jest zmienna.

Ten schemat nie ma niczego wyjaśniać to tylko ultraskrótowy napisany bez przygotowania zarys tego co jest potrzebne aby mieć o czym rozmawiać...
Ja się za to nie biorę, bo jak mnie poryje to zrobię coś takiego ale dla receptorów serotoninowych.

Serio polecam wyjść od najprostrzego cyklu metabolitycznego i rozpisać go do bólu szczegółowo, ideał to taki który myślisz, że dobrze znasz i rozumiesz.
Sądzę, że i tam uznasz, że potrzeba czynnika integrującego, a będziemy operować na czymś dobrze opisanym. Ilość białek biorących udział i tak będzie ogromna, ale przynajmniej ominie się problemy ich produkcji... na pierwszym etapie, bo od tego pójdzie wyjść, bo przecież enzymy nie biorą się z powietrza.
Na upartego można by ruszyć od cyklu właśnie z mitochondrium i rozbudowywać schemat o drogi dostarczania kolejnych elementów... Tak czy inaczej w komórce wszystko jest powiązane, a to że teoretycznie jakaś cząstka ma ogromny stopień swobody jest ograniczone przez te interakcje...

IrciaLilith Cykl mocznikowy nie wiem, czy wymaga czynnika integrującego, ale wiem, że powstawanie cyklu mocznikowego - wymaga. Bierze w nim udział 7 białek https://biocyc.org/YEAST/NEW-IMAGE?type ... t=PWY-4984 Jak w ogole powstają te białka - potrafisz to wyjaśnić? Wiemy, że jedno z nich ARG4 podlega 13 modyfikacjom w 9 miejscach. http://yaam.ifc.unam.mx/detalle_final.php?orf=YHR018C Integracja polega na specyficznych i selektywnych czynnikach wpływających na ekspresję genów warunkujących powstanie białek. Na etapie modyfikacji potranslacyjnej: dostarczenie specyficznej maszyny molekularnej ( np. jakiejś kinazy) w okreslonym czasie i miejscu do specyficznego aminokwasu. Aminokwasy nie podlegają samoistnej , przypadkowej modyfikacji. To nie są też procesy autokatalityczne, ani oparte o sprzężenia zwrotne.
To wymaga integracji! Bez względu, jakie zostaną odkryte enzymy dokonujące tych modyfikacji.
IrciaLilith
Czynnik integrujący zarządza przy pomocy informacji genetycznej i epigenetycznej.
IrciaLilith

Jaki to ma cykl biochemiczny? Problem nie jest w funkcjonowaniu cyklu, ale jego powstawaniu - nie widzisz różnicy?

Jasne, że widzę różnicę.

Cykl biochemiczny funkcjonuje w 4D, czyli nie tylko w przestrzenii ale i w czasie, o tyle kwestie początku mają znaczenie. Aby niejako ominąć ewolucję potrzebny jest cykl i taka komórka, która niejako na pewnym etapie rozpoczyna dany cykl.
Na mój gust potrzebujemy znaleźć coś pozornie mega prostego, bo i tak będzie to masakrycznie złożone. Zabrzmi jak zabrzmi, ale im mniej białek oraz mniejsza przestrzeń biorąca w tym udział tym lepiej.
Tak czy inaczej w syntezę i transport białek się wdepnie.

Piszesz, że czynnik integrujący zarządza za pomocą czynników genetycznych i epigenetycznych.
W jaki sposób zarządza? Aktywuje i dezaktywuje geny?
Ale co sprawia, że aktywuje lub dezaktywuje dany gen?
No, dalej widzę system sprzężeń zwrotnych...

IrciaLilith



Wybrałem realtywnie prosty system: transport do tylko jednego przedziału (mitochondrium) i tylko jednym sposobem( potranslacyjnie) i wg literatury naukowej wydawał się mało skomplikowany ( w stosunku do cykli biochemicznych ,syntezy bialka itd). Wg modeli wygląda to tak: do potencjalnego b.mitochondrialnego przyłącza się jedno lub kilka białek opiekuńczych (HSP70 lub 90), które można baza dla danego organizmu (drożdże) podaje: jest ich zaledwie kilka ( 5, a tych najbardziej aktywnych 3). Potem przemieszcza się ten kompleks lub samo białko po interakcji z opiekuńczymi do receptora w błonie mitochondrialnej. Receptor wiąże, potem przejście do kanału i przemieszca się bialka do mitochondrium. Tylko jak się wniknie w szczegóły, to rodzą się pytania, o których pisałem.
IrciaLilith

Nie znam szczegółów działania czynnika integrującego, bo nie znamy jego natury/struktury. Moim zdaniem: ogranicza liczbę potencjalnych ( często szkodliwych) interakcji do mniejszej liczby sensownych biologicznie. Nie jest łatwo wyjasnić: czemu jakieś białko A wchodzi w interakcję skutkującą tworzeniem np. dimeru z innym białkiem B; a czemu nie z C. Jeśli tworzy kompleks w błonie, to już jest łatwiej, ale w cytoplazmie - szalenie trudno.
IrciaLilith
Nic nie widzisz, tylko postulujesz, bez oparcie o dane naukowe. Nie wystarczy twierdzić; sprzeżenia zwrotne działają w komórce, ale jak wyjasniają powstawanie danych, choćby najprostszych procesów.

Jak wydaje Ci się mało skomplikowany to to rozpisz, ja próbowałam i to robota na duuuużo czasu... a jak by mi się chciało to bym wróciła do rozrysowywania systemów regulacji ekspresji receptorów dopaminowych i serotoninowych. To z danych na temat procesów regulacji wnioskuję, że to po prostu mnóstwo sprzężonych zwrotnie procesów.
Dobrze to widać gdy zajmujesz się np reakcjami na podanie amfetaminy, bo doprowadza do samonakręcających się reakcji i ostych zmian w ekspresji genów kodujących dany receptor. Zmiany sensytyzacji. Wyczerpanie przekaźników pośrednich, które miały to hamować...

Ograniczanie liczby interakcji:
Ph roztworu, przedziały cytoplazmy o odmiennych cechach i składnikach. Dlatego wspominałam o siateczce śródplazmatycznej. Same takie błony i zawarte w nich białka czy inne cząsteczki mogą pełnić wiele funkcji.
Oczywiście to taka pseudohipoteza.
Brałabym też pod uwagę rolę ATP wystarczy zapewnić lokalny brak a wiele reakcji nie zajdzie.

IrciaLilith Nie pisałem, że jest mało skomplikowany - problemy z czytaniem ze zrozumieniem? Niestety, ale wiemy za mało, aby dać jakichś szczegółowy opis chociaż dla 1 bialka mitochondrialnego. Wezmy białko TOM71. Kilkadziesiąt specyficznych interakcji, z czego większość to białka nie mitochondrialne. https://www.yeastgenome.org/locus/S0000 ... n#overview
Dlaczego z takimi, a nie innymi wchodzi w specyficzne interakcje skutkujące powstaniem kompleksu, o różnej trwałości? Przecież są też inne liczne białka, RNA - z nimi nie wchodzi w specyficzne kompleksy? 9 modyfikacji aminokwasów http://yaam.ifc.unam.mx/detalle_final.php?orf=YHR117W Dlaczego? Kilkanaście specyficznych TF wiąże się z obszarem przed genem TOM71 Dlaczego? Zależy to m.in. od cyklu komórkowego , ale co decyduje o aktywnośći danego TF w danej fazie cyklu komórkowego? Jakieś inne białka, ale czemu i kiedy itd?Zauważ, ze nawet jak uprościmy nasze poszukiwania tylko to jednego z elementów, to już jest problem trudny do rozwiązania. Rozpisywanie ma sens, gdy się ma wystarczającą wiedzę. Gdy jej nie ma - pozostają spekulacje. Też czasami ciekawe.

Dla mnie próba zakumania działania komórki to jak układanie czterowymiarowych puzzli, gdzie brakuje nie wiadomo ilu elementów, bo nikt ich nie odkrył... Ale próbować można, może co nie co się ułoży...

Bóg je odkrywa dla nas, abyśmy się zachwycili Nim, jako Stwórcą. Ale to już inna opowieść.

Ja uważam, że w pewnym sensie odkrywanie Prawdy o Bogu, świecie i sobie to to samo, bo zbiega się to w jednym punkcje...