Proteom wybierz jakieś konkretne zagadnienie, które Twoim zdaniem wymaga czynnika integrującego, bo przecież może być tak, że nie ma jednego czynnika/mechanizmu a wiele różnych i wchodzę w tą zabawę, choć od biologii molekularnej odeszłam lata temu.

Tego pdfa postaram się przeczytać w najbliższym czasie, bo zagadnienie ciekawe.

Oczywiście szukamy naturalnego czynnika integrującego bez odwoływania się do boskich sił?

Gratuluję IrciaLilith -to dobra decyzja i zaskakująca. Szukamy Panienko ( może tak być?)rozwiązania, a przynajmniej propozycji, opartej na naturalizmie metodologicznym. Boskie siły nas nie interresują. Szukamy :białek, RNA,PROSTE ZWIAZKI ORGANICZNE

Problem podstawowy: Skąd komórka wie, jakie konkretnie białka ma dostarczyć do mitochondrium, spośród kilku/kilkunastu milionów cząsteczek z kilku tysięcy różnych FILMIK POGLĄDOWY:
https://www.youtube.com/watch?v=LfDYGan ... sKoMG6Qdnk
Sprawa jest o tyle skomplikowana, że w komórce jest wiele miejsc, gdzie znajdują się białka https://s2.manifo.com/usr/d/D7528/44/ma ... omorka.jpg
Komórka musi dokonań rekrutacji określonego białka za pomocą specyficznych mechanizmów transportu wewnątrzkomórkowego. Zapraszam do przeczytania artykułu i może znajdziesz w nim odpowiedz na moje pytanIA, a jeszcze lepiej - postawisz swoje pytania. Zacznijmy żyć pytaniami! Urocza PANIENKO aRTYKUŁ http://www.postepybiochemii.pl/pdf/2_20 ... 9JTlXweSgM
tAM SZUKAMU INTRGRATORA, ALE NAJPIER OBEJRZYJ FILMIK, A NA WIECZOR PRZECZYTAĆ I PRZEANALIZOWAĆ ARTYKUŁ. cZEGOŚ NIE WWIESZ - PYTAJ, BO, PRZYNAJMNJIE NA POCZĄTKU DOMINUJĄ SAME PYTANIA.
jAK KSIĘŻNICZKO OBEJRZYSZ FILMIK I PRZECZYTASZ ARTYKUŁ, TO MUSIMY KONIECZNIE I TO DOŚĆ SZYBKO WYMIENIĆ SIĘ PRZEMYŚLENIAMI. POZDRAWIAM
tEMAT W SZERSZEJ WERSJI BYŁ na fejsie, ale teraz chcę skromnjiej , aby nie przytłoczyć.
Wchodzisz w to Panienko/Księżniczko/Damo ..( wybierz lub zaproponuj, jakie chcesz)

Komórka drożdży (bo z tego modelu najlepiej korzystać, ze względu na znakomite bazy danych) wytwarza w cytoplazmie miliony białek ( kilka-kilkanaście), z których tylko znikomy procent ma trafić do mitochondrium, spośród wielu konkurencyjnych magazynów. Ma tam trafić określona liczba maszyn mitochondrialnych w odpowiednim czasie. Co integruje ten proces? Czy istnienie sekwencji sygnalnej w postaci białka na N-końcu - wyjaśnia wszystko?

Tak to jeszcze poglądowo opiszę:
1.Część białek nie zawiera przy swym końcu N- aminokwasowym sekwencji sygnalnej, ale posiada prawdopodobnie wewnętrzną sekwencję sygnalną, ale jej sekwencja nie jest zachowawcza . Nasuwa się zatem pytanie o mechanizm ich transportu do mitochondrium, a ściślej rozpoznania przez receptor?
2. Nie ma jednoznacznych danych, potwierdzających związek między sekwencją sygnalną, a miejscem rezydowania białka. Białka mogą się znaleźć w 4 kompartmentach: błona zew. przestrzeń międzybłonowa błona wew. matrix. Samego mnie ciekawi, skąd komórka wie, gdzie i jakie białko umieścić?
3. Zanim białko wyruszy w drogę do mitochondrium często zostać otoczone białkami opiekuńczymi z rodziny Hsp70 i 90. Chronią one białko mitochondrialne przed agregacją/degradacją. Białko Hsp70/90 nie jest receptorem, nie wiąże się specyficznie do określonego białka, ale ma dużo potencjalnych białek, z którymi może wchodzić lub wchodzi w interakcję ,a mimo to nie są one transportowane do mitochondrium. Pytanie: skąd komórka wie, że należy potencjalne białko mitochondrialne związać z białkami opiekuńczymi?
5. Taki kompleks: białko mit-Hsp przemieszcza się do mitochondrium. Pytanie: jaki jest mechanizm transportu, biorąc pod uwagę problem molecular crowding

Tytułuj mnie jak Ci wygodnie, dla mnie forma per 'ty' jest wygodna;) Zauważ, że zaczynasz współpracę naukową z blondynką praktycznie zieloną w temacie...

Czyli kombinujemy skąd komórka wie jakie białka dostarczyć do mitochondrium? Oraz skąd wie jak tego dokonać?
Pod pojęciem 'wie' kryje się w jaki sposób jest zapisana i używana w praktyce informacja.

Ja ogólnie informację definiuję jako zawężenie możliwości, im konkretniejsze tym większa precyzja informacji. Nie chodzi nam o ilość a o dojście do tego która dokładnie informacja i na jakim nośniku sprawia, że do mitochondrium trafiają dokładnie takie białka jakie są potrzebne do jego prawidłowego działania.

Pierwsza kwestia to co jest całokształtem informacyjnym, bo sądzę, że samo DNA to dużo za mało.
To tylko jakby książka z instrukcjami. Są tam przepisy na potrzebne białka, ale nas interesuje gdzie jest informacja które z nich wyprodukować, jak je odpowiednio ukończyć oraz które i jak przetransportować do naszego mitochondrium? Czy jest ona zawarta w DNA a może jednak nie tylko, bo przecież jak weźmiemy samo DNA oraz mitochondrum to raczej interesujące nas zjawisko nie zajdzie. Może chodzić o inne elementy, ale wówczas tak czy inaczej przepis na nie będzie w DNA... albo i nie;)
Bo dlaczego kluczem nie miałabybyć jakaś cząsteczka niebiałkowa? Tylko znów do zarządzania nimi potrzebujemy białek, a przepis na białka jest w DNA...

Ten post to w sumie tylko upewnienie się czy myślimy o tum samym zagadnieniu, bo uważam to za konieczne aby ruszyć z kombinacjami.

Ja gdy o tym myślę mam w głowie skrajnie uproszczony model. Pojedyncza komórka drożdży nie wchodząca w interakcje z innymi, żyjąca sobie na szalce w dobrych warunkach, mająca absolutne minimum genów oraz z jednym jedynym mitochondrum, bo i tak elementów jest całe mnóstwo a gdy próbuję sobie wyobrazić proces produkcji białka i dostarczenia go dokładnie tam gdzie jest potrzebne to i tak jest więcej pytań niż odpowiedzi.

Problem jaki sam się nasuwa to to, że mamy już gotową, funkcjonalną superfabrykę, ale ona nie powstała z niczego.
Mitochondrium przecież x pokoleń wcześniej było oddzielnym bytem, który stopniowo się zintegrował z naszym drożdżem...

Poszłam w stronę szperania o organizmach bez mitochondium oraz szukania odpowiedzi na pytanie czym były mitochondria gdy były jeszcze samodzielne, no bo przecież wszystko wskazuje na to że były.

Ciekawy art o organimach bez mitochondrium:
https://naukowy.blog.polityka.pl/2016/05/15/bez-mitochondriow-da-sie-zyc/
Tu takie pytanie: dlaczego niektóre organizmy które miały funkcjonalne mitochondria je utraciły? Czy może zaszedł jakiś błąd w naszym transporcie białek a mimo to udało się znaleźć inną drogę czy może przez warunki dające inną opcję wygrała mutacja nieinwestująca w mitochondria?

Ogólnie brnięcie w to zagadnienie wymusza szybkie dokształcenie w sprawie mitochondriów,bo nie ukrywam po maturze i pierwszym roku studiów się nimi nie interesowałam jakoś wybitnie.

Z dziwnych pytań o granice tego co ożywione i nieożywione: czy mitochondria można by zaliczyć do istot żywych? Przecież sporo organizmów żyje tylko w ścisłej współpracy z innymi? Gdzie jest granica między jednym organizmem a kooperacją organizmów? Czy moje praktycznie niezbędne symbiotyczne bakterie to ja czy nadal jesteśmy oddzielni? A co gdyby taka bakteria żyła w moich komórkach?
Wiesz, im dłużej kombinuję gdzie jest granica między tym co ożywione a nieożywione tym bardziej mi ona znika.

Jakie cechy musi przejawiać byt aby uznać go za żywego?
Tu pytanie o uwzględnienie założenia, że Bóg ponoć jest żywy, choć nie ma biologicznego ciała?
Czy samoświadomy samoreplikujący się oraz ewoluujący program komputerowy można nazwać żywym?

I się wydało, że utkwiłam na poziomie pięciolatka, bo pytania , pytania i pytania. Tylko rodzice dawno już się poddali i najpierw pokazali bibliotekę a potem znalazłam neta;)

Tak do mnie dotarło, że ponoć DNA mitochondrialne jakoś wbudowało się w DNA jądrowe, tylko jak i dlaczego?
Bo przecież samodzielni przodkowie mitochondriów musieli sami produkować czyli też posiadać przepisy na swoje białka.

Czy mitochondrialne DNA drożdży bardzo różni się od mtDNA człowieka? Czy nasze mitochondria i mitochondria drożdży potrzebują takich samych białek? A jak innych to jak bardzo i dlaczego?

Czy wiesz może czy na układ produkcja białek mitochondrialnych- mitochondria wpływają np przekaźniki typu neuroprzekaźników czy hormonów?
W moim hiperprostym modelu raczej nie ma na to miejca, ale u organizmów wielokomórkowych to właśnie czynniki zewnętrzne w stosunku do komórki warunkują ekspresję genów, metabolizm itd...

IrciaLilith
To wspaniale - jesteś wolna od dogmatycznych założeń. Ja też nie jestem ekspertem od biologii molekularnej itd, ale otwarty na poznawanie i poszukiwanie.
IrciaLilith

Czy potrafisz wymienić, jakie problemy komórka ma/napotyka, gdy chce przetransportować białko do mitochondrium ( zresztą, nie tylko)?
IrciaLilith Na razie ważne, czy widzimy podobnie trudnośći z transportem maszyn molekularnych do magazynu o nazwie: mitochondrium.


IrciaLilith
Co da nam informacja genetyczna w transporcie do mitochodndrium? Przeczytałaś i/lub obejrzałaś zalinkowane artykuły/filmiki?
Polecam Tobie artykuł http://www.pb.ptbioch.edu.pl/pdf/4_2002 ... 4_2002.pdf To nie szkodzi, że ma kilkanaście lat, bo co do ogolnych zasad nie ma istotnych różnic. Ważny jest rozdział Sygnały determinujące umiejscowienie w mitochondriach białek prekursorowych Dobrze, jakby stopniowo ten problem rozpracowywać.
IrciaLilith



IrciaLilith
Nie chciałbym wchodzić w problem genezy mitochondrium, ale są różne teorie np. endosymbiozy.

IrciaLilith




Poruszasz mnóstwo problemów, również ciekawych. Wrócmy do meritum, bo utoniemy w watkach pobocznych np. symbiogenezie https://en.wikipedia.org/wiki/Symbiogen ... tochondria
http://www.e-biotechnologia.pl/Artykuly ... hondrialny Okazuje się np. kod genetyczny mitochondrialnego DNA różni się od uniwersalnego zapisu.

Ważne, aby się się zapoznała z tym filmikiem ( już go linkowałem) i wymieniła problemy w transporcie https://www.youtube.com/watch?v=LfDYGanMi6Q&t=2s ( widzisz, jakie uproszczenia są w tym filmiku, który jest jakąś próbą/modelem opisującym (wyjasniającym?)transport do mitochondrium?)
Tutaj to fajnie omawia https://www.youtube.com/watch?v=kPi-kkmKOdw

Filmiki obejrzałam i widzę pewne analogie do działania systemu neuroprzrkaźnictwa dopaminowego jakim się dość długo zajmowałam... Tam cały dowcip polega na zmianach na poziomie ekspresji receptorów oraz zmianach w kaskadach jakie ligand wywołuje.

Dokładnie, mtDNA operuje jakby innym językiem niż jądrowe DNA więc proces przekazania instrukcji z jednego do drugiego nie mógł być prosty...

Obawiam się, że olewając kwestie ewolucji symbiozy mitochondrium-komórka możemy pominąć klucz do tego procesu.

Myślę czy nie rozsądniej na początek rozkminić coś prostszego, np drogę od kodu jądrowego do sprawnego białka receptorowego w błonie komórkowej.
To oczywiście kombinacje jak przejść do czegoś mi znanego i to z poziomu ludzkiego układu nerwowego;) Natomiast można na początek zmodelować jak to przebiega u naszego drożdża. Czyli droga od genu kodującego receptor i to możliwie najprostszy do funkcjonującego receptora.

Mnie fascynuje jak informacja przychodząca do receptorów drastycznie zmienia pracę komórki.
Ważne jest to, że taka informacja to nie tylko białka czy kodujące je kwasy nukleinowe, ale praktycznie każda cząsteczka, bo wszystko ze sobą jest w jakiś sposób połączone. Wobec czego potrzeba uwzględnić każdą cząsteczkę biorącą udział w omawianym procesie.

Może warto w takim prostszym układzie DNA - receptor błonowy wypisać co może pójść nie tak a potem rozszerzyć to o dodatkowe problemy gdy białko ma trafić do mitochondrium?

IrciaLilith


Jakiego procesu? Nie wiemy W SZCZEGÓŁACH, w jaki sposób przebiegała ewolucja od bakterii do mitochondrium - to są spekulacje. Wiemy natomiast dużo o szczegółach procesu transportu białek do mitochondrium. Po co dodawać do dyskusji nieznany element? Bez tego jest to skomplikowany proces.
IrciaLilith

Po co chcesz to robić?
IrciaLilith
. Czemu to modelowanie ma służyć? Masz jakieś propozycje, bo ja za bardzo na tym się nie znam.
IrciaLilith
Czekam na Twoje propozycje tzn. podzielenie się konkretną wiedzą opartą o badania naukowe opisane w czasopismach naukowych.

Próbuję to rozpisać, ale zwyczajnie brakuje danych a do tego mam wrażenie, że w zależności od konkretnego organizmu i konkretnego białka ta droga jest inna i nie chodzi o jakieś mało ważne detale...

To, że rozpiszę dla konkretnego genu kodującego konkretne białko trafiające konkretną drogą w konkretne miejsce chyba nijak się ma do ogólnej zasady integrującej to wszystko... a kombinuję ze znacznie prostszą drogą do błony komórkowej przy założeniu braku rejonizacji...

Niby jakieś ogólniki istnieją, ale to jakbym do jednego worka wyrzuciła drogę od zapłodnienia do dojrzałości wszystkich strunowców razem...

Może jak się z tym prześpię to coś się rozjaśni?
Na razie to mam standardowe porażenie ogromem niewiedzy i nadmiarem pytań.

IrciaLilith A gdzie szukasz?
IrciaLilith
. To po co sobie komplikujesz życie?
IrciaLilith
Może odpuść sobie?
IrciaLilith
W jakim celu chcesz to zrobić?
Niezgłębiona jest psychika kobieca Dałem Tobie gotowe artykuły po polsku plus filmiki. Zasugerowałem pytania/problemy. Jaki sens ma szukanie informacji, która nawet nie wiadomo, czy okaże się przydatna w dyskusji?

Jak chcesz znaleźć czynnik integrujący nie dysponując
względnie pełnym schematem omawianego zjawiska?

Ja to po prostu widzę jako cykl połączonych etapów, jaki jest czynnik integrujący np cykli biochemicznych? Widzisz coś takiego? Czy jest po coś potrzebny?

Po co szukać czegoś więcej? Bo ja już tak mam. Chcę mieć możliwie najpełniejszy obraz sytuacji, zbyt wiele razy wpakowałam się w totalnie nieadekwatny obraz zjawiska biologicznego koncentrując się na zbyt wąskim zestawie danych.

IrciaLilith Wiedza o transporcie białek do mitochondrium jest na tyle duża, że pozwala postawić tezę o konieczności działania czynnika integrującego w tym procesie. Czytałaś artykuł? Potrzebujesz nowy?
IrciaLilith
Nie wiem, czy jest potrzebny, bo na razie mnie to nie interesuje. Interesuje mnie transport do mitochondrium i tam coś takiego "widzę". Uwazam ,że nie ma potrzeby analizować każdy proces w komórce, aby odkryć czynnik integrujący.
IrciaLilith
Tylko ,w jakim celu chcesz to analizować? Ja analizuję pod kątem czynnika integrującego, i znalazłem dobrze poznany proces, gdzie mozna zaobserwować skutki jego działania. Jeśli czegoś nie rozumiesz - pytaj.
Jak podstawę do dyskusji, niech posłuży już wcześniej zalinkowany znakomity artykuł http://www.postepybiochemii.pl/pdf/2_20 ... eLUz9sJYZY
Chciałbym, żebyśmy przedyskutowali etapy tego procesu.
1. Prekursory mitochondrialne
pozostają w cytoplazmie przez czas, jaki jest potrzebny,
aby przemieścić się z rybosomów cytoplazmatycznych
do powierzchni mitochondriów. W cytoplazmie są one
utrzymywane w formie rozfałdowanej lub tylko częściowo
sfałdowanej dzięki wiązaniu z cytosolowymi białkami opiekuńczymi, zapobiegającymi ich agregacji (ryc.1) Są to przede wszystkim białka z rodziny Hsp 70 i Hsp 90. Największa baza informacji o białkach, genach itd drożdży to oczywiśćie Saccharomyces Genome Database (SGD) https://www.yeastgenome.org/?fbclid=IwA ... pCMjWiHXys. W haśle transportu białek do mitochondrium ( Gene Ontology Term: protein targeting to mitochondrion) https://www.yeastgenome.org/go/GO:00066 ... Yc4dLdh1Qg baza podaje 10 białek. Umiesz dokonać ich analizy, pod kątem funkcji, jaką pełnią w transporcie?