Ok, czy próżnia, czyli pusta przestrzeń jest niczym?
Bo próżnia sporo cząstek generuje.
Ale przestrzeń to już coś...
Z zera też mogę wyciągnąć nieskończoność nieskończoności, ale potrzebuję zera.
Zero to nie nic...
Jeśli jakieś nic by istniało oraz do tego jakieś prawo to nie ma problemu, tylko istniejące nic to chyba oksymoron.
Ciekawy motyw...
Jeśli istnieje prawo które z niczego tworzy wszechśeiat to może nadal działać, ale w ramach wszechświata po prostu zawsze jest coś a nie ma żadnego nic...
Tak więc gdy owe prawa spotykają się z niczym mamy wielki wybuch a te prawa kreują wszechświat...
Dobra, wracam na Ziemie;)

Proteom- Proces transportu specyficznego białka do specyficznego miejsca wymaga tylko odpowiednich składników i praw przyrody, zintegruje się to samo, a jeśli nie to po prostu jakiś składnik jest wadliwy i taki system nie będzie replikowany, chyba, że dana zmiana jest pozytywna.
Myśląc o jakimkolwiek działającym systemie biologicznym jego historia ewolucyjna ma znaczenie i to często kluczowe. To przez olanie tego tak bardzo potrzebujesz tego czynnika integrującego...

IrciaLilith


Co decyduje, jakie składniki = specyficzne białka powiązane specyficzną interakcją, mają brać w tym udział? Przypadek? Akurat sobie pływały w cytoplazmie i jakoś tak się połączyły. Prawa przyrody nie determinują, czyli nie wymuszają na maszynach molekularnych: czasu, miejsca, ilości i jakości tych interakcji. Stwarzają jedynie pole, przestrzeń do ich aktualizacji. To spotkanie maszyn molekularnych może się odbywać w komórce na astronomiczną liczbę sposobów ( uwarunkowaną prawami przyrody), ale jakichś czynnik integrujący selekcjonuje, działa ograniczająco na ten wachlarz interakcji.
IrciaLilith
Nie twierdzę, że na genezę transportu białek do mitochondrium, jak i każdego procesu w komórce, nie miała wpływu historia ewolucyjna. Ewolucyjne przejście od bakterii do mitochondrium jest oparte o różne spekulatywne założenia. Nie wiemy, jakie białka brały w tym udział; możemy tylko domniemywać, ale nie sposób tego empirycznie potwierdzić. Zresztą to wcale nie wyklucza, że powstanie mitochondrium nie wymagało czynnika integrującego. Łatwiej analizować aktualny przebieg tego procesu, bez dodawania wielu niewiadomych z historii ewolucyjnej mitochondrium. Bez tego proces transportu jest na tyle skomplikowany i wciąż daleko do w pełni satysfakcjonującej odpowiedzi. Najlepiej, gdyby wiedzieć w szczegółach: w jaki sposób jest transportowane każde białko, spośród ok 800 ( u drożdży). Na razie mamy model, wiemy jakie białka są i/lub mogą być w ten proces zaangażowane, ale wciąż niejasny jest już pierwszy etap transportu potranslacyjnego - interakcja białko opiekuńcze - mitochondrialne: czy odbywa się on na etapie syntezy białka, czy już po jego zakończeniu; jakie konkretne Hsp z nim i w którym miejscu się wiąże?

Podstawą jest wyjście od epigenetyki oraz uwzględnienie tego jak komórki ogólnie oddzielają przestrzennie i czasowo różne procesy. Nie wiem dokładnie jak to jest u drożdży, bo gdy tkwiłam w biologii molekularnej to koncentrowałam się na człowieku i tu wiadomo o kluczowej wręcz roli siateczki śródplazmatycznej, mikrotubuli i innych tego typu struktur. Receptory wszelkich błon działają trochę jak przełączniki, uruchamiając kaskady reakcji.

Zawsze możesz, jak chcesz, te braki w wiedzy uzupełnić.

Proteom, powiem szczerze, nie wiem po co miałabym poświęcić minimum tydzień na poznawanie specyfiki komórek drożdży, skoro od wielu lat bardziej fascynują mnie ludzkie neurony, co do których poziom wiedzy do niewiedzy to mniej niż jeden procent do 99%zagadek i niejasności a ja nadal nie ogarnęłam nawet połowy tego jednego procenta...
Zapewne jak byś się zainteresował sprzężeniami zwrotnymi w świecie neuroprzekaźników i ich receptorów ( tu dopiero jest potrzebna precyzja w dostarczeniu białek receptorowych do odpowiedniego miejsca!) też uznałbyś, że potrzebujesz czynnika integrującego. Sądzisz, że jest jakiś jeden czynnik integrujący te wszystkie zsynchronizowane procesy wewnątrzkomórkowe czy że każdy proces ma swój indywidualny czynnik? Ogólnie co ma być tym czynnikiem? Szukasz procesu czy molekuły?

Serio- weź jakiś prosty i dobrze opisany cykl metaboliczny i doczytaj jak to przebiega w czasie i przestrzenii, tam też potrzeba jakiegoś tajemniczego czynnika integrującego?
Czy może to system: akcja-reakcja-wynik reakcji- kolejna reakcja i wszystko ładnie osadzone w czasie i przestrzenii, bo jak nie ma odpowiedniej koordynacji to po prostu system nie działa i ginie. Zauważ też różnorodność opcji awaryjnych, że tak się wyrażę,czyli procedur uruchamianych przy braku jakiegoś elementu.

Wg mnie działanie czynnika integrującego jest konieczny w przypadku dużej liczny szlaków metabolicznych, a z czymś takim mamy do czynienia już nawet u drożdży saccharomyces cerevisiae
https://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?sce01100 Całość tych szlaków metabolicznych, ich wzajemne relacje, sposoby regulacji itd - wymagają integracji. Pojedyncze szlaki metaboliczne - niekoniecznie.
Wg mnie proces powstawania maszyn molekularnych tworzących dany szlak metaboliczny i jego regulacja - wymaga integracji, gdyż wynika to ze zróżnicowanych i selektywnych sposobów regulacji ekspresji genów. Ciekawy artykuł o zintegrowanych modelach sieci metabolicznej i odpowiadającym im sieciach regulacyjnych genów https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5453602/
Największym problemem dla komórki nie jest funkcjonowanie jakiegoś pojedynczego szlaku metabolicznego ( np. synteza alaniny, cykl Krebsa itd), ale powstawanie szlaków: metabolicznych; regulacji genów; sygnałowych. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5065356/ To wymaga integracji na wielu poziomach, niż tylko synteza jakiegoś metabolitu przez określony enzym.

Czy zintegrowane systemy wymagają czynnika integrującego? Nie wystarczą prawa przyrody rządzące poszczególnymi elementami oraz ich wzajemnymi interakcjami? Systemy sprzężeń zwrotnych nie wystarczą?
Zobacz jak jedna siła- grawitacja ładnie integruje galaktyki pełne układów planetarnych, czy zestaw sił i praw to za mało aby zintegrować układy molekuł zwane organizmami żywymi? Gdyby zmieni jakieś oddziaływnie wszystko by się posypało, bo jest oparte na konkretnych prawach przyrody, na oddziaływaniach chemicznych, na takich a takich reakcjach.

IrciaLilith
One są zintegrowane dzięki czynnikowi integrującemu. IrciaLilith
Już pisałem: prawa przyrody tworzą przestrzeń i ograniczenie do realizacji budowy układów rozwojowych np. ścieżek metabolicznych. Prawa przyrody nie zmuszają komórki do budowy różnych procesów molekularnych. Jeśli uważasz, że same prawa przyrody i interakcje wystarczają do wyjaśnienia ( a nie tylko opisania), to spróbuj to zrobić w przypadku dowolnego (tylko jednego!) genu np. dla ułatwienia drożdży. Np. dlaczego takie, a nie inne TF wiążą się w obszarze regulatorowym? Baza danych: http://www.yeastract.com/ Zapraszam do analizy. Jeśli czegoś nie rozumiesz - pytaj. IrciaLilith Niestety, ale z punktu widzenia aktualnej wiedzy - nie. To jest dobry pomysł w przypadku funkcjonowania prostych ścieżek metabolicznych, ale już nie powstawania. , zwłaszzca tych złożonych. Jeszcze bardziej to widać, jeśli chcemy wyjaśnić powstawanie sensownie biologicznie współzależności między szlakiem sygnałowym, siecią regulacyjną genu i szlakiem metabolicznym w komórce. Komórka zaczyna rozpoznawać i odbierać sygnały poprzez aktywację receptorów błonowych, reagując na bodziec zmian w środowisku zewnętrznym. Receptory mogą pomóc przekazywać sygnał poza błonę komórkową do ścieżki sygnalizacyjnej wewnątrz komórki, aktywując serię reakcji biochemicznych. Łatwiej jest opisać funkcjonowanie takiego układu np. szlak sygnałowy MAPK, receptory np. Ste2 lub Ste3. Kaskada sygnalizacyjna ostatecznie wytworzy kinazy białkowe, które mogą dostać się do jądra i aktywować transkrypcję genu przez wiązanie czynników transkrypcyjnych z promotorami DNA. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articl ... elv040-F1/ Tylko gorzej z wyjaśnieniem, zwłaszcza jak zrezygnujemy z czynnika integrującego powstawanie tych układów. Jak już one powstaną, to prawdopodobnie będą działać samoczynnie/automatycznie. Zauważ, jak złożona jest kaskada MAPK https://onlinelibrary.wiley.com/doi/ful ... 2/yea.1791 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5294789/ A przecież to są tylko uproszczone modele i opisy niektórych białek biorących w tym udział.
IrciaLilith Tylko dynamika procesów w komórce jest bardziej złożona pod każdym względem np. ze względu na wielość oddziaływań ; rodzaje wiązań chemicznych itd. Układy wieloskładnikowe, których stan zależy od parametrów fizycznych i zbioru niezależnych zmiennych stężeniowych poszczególnych składników, mają (potencjalnie) olbrzymią liczbę stopni swobody np. białka.

Może chodzi o to, że tylko potencjalnie mają olbrzymią liczbę stopni swobody, bo jest ona w praktyce znacznie ograniczona warunkami fizykochemicznymi panującymi w komórce?
Zapytam się jeszcze raz: jak sądzisz czym ma być ten czynnik integrujący i czy obstawiasz jeden uniwersalny czy inny dla danego procesu lub układu?

Nie wiem. To jest sprawa drugorzędna. Najpierw trzeba ustalić pewne sprawy i interpretacje faktów naukowych: czy dostrzegasz skutki/potrzebę działania czynnika integrującego? Jeśli nie, to spróbuj wyjaśnić powstawanie układów rozwojowych w komórce bez niego - rozumiem, że zachodzi to wtedy wg Ciebie samoistnie. Tylko: co to znaczy? Sprzężenia zwrotne? Fajnie, ale raczej głównie przy już istniejących i prostych systemach. Sprzężenia zwrotne to nie czarodziejska wróżka tłumacząca zjawiska biologiczne.
IrciaLilith
Oczywiście. Tylko, to też może wymagać integracji. Jeśli białko może potencjalnie przyjąć astronomiczną liczbę konformacji, to warunki jakie stwarza komórka poprzez dostarczanie do tego białka np. inne specyficzne białko/RNA i/lub wchodzi ono w sieć specyficznych interakcji - może ono przyjąć funkcjonalną i sensowną biologicznie konformacje.

Proteom, ja po prostu uważam, że funkcje czynnika integrującego pełni mnóstwo różnych molekuł oraz praw i reakcji.
To typowa sytuacja gdy układ elementów to dużo więcej niż tylko zbiór tych elementów, bo dochodzi cała masa interakcji, oddziaływań między tymi elementami, w tym wszelkich sprzężeń , cykli itd

To jest teza. Musiałabyś ją zresztą bardziej rozwinąć, bo jest niezbyt jasna i ogólnikowa. Procesy biologiczne nie są ogólnikowe. Potrafisz ją na konkretnym przykładzie udowodnić?

Największy problem jaki widzę to próba wyciągnięcia pojedynczego procesu z całokształtu procesów komórkowych gdzie praktycznie wszystko wpływa na wszystko, myślisz o białkach mitochondrialnych, uwzględniasz DNA, RNA, inne białka, enzymy, ew siateczkę śródplazmatyczną i rybosomy, a klucz może być
np w szlaku opartym o jakiś receptor błonowy, albo jakieś olane substancje nieorganiczne, które pełnią istotną rolę. W komórce nic nie jest wpełni niezależne od reszty, wszystko wpływa na wszystko w taki czy inny sposób.
Weź jakiś prosty szlak metaboliczny i zauważ, że on nijak nie jest odseparowany od reszty procesów nawet gdy zachodzi w odizolowanej strefie. Nie będąc technicznie wstanie ogarnąć wszystkich elementów i procesów można tylko spekulować co integruje co, bo i tak wszystko wpływa na wszystko, nezpośrednio lub pośrednio...

Ircia nie musi niczego rozwijać ani udowadniać. To ty wychodzisz z nieuzasadnionymi tezami stawiającymi na głowie połowę ludzkiej wiedzy o biologii. I w sumie niby zmierzasz w jakimś sensownym kierunku, ale ostatecznie wymagasz żeby inni myśleli za ciebie. Twoje szczęście, że nikomu się za bardzo nie chce. Mi też się nie będzie teraz chciało. Aczkolwiek:

fajnie, że wymagasz od kogoś udowodnienia, że tak nie jest, chociaż sam nie wykazałeś, że specyficzne reakcje mogłyby zachodzić na miliardy sposobów, ale jakiś cudowny czynnik je "integruje". Tymczasem mógłbyś, gdyby ci się chciało, przeanalizować jaką drogę w komórce przebywa ta twoja maszyna molekularna, z jakimi cząsteczkami ma kontakt po drodze i z którymi z nich reaguje a z którymi nie. I np wykazać, że cudownie niereaguje z takimi, które z chemicznego punktu widzenia powinny ją rozpuścić czy cokolwiek innego. Bo może się jednak okaże, że ta maszyna fizycznie jest zdolna reagować jedynie z tym z czym powinna reagować i robi to w jeden konkretny sposób, bo sama jej budowa uniemożliwa jej działanie w żaden inny sposób.

Na razie mamy powtarzanie w kółko, że tobie się wydaje, że złożone procesy potrzebują cudów do działania. Nie jestem biologiem, ale nawet wiedza z pierwszego semestru o podstawach działania układów scalonych pozwala uodpornić na tego typu bajdurzenie. Na razie nie ma nic poza rzucaniem słowami, które pewnie wszyscy poza zefciem musieliby sprawdzać w akademickich podręcznikach do biologii. Tylko jakimś cudem taki geniusz jak ty, ze swoim "tematem na pracę magisterską" użera się z kompletnymi laikami

Ja tam się cieszę z tego tematu, bo dawno nie kombinowałam z biologią molekularną, fajnie się krąży po tematach które mi wypłynęły przy okazji transportu białek do mitochondrium, szczególnie ewolucyjna przeszłość tych organelli jest fascynująca.
Ogólnie dawno nie czytałam materiałów gdzie procesy są względnie dobrze poznane i stosunkowo proste, bo porównuję to z czynnikami wpływającymi na ekspresję receptorów dopaminowych u człowieka, gdzie oczywiście powiązania nie zamykają się w obrębie jednej komórki, a które sobie obecnie odpuściłam dla innej tematyki.

Do tego mam wrażenie proteom, że jako centrum zarządzające komórki uważasz jądro komórkowe/ obszar z genomem a tak nie jest, warto skupić się na tym co decyduje o aktywacji danego genu i produkcji danego białka. Organ wykonawczy to nie centrum informacyjno zarządzające

To Twoje zagadnienie i ja nie będę wybierać konkretnego szlaku do analizy, pisałam już parę razy: wybierz jakąś konkretną komórkę, jakieś konkretne białko i przedstaw na tyle uproszczony model na jakim chcesz pracować, taki schemat cyklu, bo szczerze ciekawi mnie co uznajesz za początek i czy wychodzi Ci linia czy cykl... Każdy punkt najlepiej z konkretnymi problemami z integracją, z opcjami co może pójść nie tak. Może są opisy konkretnych zaburzeń metabolicznych które to obejmują. Patologie są bardzo przydatne gdy chce się coś zakumać.
Po kolei w oznaczonych cyferkami punktach, aby łatwo dyskutować o konkretnych etapach.
Super by było mieć z trzy takie opisy aby podobieństwa i różnice były widoczne.
Mogłabym sama to zrobić, ale po prostu mam ciekawsze zajęcia i od wielu lat pracuję nad rozpiską receptorów na neuronach, bo tam po prostu wszystko tak się łączy, że nie ma sensu schodzić na poziom wydzielonych cykli, ani poszczególnych typów receptorów czy neuronów.
Może dlatego jestem sceptyczna bo paprałam się dużo bardziej skomplikowanymi oraz zintegrowanymi zjawiskami i niczego co można by nazwać czynnikiem integrującym nie dostrzegam, tylko mnóstwo sprzężonych reakcji.

Biologia to nie korporacja, nie ma stanowiska koordynatora, tą funkcję pełnią układy powiązane z receptorami... A komórkowa waluta się zużywa i jest non stop produkowana i przrkazywana "z rąk do rąk"

Zawsze można też przeanalizować hipotezę pól morficznych, bo skoro nie wiesz czy szukasz cząsteczki, prawa czy oddziaływania nie ma co odrzucać tego pochopnie...

Mega okrojony pseudo schemat białka mitochondrialnego bez wyboru konkretnego obiektu:
1. Jakieś receptory odbierają sygnał o spadku poziomu produktu działania naszego białka i idzie kaskada reakcji oczywiście różna w zależności od wybranego białka.Aha same receptory to też białka, więc cykl ich produkcji jest powiązany, bo częstotliwość tego typu sygnałów na ogół wpływa na ekspresję receptora. A ekspresja receptora jest kluczowa dla mocy kaskady reakcji. Sama kaskada oczywiście przebiega w czasie i przestrzenii.
2. Przekaźnik któregoś tam rzędu aktywuje proces DNA-»białko, tu oczywiście nie bawimy się w oczywistości i przechodzimy do pięknego łańcucha z wstępną strukturą przestrzenną. No chyba, że na czymś chcesz się skupić, bo można wdepnąć w epigenetykę...
3. Transport i obróbka białka, tu dużo zależy od tego o jakim białku i jakiej komórce mowa, ale sporo się dzieje, natomiast zakres i miejsce obróbki zależą od tego co jest obrabiane.
4. Białko jest tam gdzie potrzeba i robi to co potrafi robić;)
Przydałby się opis możliwych problemów nie wynikających z błędów w naszym białku i metodach zaradczych oraz z błędami w samym białku jeśli o jakiś coś wiadomo.
5. Mamy sygnał o odpowiedniej ilości produktu działania białka i produkcja zostaje zawieszona aż nie spadnie jego poziom
6. Czyli cała zabawa od początku.

7. Skoordynować to z procesami degradacji białka
8. Skoorydynować to z procesami dotyczącymi produkcji i transportu wszelkich białek i innych cząsteczek biorących udział w opisywanym procesie, uwzględniajac systemy regulacyjne
9. Czas, serio, wpisz ile plus minus trwa dany proces, etap

Aha, uwzględnij rolę ATP itp, bo zawsze jak w życiu zawsze się rozchodzi o kasę tak w komórce o ich walutę energetyczną i na upartego to ATP i to z czym się łączy można by uznać czynnikiem integrującym. Przy neuronach w kółko było ATP i białko G