Tak. A przynajmniej obecnie nie mamy przesłanek, by twierdzić, że musi być coś zewnętrznego względem molekularnych mechanizmów, co te mechanizmy jakoś „reguluje”. To te mechanizmy regulują zarówno siebie, jak i inne procesy biochemiczne.
Działają w sposób skoordynowany w tym znaczeniu, że z ich działania wynika pewna emergencja – życie. Nie jest to jednak koordynacja przez coś, a po prostu wynik wspólnej ewolucji, która promowała takie mechanizmy, które miały korzystny wpływ na rozwój całego systemu, a represjonowała te, które miały negatywny.

Nooo,zdaje się, że wyjaśniłeś powstanie życia. Stąd tylko krok do stwierdzenia, że materia powołuje do istnienia ducha.

proteom Zefciu
To jest kwestia Twojej wiary, że procesy biologiczne, w tym integracja działania epigenomu podlega samoregulacji. Chyba, że masz na to dowody naukowe- czekam. Zresztą nawet istnienie samoregulacji, nie wyjaśnia, jaki czynnik za to odpowiada. Opis: "samoregulacja"; "integracja". Wyjaśnienie:? To 2 różne problemy. Klasycznym przykładem jest regulacja ekspresji genu na etapie transkrypcji. Wiemy już bardzo dużo (przynajmniej w przypadku relatywnie prostych drożdży), jakie TF biorą udział w ekspresji większości genów, ale problemem (zagadką) jest dlaczego te, a nie inne - spośród potencjalnie ok 100 regulują: specyficzny gen w specyficznym miejscu. Przykładem jest regulacja cyklu komórkowego. Tylko ok 20% genomu drożdży jest transkrybowane okresowo ( we właściwej fazie) podczas cyklu podziału komórki. Dokładna czasowa realizacja tego dużego programu transkrypcyjnego jest kontrolowana przez dużą interakcyjną sieć regulatorów transkrypcji, kinaz i ligaz ubikwitynowych. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articl ... gure/fig1/ Więcej: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3872199/ Czy opis działania tych makrocząsteczek , wyjaśnia ich zintegrowaną koordynację w ekspresji specyficznych genów? Moim zdaniem nie, choć to wymaga analizy konkretnych przypadków (genów) Jeśli będziesz chciał, to mogę to dla Ciebie zrobić.
Zefciu To prosiłbym Ciebie o Twoją definicję emergencji, gdyż nie ma też jednoznacznej definicji i jest ona używana w różnych znaczeniach. To, że zintegrowana koordynacja epigenomu powstała drogą ewolucji, nie wyjaśnia: w jaki sposób ona tego dokonuje w komórce, czyli aktualizacja potencjału integracji. Czynnik integrujący epigenom nie musi być czymś "zewnętrznym" , ale działa w ramach i w oparciu o istniejącą materię i energię w komórce. Działa w ramach, czyli jest ograniczony przez obecny: genom, transkryptom, proteom, metabolom, epigenom. Dla przykładu metabolom drożdży z bazy Yeast Metabolome Database (YMDB) http://www.ymdb.ca/ Poczciwe drożdże mają w swych komórkach, dzięki różnych procesom ok 16 000 związków chemicznych! http://www.ymdb.ca/compounds Do tego posiadają 9595 ścieżek(szlaków) metabolicznych http://www.ymdb.ca/pathways Na ich drodze zachodzi 31624 reakcji http://www.ymdb.ca/reactions Wbija w fotel.

Nie. To nie jest kwestia mojej wiary, tylko kwestia zastosowania brzytwy Ockhama. Jeśli zapalanie się światła w lodówce można wyjaśnić działaniem określonego mechanizmu, to postulat, iż w lodówce żyje krasnoludek, który zapala światło należy odrzucić.

Jakie dowody by Cię przekonały?

Co masz na myśli pisząc „dlaczego”? Chodzi Ci o przyczynę (bo w toku ewolucji akurat te geny tę funkcję przejęły), czy o mechanizm (powinowactwo chemiczne)? Proszę, zacznij wypowiadać się precyzyjnie, bo na razie nie wiadomo, o co Ci chodzi.
Nikogo nie obchodzi Twoje zdanie. Przestaw argumenty, albo zamykamy temat.

Emergencja to zjawisko polegające na tym, że układ posiada cechy, których nie posiada żadna z jego składowych.
A to samo po polsku?
No wbija. A to wbijanie w fotel nie uzasadnia wprowadzania do równania jakiegoś „God of the gaps”?

zefciu
Faktem jest skoordynowane działania epigenomu, która podlega regulacji czasowo-przestrzenno-ilościowo-jakościowej np. faza cyklu komórkowego, specyficzny gen(y), specyficzne białka, specyficzna ich proporcja. Funkcjonowanie jakiegoś hipotetycznego mechanizmu samoregulacji całego epigenomu, nie tłumaczy tym bardziej procesu powstawania takiego mechanizmu w komórce w sposób ciągły, systematyczny. Integracja działania epigenomu w komórce to nie jest coś incydentalnego w jej funkcjonowaniu np. dot. tylko niektórych genów, czy procesów metabolicznych, ale ma charakter totalny, całościowy.
Jakieś artykuły naukowe opublikowane w recenzowanych czasopismach, gdzie są przedstawione argumenty i modele na rzecz tezy: samoregulacja wyjaśnia działanie całego epigenomu ( choćby jednokomórkowego eukariota np drożdże); w wersji prostszej - części epigenomu; w wersji najprostszej - kilku genów, ale na wszystkich poziomach ich ekspresji ( od pre-RNA do białka), czyli: zainicjowanie transkrypcji genu przez czynniki transkrypcyjne,
synteza pre-mRNA przez polimerazę RNA,
obróbka posttranskrypcyjna, dzięki której powstaje dojrzały mRNA,
transport mRNA z jądra komórkowego do cytoplazmy,
rozpoznanie mRNA przez rybosom i translacja białka,
degradacja mRNA,
zwijanie białka (nabywanie struktury trzeciorzędowej białka),
przemieszczenie białka do właściwej pozycji (np. błony komórkowej, mitochondrium etc.) ,
modyfikacje potranslacyjne, np. glikozylacja, fosforylacja (proces ten może poprzedzać proces poprzedni).Wszystkie te etapy podlegają regulacji przez specyficzne mechanizmy oraz są koordynowane w sposób czasowo-przestrzenno-ilościowo-jakościowej. Co kontroluje tą wieloaspektową koordynację tak licznych i złożonych procesów.
Nie chodzi mi o ewolucyjną genezę epigenomu, proteomu itd, bo co do tego, nie mam wątpliwości. Bardziej zależy mi na wskazaniu mechanizmów fizyko-chemicznych, nie tylko opisujących działanie epigenomu, ale wyjaśniających zintegrowaną ich koordynacje na przykładzie choćby genów, których ekspresja została wnikliwie poznana np. poziom transkrypcji ( np. jakie TF, gdzie i kiedy biorą w tym udział). Finał powinien nas doprowadzić do odpowiedzi: dlaczego takie, a nie inne TF zostały użyte w ekspresji konkretnego genu. Mógłbyś, częściowo słusznie stwierdzić, że przecież linkowałem artykuł o regulacji transkrypcji w czasie cyklu komórkowego, i tam powinna być na to odpowiedż. Nie do końca tak jest. Cln3 / Cdk1 również aktywuje promotory regulowane MBF za pomocą nieznanego mechanizmu. Clb2 / Cdk1 może również promować represję promotorów regulowanych przez MBF za pomocą nieznanego mechanizmu. Sporo nie wiemy. A przede wszystkim nie wiemy, dlaczego w jaki sposób komórka używa ten specyficzny kompleks transkrypcyjny( SBF transcription complex), a nie inne TF? Autorzy artykułu wybrali spośród ok 200 genów regulowanych przez SBF transcription complex zaledwie dwa: CLN1/2. Pokazali 3 TF, które wiążą się z ich promotorami(Swi4/6; Whi5). https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articl ... gure/fig2/ Czy to są wszystkie, które biorą udział w regulacji CLN1/2? Okazuje się, że jest ich więcej:
[ciach – flooding, z]
Nie tłumaczę integracji epigenomu działaniem Boga. Aktualizacja potencjału integracji to wyrażenie się w danym momencie i miejscu specyficznych czynnikow i mechanizmów zapewniających prawidłowe funkcjonowanie i powstawanie epigenomu. To tylko w sposób uproszczony i przybliżony pokazuję Ci, jak ostrożnie i krytycznie trzeba podchodzić do "wyjaśnień"regulacji genów zamieszczanych w czasopismach naukowych. Lepiej sprawdzać w aktualizowanej corocznie bazie. To, że nawet przyjmując, iż te 2 TF regulują choć tylko dwa geny:CLN1/2, to wciąż pozostaje pytanie: jak te 2 TF podlegają regulacji i na jakim etapie, tym bardziej, że nie są one obecne w innych fazach cyklu komórkowego, czy innych procesach metabolicznych.

Skąd wnioskujesz, że mechanizmy te powstały w sposób systematyczny? Bo ciągłość jest tutaj oczywista.
Wyjaśnij, co przez to rozumiesz, skąd to wnioskujesz i co by było, gdyby było odwrotnie.
Problem w tym, że póki co nie mamy wyjaśnienia działania całego epigenomu. To jednak nie oznacza, że potrzebujemy jakichś atrap wiedzy.
A czym? Pisałeś wyraźnie o istnieniu jakiegoś czynnika nadprzyrodzonego. Uważasz, że istnieje nadprzyrodzony czynnik dający życie, który nie jest Bogiem? To dopiero herezja.

Kiedyś było coś takiego jak witalizm.

No owszem. Ale wkrótce go obalono przez syntezę mocznika. Wtedy to jednak miało jakiś sens – istniały dwie grupy związków chemicznych i zdawało się, że rzeczywiście nie da się stworzyć związków organicznych z nieorganicznych bez zastosowania jakiejś tajemniczej siły. To zaś, co postuluje Proteom jest zupełnie niejasne. Używa on różnych epitetów, jak „skoordynowany”, „ciągły”, „systematyczny”; jednakże w żaden sposób tych pojęć nie operacjonalizuje. Nie wiemy, jaka jest alternatywa dla tych epitetów, zatem nie możemy sfalsyfikować jego rewelacji.

Idea witalizmu jest dość prosta, stąd i dziś może trafiać na podatny grunt.

W jakim sensie prosta? Dawny witalizm był prosty i falsyfikowalny – stawiał on konkretną tezę, że związki organiczne mogą powstawać tylko w organizmach żywych. Ta teza została sfalsyfikowana. Natomiast „witalizm” Proteoma nie ma niczego z prostoty. Opiera się na sypaniu niejasnymi pojęciami i nie wskazuje żadnego kryterium falsyfikacji poza „wszystko w biologii molekularnej uda się wyjaśnić”.

Wydaje mi się, że żeby móc falsyfikiwać, trzeba opierać się na wiedzy, natomiast Proteom przyjął na początku jakieś założenie i próbuje wszystko od niego dopasować.

proteom napisał(a):
Zefciu Mechanizmy, czyli sposoby regulacji epigenomu, w tym etapy ekspresji genów powstają w komórce w zależności od genu, warunków środowiska, cyklu komórkowego itd. Komórka w sposób selektywny i specyficzny stosuje te mechanizmy, poprzez np. rekrutację odpowiednich białek i/lub RNA w zależności od etapu ekspresji genu. Odmienne w inicjacji transkrypcji, obróbce pre-mRNA, transporcie itd. To nie zachodzi w sposób przypadkowy, chaotyczny, ale w sposób zintegrowany i skoordynowany. Klasycznym przykładem jest regulacja transkrypcji. TF biorące udział w regulacji genu NMR1(faza G1/S) w czasie cyklu komórkowego: rzeczywiste i potencjalne. Potencjalnie jest w stanie regulować ten gen w obszarze promotora ( wiązać się z okresloną sekwencją) przynajmniej 35 TF, a komórka stosuje tylko jeden Ste12p (aktywator). Co więcej - nie wiemy, gdzie się w promotorze wiąże, gdyż jest ono niespecyficzne tzn. Ste12 nie posiada tam sekwencji kanonicznej dla siebie (Transcription Factor
Binding site(s)) http://www.yeastract.com/view.php?exist ... ame=Ste12p To w oczywisty sposób utrudnia zrozumienie mechanizmu aktywacji genu. Zresztą te ok 35 TF to nie są wszystkie obecne w komórce, tylko takie, o których wiemy, że posiadają w tym promotorze NMR1 kanoniczną sekwencję. Wiadomo jednak, że wiele obecnych w komórce TF wiąże się niespecyficznie, a mimo to, komórka nie stosuje dziesiątków z nich do regulacji tego genu(aktywator lub represor), tylko rekrutuje jeden - Ste12p. Potrafisz to wyjaśnić? Do aktywacji transkrypcji ( preinitiation complex (PIC) potrzebne są liczne inne kompleksy białek: pol II, TFIID, TFIIA, TFIIB, TFIIF, TFIIE, and TFIIH. Oznacza to, w przypadku drożdży, iż do promotora musi zostać dostarczone ok 50 specyficznych białek. https://www.yeastgenome.org/go/GO:0006366 A mówimy tu tylko o jednym genie; tylko na etapie regulacji transkrypcji; tylko w czasie tylko jednego procesu ( cykl komórkowy). Produkt genu NMR1(ATG18) to białko Autophagy-related protein 18. Podlega ono modyfikacji posttranslacyjnej - fosforylacji w 3 miejscach (S354,Y381,S383) https://www.yeastgenome.org/locus/S000001917/protein. Dokonują tego specyficzne enzymy z grupy kinaz, gdzie muszą zostać wybrane 2 lub 3, spośród potencjalnie kilkudziesięciu kinaz. Białko zostaje przetransportowane do specyficznych przedziałów: endosom, wakuola. https://www.uniprot.org/uniprot/P43601 Spośród potencjalnych kilkunastu. To wszystko wymaga wyjaśnienia, a nie tylko opisu, jeśli chce się zrozumieć, choć w części ekspresję tego genu. Rozumiesz/czujesz Zefciu skalę problemu, który dot. dla skrajnego uproszczenia tylko jednego genu! Czy zgadzasz się, że nawet dla jednego genu konieczna jest koordynacja tych procesów przy pomocy specyficznych i selektywnych mechanizmów? Jeśli tak, to co koordynuje te procesy?

To rozwiń proszę, o co Ci konkretnie chodzi tzn. czym się nie zgadzasz?

Proteom, obawiam się, potyka się o własny język.

Bo jeśli kto pisze, że komórka rekrutuje, komórka stosuje, komórka wybiera (to ostatnie na dodatek nie wprost!), to już przemyca a priori założenie o jakimś bycie tożsamym z komórką, a posiadającym inteligencję podobną do ludzkiej. Ten byt umyślony, z chmur wzięty, skoro został chyłkiem-bokiem wstawiony w rozważania, pełza sobie potem w języku użytym do opisu komórki i w końcu zostaje z hukiem odkryty. Oczywiście natychmiast przykrawa się go do naukawej postaci mechanizmu, ale tak naprawdę chodzi tu o pytanie, czy komórka ma swojego Ducha (kami) pilnującego, aby wszystko w materii banglało jak trza. Rzecz jednak w tym, że ten Duch wynika tylko i wyłącznie z niedoskonałości języka, któremu "odkrywca" daje się uwodzić - i to z lubością, obawiam się.

Proteom nie zauważa więc, że jego problem jest natury nie biochemicznej, ale lingwistycznej.

Per analogiam mógłbym zapytać, czy skoro relacje elementów HTML składających się na forum wiara człowiek opisuje relacją rodzic-potomek, bo mu takie nazewnictwo wygodne, to czy owe elementy nie powinny z tytułu takiego nazewnictwa podlegać ludzkiemu prawu spadkowemu...

Nie. Zupełnie nie wbija. Wbijałoby, gdyby było w miarę proste i nieredukowalne do form prostszych, bo to by dowodziło, że zostało dane całe w gotowej formie i że stoi za tym jakaś myśl. Natomiast nieludzka złożoność procesu zaświadcza, że stanowi on pobojowisko możliwości "sklecone na odpieprz-się", a tak właśnie działa ewolucja. A to, że człowiek na ten widok odruchowo poszukuje jakiegoś prostego mechanizmu koordynującego i nie może go znaleźć, wskazuje właśnie, że nie jest to dzieło nikogo podobnego do człowieka.

W ogóle, skąd pomysł, że wyjaśnienia zagadek Wszechświata mają być zawsze skrojone na miarę przeciętnego Kowalskiego?