Z sugestią Robka, że człowiek przypisuje Bogu tylko to, czego mechanizmu działania nie rozumie, a ponieważ wiedza "idzie do przodu", to przypisywanie Bogu czegokolwiek jest (w domyśle) głupie.

To Bóg jest potrzebny do tego żeby, wyjaśniać otaczającą nas rzeczywistość?

Przecież jeśli by udało sie udowodnić, że to chrześcijański Bóg stworzył świat, to wtedy już nie byłoby żadnej wiary, by była jedynie wiedza.






Z uwagi na specyfike tego forum, przyszło mi do głowy, że widzisz w tym Boga, który modyfikuje te histony.

Czy posiadasz jakąś wiedzę z epigenetyki? Polecam książkę https://www.researchgate.net/profile/Is ... orders.pdf rozdział 2. Bez znajomości podstaw trudna będzie dyskusja.

Zobaczymy. Przedstaw swoje argumenty, to się okaże, czy moja wiedza na ten temat jest wystarczająca, aby je zrozumieć, czy nie.

Co w takim razie decyduje o epigenomie?

Co to znaczy „decydować o epigenomie”? Skąd założenie, że musi być jakieś jedne „coś”, co samo „decyduje o epigenomie”?

decydować https://sjp.pl/decydowa%C4%87
Co odgrywa zasadniczą rolę, o epigenomie https://pl.wikipedia.org/wiki/Epigenom w komórce, czy w wariancie prostszym - określonym genie lub zestawie genów. Zgadzasz się, że epigenom decyduje o genach. Co jednak rozstrzyga o zintegrowanym: specyficznym i selektywnym epigenomie?

Następna taka chamska wstawka – wątek ląduje w koszu
Ponawiam pytanie – skąd wniosek, że musi istnieć jakieś jedno „coś”, co decyduje. Epigenom modyfikowany jest przez różne mechanizmy, których działanie wynika z różnych czynników zewnętrznych i wewnętrznych.
Co to znaczy „epigenom decyduje o genach?” Epigenom reguluje ekspresję genów. Co to znaczy?

Czy wg Ciebie działanie epigenomu jest przypadkowe, czy też zintegrowane/skoordynowane/ukierunkowane na ekspresję specyficznych genów w określonym miejscu i czasie przy udziale specyficznych/selektywnych czynników np. modyfikacji histonów, specyficznych czynnikow transkrypcyjnych?

Zgadzam się. Co jednak koordynuje ten skomplikowany proces, wieloetapowy proces?https://pl.wikipedia.org/wiki/Ekspresja_genu Przypadkowe białka i RNA w przypadkowych etapach?
proteom

zefciu
To w praktyce oznacza, iż komórka musi "wiedzieć", jakie mechanizmy (np. specyficzne białka) użyć w ekspresji określonych genów na określonym etapie. Skąd posiada o tym informację? Postaram Ci się to pokazać na przykładzie jakiegoś genu pospolitych drożdży i to tylko na etapie regulacji transkrypcji - w czym jest problem.

Działanie epigenomu jest produktem ewolucji. Utrwaliły się w jego działaniu takie mechanizmy, które były ewolucyjnie promowane. Zatem jego działanie sprzyja przetrwaniu genów, podobnie jak działanie innych mechanizmów w organizmach żywych. Nie oznacza to jednak, że jest coś, co działanie epigenomu „integruje”.
Nie mamy przesłanek, aby twierdzić, że musi istnieć coś jednego, co ten proces koordynuje. Jeśli jakiś etap tego procesu nie zadziała, to będzie to zmiana letalna.
Informacja ta jest przekazywana molekularnie przy pomocy produktów określonych genów. Obecnie mamy to jako tako opisane u Drosophilae. Są to między innymi gap genes, pair rule genes i geny Hox przez nie regulowane.

Nie wiem czemu poruszasz problem pochodzenia (ewolucji) epigenomu, tym bardziej, że temu nie przeczę? To, że epigenom powstał drogą ewolucji, nie zaprzecza, że do swego prawidłowego funkcjonowania wymaga integracji.

Nie wiem, czy to jest jeden czynnik ( np. niematerialna siła życiowa), ale działanie całego epigenomu wpływającego na ekspresję genów wymaga regulacji na różnych poziomach. Czy ta regulacja wymaga koordynacji/integracji - to oczywiste. Chyba nie twierdzisz, że regulacja ekspresji tysięcy genów na różnych poziomach przez specyficzne czynniki ( białka i/lub RNA) jest przypadkowa? Komórka wybiera określony mechanizm poprzez selektywną rekrutację specyficznych makrocząsteczek do specyficznego etapu ekspresji określonego genu np. zróżnicowane czynniki transkrypcyjne (TF) do aktywacji lub represji inicjacji transkrypcji. To nie są przypadkowe, losowe TF, bo akurat sobie podróżują w jądrze komórkowym. Komórka rekrutuje te specyficzne i je tam transportuje - właściwe dla: 1. danego genu 2. miejsca w genie 3. warunków środowiska ( wewnętrzne i zewnętrzne) 4. faza cyklu komórkowego.

Gap genes kodują czynniki transkrypcyjne regulujące pair rule genes ( geny zaangażowane w rozwój segmentowanych zarodków owadów) https://en.wikipedia.org/wiki/Pair-rule_gene Te procesy wymagają integracji epigenomu, chocby poprzez specyficzną regulację określonych grup genów na specyficznym poziomie np. inicjacji transkrypcji. Jeśli np. Gap genes zostaną włączone, to komórka musi wiedzieć, jakich mechanizmów ma użyć, aby tego dokonać. To wymaga integracji procesu w zakresie czasowo-przestrzenno-ilościowo-jakościowym.

Teraz chciałbym Ci przedstawić problem, jaki ma komórka pospolitych drożdży Saccharomyces cerevisiae już tylko na pierwszym i najważniejszym etapie ekspresji genu - inicjacji transkrypcji ( aktywacji i/lub represji). Skorzystałem z największej i regularnie aktualizowanej bazy TF drożdży http://www.yeastract.com/index.php służącej do analizy transkrypcji genów tego organizmu poprzez różne TF. Od ostatniej aktualizacji w czerwcu 2017 r. YEASTRACT obejmuje około 163000 powiązań regulacyjnych między czynnikami transkrypcyjnymi (TF) a genami docelowymi w S. cerevisiae, w oparciu o ponad 1600 odniesień bibliograficznych; obejmuje również 247 konkretnych wiążących konsensusów DNA regulowanych przez 113 TF. Można sobie m.in. wybrać warunki, w jakich dany gen podlega ekspresji i zobaczyć jakie TF wtedy go regulują. Za przykład biorę gen białka histon HHT2 w warunkach bezstresowych w logarytmicznej fazie wzrostu (Unstressed log-phase growth control).
TF, które bezpośrednio udokumentowano wiązanie specyficzne z promotorem jest 7 np. Met28p,Met4p.
TF, które pośrednio udokumentowano wiązanie z promotorem jest aż 43, tylko wiążą się w sposób niespecyficzny, czyli niezgodny z sekwencją konsensusową charakterystyczną dla danego TF. Jeśli chcemy wiedzieć, jakie TF wiążą się z promotorem w specyficznych warunkach, to np. zaangażowane w synchronizację cyklu komórkowego są tylko 3: Yox1p, Yhp1p, Swi4p( tylko ten wiąże się specyficznie). TF zaangażowane w regulację w zależności od dostępności azotu: Flo8p ,Sfp1p ( oba niespecyficznie). Można dalej szukać TF w zależności od określonych warunków np. stres, dostępność tlenu itd. Będą to inne TF. Na czym polega integracja? Komórka drożdży posiada potencjalnie 117 TF, ale tylko część jest w ciągłym użyciu. Wiele ( większość?) jest nieobecna i dopiero w określonych warunkach jest używana do regulacji specyficznych genów. W przypadku genu HHT2 w warunkach dostępności azotu: 1. musi dokonać najpierw specyficznych modyfikacji specyficznych histonów w specyficznym miejscu np. promotor. 2. musi rekrutować specyficzne TF: lo8p i Sfp1p i dostarczyć je do promotora, spośród wielu TF, a nawet wielu białek obecnych w jadrze. Proces jest selektywny i specyficzny- zarówno w czasie, jak i przestrzeni, więc wymaga koordynacji przez czynnik integrujący, którego mechanizm działania i natura pozostają zagadkowe. Jeśli potrafisz wyjaśnić regulację genu HHT2 bez postulowania czynnika integrującego - czekam na propozycję. Zauważ, jak problem robi się skomplikowany, gdy uświadomimy sobie, że komórka musi w sposób skoordynowany i selektywny regulować tysiące genów i to nie tylko na poziomie inicjacji transkrypcji, ale splicingu https://pl.wikipedia.org/wiki/Splicing# ... ternatywny, transportu m-RNA, modyfikacji i transportu białka itd.

Do czego właściwie zmierzasz tym swoim wywodem? W komórkach traszek ma miejsce jakieś pogwałcenie praw natury? Atomy się pojawiają z powietrza, całość trzyma jakieś pole siłowe, czy może każdy zachodzący tam proces to normalna reakcja chemiczna regulowana przez geny?

To że epigenom potrzebuje integracji jest właśnie tezą, którą trzeba wykazać. Gdyby powstawał on na stole projektowym, moglibyśmy oczekiwać, że będzie zaprojektowany właśnie z jakąś „integracją”, bo tak maszyny projektują ludzkie umysły (choć w dzisiejszym komputerze obliczenia są znacznie bardziej rozproszone, niż w dawnych konstrukcjach)
Aha. Czyli mamy ostateczny argument logiczny: „to oczywiste”. Dla mnie jednak nie jest oczywiste, więc jeśli to jedyny argument, to wątek można zamknąć.
A kto mówi o przypadkowości? Te elementy mogą ze sobą współdziałać bez istnienia jakiejś centralnej integracji.
A to już antropomorfizacja. Równie dobrze możemy powiedzeć, że komórka jest programowana do wykonania określonego mechanizmu.
No i ta „integracja” zachodzi przy pomocy mechanizmów molekularnych. Ale nadal nie ma potrzeby jakiegoś centralnego czynnika „integrującego”.

zefciu
Co zatem koordynuje ilościowo-jakościowo-czasowo-przestrzennie współdziałanie ( jak nie lubisz słowa integracja) epigenomu, a konkretnie poziomy ekspresji genów np. inicjację transkrypcji? Samo się koordynuje?
http://www.zo.utexas.edu/faculty/sjaspe ... s/19.7.gif Każdy z tych etapów wymaga specyficznych i selektywnych mechanizmów, w tym makrocząsteczek dostarczanych w odpowiednie miejsce i w odpowiednim czasie. To się nie dzieje przypadkowo. Paradoks polega na tym, że pomimo niemal nieskończonej liczby przypadkowych zderzeń cząsteczek i makrocząsteczek, następuje skoordynowana selekcja w sposób specyficzny i selektywnych tych, które mają sens biologiczny np. zapewniają prawidłową ekspresję tysięcy genów. Jak w tym gąszczu molekularnym, komórka potrafi skoordynować w sposób sensowny biologiczne liczne procesy?
https://www.youtube.com/watch?v=2fobDHHl11c (symulacja bardzo uproszczona, bo pokazane są tylko nieliczne makrocząsteczki)

Akurat z tym się zgodzę.

Problemem nie jest to, że zachodzi przy pomocy mechanizmów molekularnych, tylko to, czy te mechanizmy ( przede wszystkim makrocząsteczki) działają w sposób skoordynowany (w sposób, o jakim już pisałem) - co jest czynnikiem koordynującym ten złożony proces? Nie wiem, czy to jest jeden, czy kilka czynników, ale to współdziałanie jest skoordynowane.
Schemat: czynnik integrujący - epigenom - geny.