Projekt ENCODE, a funkcję "śmieciowego" DNA



http://natemat.pl/30109,przelom-w-genet ... wazna-role

'Miażdżącą większość niekodującego DNA (nazywanego też "śmieciowym DNA") "jest tak naprawdę swego rodzaju panelem kontrolnym z przełącznikami regulującymi funkcjonowanie naszych genów.Rozszyfrowując niekodujące sekwencje zespół projektu ENCODE zidentyfikował 4 mln "przełączników" genetycznych. "Nasz genom jest żywy dzięki tym milionom przełączników, które określają, czy dany przełącznik ma być "włączony" czy "wyłączony" – tłumaczy Ewan Birney z Europejskiego Laboratorium Biologii Molekularnej i Bioinformatyki (LEBM-IEB), główny koordynator analizy.
Bez tych przełączników geny nie funkcjonowałyby, a zmiany w tych rejonach mogłyby prowadzić do chorób" - podkreślają naukowcy w raporcie.

Badania ENCODE wykazały, że 80 proc. genomu ma funkcję aktywną, a duża liczba przełączników jest specyficzna dla gatunku ludzkiego, jak zaznacza prof. Alexandre Reymond z Uniwersytetu w Lozannie. Przyznaje, że nadal nie wiadomo, do czego służy pozostałe 20 proc. genomu. Jeżeli chodzi o "przełączniki" (elementy regulujące), to nie wiadomo dokładnie, w jaki sposób interweniują.

A więc z 95% zrobiło się 20% DNA, co do którego funkcji uczeni nie mają pewnych informacji. Poczekajmy jeszcze trochę i ta tajemnica zostanie rozwiązana. W każdym bądz razie NIKT już tych 20% nie nazywa "śmieciowym" DNA. No tak "dowody" na ewolucję jak zwykle leżały w lukach w naszej wiedzy. Neodarwinizm, to taki bożek zapchajdziura.

A richard Dawkins w swojej przedostatniej książce bardzo powoływał się na motym ze "śmieciowym DNA", z braku dowodów na ewolucję. Jak zwykle nie miał racji.



O "śmieciowym DNA" pisałem też tutaj:

http://bioslawek.wordpress.com/2012/04/ ... owego-dna/
Mit “Śmieciowego DNA”

A więc ten cały mit o smieciowym DNA należy wyrzucić na śmietnik historii. Kolejny NEOdarwinowskich (a raczej NEOmitomański) mit polamał zęby na twardej empirii. Zajrzyjcie proszę jeszcze tutaj:

http://dolinabiotechnologiczna.pl/badan ... czlowieka/

Kolejny raz następuje zmiana dotychczasowych poglądów na genom człowieka. Okazuje się, że znacznie większa część genomu Homo sapiens niż dotychczas sądzono zawiera kodujące DNA, a śmieciowe DNA niekoniecznie musi zawierać nic nie warte sekwencje. Nowe ustalenia dotyczące genomu ludzkiego publikuje dzisiaj konsorcjum ENCODE pod przewodnictwem uniwersytetu w Cambridge, na łamach magazynów „Nature”, „Science”, ”Cell”, „Genome Biology” i „Genome Research”.


W przedsięwzięciu ENCODE uczestniczyło ponad 400 specjalistów z USA, Wielkiej Brytanii, Hiszpanii, Japonii i Singapuru. W 2003 roku opublikowali oni pierwsze „wydanie” Encyklopedii Elementów DNA właśnie zwanej „Encode, w której zawarto dane o zsekwencjonowaniu genomu człowieka. Obecnie badacze w znaczący sposób poszerzyli dotychczasową wiedzę.

Do tej pory większość prac konsorcjum skupiona była na analizie fragmentów kodujących białka, jednak konsorcjum ENCODE zajęło się również tzw. śmieciowym DNA – o którym dotychczas sądzono, że nie pełni żadnej ważniejszej funkcji i fragmenty te są pozostałością po rozwoju ewolucyjnym.

Tymczasem przełomowe wyniki uzyskane przez konsorcjum ENCODE świadczą o tym, że znacznie większa część ludzkiego genomu, niż dotychczas sądzono, jest aktywna biologicznie. Według badaczy w DNA uważanym dotychczas za śmieciowe znajdują się ważne fragmenty regulatorowe ekspresji.

Nic dodać, nić ująć!

Ten wątek można wyrzucić na śmietnik historii.

Ponieważ?

Ponieważ on się czuje bardzo zawiedziony tą informacją.

Ponieważ nie ma sensu zakładać 1000 wątków o ewolucji na forum wiara. Rozumiem jakby to było specjalistyczne forum o ewolucji.

Ależ jest specjalistyczny dział "wiara i nauka". To o czym ty chcesz w tym dziale pisać?

Pleć pleciugo, byle długo...


Polecam cały artykuł.

Nie potrafisz nawet ze zrozumieniem przeczytać prostego artykułu z bloga (z resztą nie tylko ty).

Rzecz normalna, że uczeni się spierają. W tym przypadku swoje definicje usiłują narzucać biologowie ewolucyjni i w ich świetle interpretować dostępne dane. Nikt nie lubi podcinania gałęzi, na której siedzi. Z resztą autor w dalszej części artykułu ich kompromituje. ENCODE, to dobry projekt i kryteria interpretacji są dobre. W jakim celu niby na niekodujące fragmenty DNA miałby oddziaływać kod histonowy? Po co takie fragmenty miałyby być metylowane, lub trankrybowane na RNA, skoro metylacja (czy regulatorowe RNA) służy regulacji aktywności genów? Potrafisz odpowiedzieć na te pytania inaczej niż uczestnicy projektu ENCODE? Poza tym błąd był banalny, ponieważ stwierdzono, że poznano w 80% funkcje tzw. "Śmieciowego DNA", a tak naprawdę poznano rolę 20% DNA wcześniej uważanego za śmieciowe, i że 60% posiada takie funkcje (ulega transkrypcji na regulatorowe i rożne niepoznane fragmenty RNA), Z TYM, ŻE FUNKCJE TYCH SEKWENCJI SĄ NIEPOZNANE. Rozumiesz teraz: one są funkcjonalne, tylko ich funkcje (wbrew wcześniejszym deklaracjom) są niepoznane.

Z blogu Dr. Ewan'a Birney, kierownika ENCODE:

"However, on the other end of the scale – using very strict, classical definitions of “functional” like bound motifs and DNaseI footprints; places where we are very confident that there is a specific DNA:protein contact, such as a transcription factor binding site to the actual bases – we see a cumulative occupation of 8% of the genome."

W tlumaczeniu:

Jednakze, z drugiej strony, uzywajac bardzo scislej, klasycznej definicji "funkcjonalne" jak powiazane motywy i znaczniki DNaseI; miejsca gdzie jestesmy bardzo pewni specyficznych kontaktow miedzy DNA i proteinami, takich jak miejsca gdzie czynniki transkrypcji sa wiazane do baz - widzimy kumulatywny udzial 8% genomu.

Zargon techniczny jest trudny do przelozenia, ale widac z powyzszego wyraznie, ze czlonkowie ENCODE nieco na wyrost rozdmuchali doniolsosc wynikow swoich badan. Sami przyznaja, nie tylko w przytoczonym cytacie, ze cyfra 80% nie jest do obronienia.

Zreszta mniejsza czy wieksza ilosc bezuzytecznego DNA nie swiadczy przeciwko teorii ewolucji. Uscisla po prostu nasza wiedze.

Jakie konkretnie definicje "śmieciowego" DNA "narzucają" biologowie ewolucyjni? Przecież ty nie wiesz, o czym mówisz! "Śmieciowe DNA" to takie, które nie pełni żadnych funkcji biologicznych. Kropka.

Znowu ktoś ci zapomniał powiedzieć, że ewolucja NIE jest celowa? Procesy przetwarzania informacji genetycznej również nie. Po prostu działają. Tak jak działają.

A po co system operacyjny komputera po wydaniu polecenia kopiowania "stara się" wiernie skopiować plik tekstowy, do którego wcześniej wskutek przekłamania "dokleiła się" garść przypadkowych śmieci binarnych? Przecież te śmieci są bezużyteczne. Po co kopiuje całość? Po nic. Robi to, ponieważ tak działa kopiowanie plików.

Nie potrafisz nawet ze zrozumieniem przeczytać prostego artykułu z bloga (zresztą nie tylko ty). Autor artykułu pisze jasno:


W projekcie ENCODE wcale nie poznano roli tych 20%. Stwierdzono tylko, że część fragmentów "junk DNA" posiada aktywność biochemiczną. Zatem "jakąś" funkcję można im przypisać - w sensie: być może, że jakąś mają - ale nie wiadomo jaką i czy w ogóle hipoteza o tym, że pełnią jakąś rolę jest prawdziwa. Bynajmniej nie jest prawdą, że "tak naprawdę poznano rolę 20% DNA wcześniej uważanego za śmieciowe". Po prostu bzdury piszesz. W podobny sposób mogę stwierdzić np., że po wymontowaniu dysku twardego z komputera da się nim wbijać gwoździe. I upierać się, że w ten sposób poznałem rolę dysku twardego, a jest nią wbijanie gwoździ.

Co więcej, fakt, że pewna część "śmieciowego DNA" posiada aktywność biochemiczną nie jest ani trochę zaskakujący. Ponieważ ten termin oznacza DNA, które obecnie nie pełni żadnej funkcji biologicznej. Podobnie w kodzie źródłowym programu Foo w wersji 12.0 może znajdować się kod funkcji foobar, która nie jest nigdy i nigdzie wywoływana (wykonywana) przez program. Po prostu pozostał ze starej wersji 1.5, bo programista go z jakiegoś powodu nie usunął. Ponieważ to ten sam program, choć w innej, późniejszej wersji, nic dziwnego, że foobar potrafi operować na obiektach danych używanych w programie. Mimo że nigdy tego faktycznie nie robi, obecnie nie pełni żadnej funkcji w programie. Tak więc, ustalenia zespołu ENCODE w rzeczywistości póki co nie tyle podważają, ale wręcz przeciwnie: potwierdzają ewolucję informacji genetycznej. Dopóki nie zostanie faktycznie poznana funkcja tych fragmentów DNA, należy przyjąć najprostsze wyjaśnienie: posiadają aktywność biochemiczną, ponieważ kiedyś były do czegoś używane.

Ba! W ogóle nie wiadomo, czy one mają jakieś funkcje. Ulegają transkrypcji, czyli "przepisują się" na inny kod. I co z tego?!? Dowolny program dokonujący automatycznej zamiany ISO-8859-2 na UTF-8 również dokona transkrypcji dowolnego tekstu - bez względu na to, czy dany tekst jest sensowny.

Sorry, ale to brednia, jakich mało. "Funkcjonalny" to taki, który spełnia jakąś funkcję. Żeby stwierdzić, że jakiś fragment DNA jest funkcjonalny, musisz podać, jakie funkcje spełnia, lub wykazać, że bez niego organizm nie funkcjonuje prawidłowo (lub: funkcjonuje inaczej). Tego zespół ENCODE nie zrobił. Ty też nie. Twierdzenie, że te fragmenty są funkcjonalne, to co najwyżej hipoteza. Na której potwierdzenie nadal brak śladu dowodów.

Oczywiście, nie zrozumiałeś, co empirycznie wykazano. Więc wykrzykujesz buńczuczne, gołosłowne hasełka. Nic nowego.

Rzecz normalna, że uczeni się spierają. W tym przypadku swoje definicje usiłują narzucać biologowie ewolucyjni i w ich świetle interpretować dostępne dane.



Przecież wyjaśniono to w artykuliku, na który dałeś namiar. Na podstawie założeń arbitralnych. Na podstawie rekonstrukcji filogenetycznych.

W jakim celu[/color] niby na niekodujące fragmenty DNA miałby oddziaływać kod histonowy?



Działają i to działanie można zinterpretować, jako działanie bezużyteczne. Czy masz jakieś dowody na to, że są to przykłady transkrypcji bezsensownych, ogromny bagaż ewolucyjny? Ciekawe w jakim celu organizm miałby utrzymywać tak kosztowne procesy i w tak konserwatywnej wersji u tak wielu różnych organizmów. Wybacz, ale twoja argumentacja nie trzyma się kupy.

Po co takie fragmenty miałyby być metylowane, lub trankrybowane na RNA, skoro metylacja (czy regulatorowe RNA) służy regulacji aktywności genów?



To jest błędna analogia, ponieważ system operacyjny komputera i aparat transkrypcyjny, regulacja genów itd., to całkiem odmienne procesy. Poza tym czegoś tutaj znowu nie rozumiesz. W świetle twojej argumentacji (od biedy) dało by się jeszcze wyjaśnić dlaczego "śmieciowe DNA" jest na podczepkę replikowane z całą resztą genomu i uzasadnić to twierdzeniem, że nie zmniejsza to dostosowania organizmu (twierdzenie wzięte z sufitu). Ale mechanizm regulacji ekspresji genów, to proces zupełnie inny, o działaniu którego chyba masz małe pojęcie. Innymi słowy pomieszały ci się pojęcia.

tak naprawdę poznano rolę 20% DNA wcześniej uważanego za śmieciowe[/quote]Nie potrafisz nawet ze zrozumieniem przeczytać prostego artykułu z bloga (zresztą nie tylko ty). Autor artykułu pisze jasno:



Cały czas próbuje się to wyjaśnić. A co do założeń, to chyba sobie już te sprawy wyjaśniliśmy?



Na podstawie porównań z procesami już poznanymi z dużą dozą prawdopodobieństwa można wysunąć tezę, że pełnią one funkcje regulacyjne. Co do dalszych 60% nie wiadomo, jakie funkcje pełnią, biologia rozkłada ręce, ale mocne przesłanki, wymienione wyżej, pozwalają twierdzić, że jakieś pełnią. W każdym bądź razie teza o istnieniu "Śmieciowego DNA" okazała się błędna już dano temu. Po tym, jak się okazało, że pewne fragmenty genomu uważane z śmieciowe DNA pełnią funkcje regulatorowe. Poza tym istnieje logiczna i powtarzalna, a przy tym (jak wyżej wspomniałem) logiczna gramatyka sekwencji uważanych za śmieciowe DNA. Jeżeli dobór dostrzega te sekwencje i je konserwuje, to samo przez się jest zrozumiałe, że muszą pełnić jakieś funkcje. Nawet, jakby sekwencje te były neutralne dla organizmu i samolubnie replikowały się przez kolejne pokolenia, to w tak długich okresach czasu mutowałyby i zniszczyły aktywność biochemiczną, która umożliwia procesy transkrypcyjne, rekombinacyjne i inne. Jednak dzieje się inaczej: dobór dostrzega te mutacje i je systematycznie eliminuje. Możesz odpowiedzieć dlaczego tak się dzieje?. Rozważ Powtórzenia tandemowe (satelitarny DNA). Są to odcinki powta­­rzające wielo­krotnie ten sam motyw, spoty­kane w różnych miejs­cach DNA. Dzielą sie na: mikrosatelity: do 1000 par zasadc (funkcja jest niepoznana). Minisatelitarny: 1–30 tys. par zasad. Makrosatelitarny: długość nawet kilku mln par zasad. Nadaje strukturę chromo­somom i umożliwia ich replikacjię. Rozważmy teraz dla przykladu jedną zpowtarzalnych sekwencji: AATCCCAATCCC. Teraz zaprezentujmy dłyższy fragment takich tandemowych powtórzeń:

AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC AATCCCAATCCC (....) I tak dalej aż do od kilku do kilkudziesięciu tysięcy.

Jakiego rodzaju selekcja naturalna mogła wygenerować tak powtarzalną gramatykę genetyczną i jakie to mogło dawać korzyści selekcyjne (jaką przewagę selekcyjną) zanim tym podobne sekwencje rozrzucone po genomie stały się rzekomo sekwencjami śmieciowymi. W dalszym ciągu jednak konserwowanymi przez dobór, poza nielicznymi polimorfizmami, która zdają się mieć też jakiś ścisły sens biologiczny. Potrafisz odpowiedzieć na na te pytania/ Potrafi to uczynić jakikolwiek biolog ewolucyjny na świecie? Nie, oni potrafią się jedynie przechwalać i szarogęsić, a jak się przyjrzeć problemowi bliżej, to się okazuje, że tak naprawdę nie mają oni do zaproponowania niczego w miejsce założenia, że te sekwencje pełnią jednak wiele użytecznych funkcji.



i że 60% posiada takie funkcje (ulega transkrypcji na regulatorowe i rożne niepoznane fragmenty RNA), Z TYM, ŻE FUNKCJE TYCH SEKWENCJI SĄ NIEPOZNANE.



Znowu popełniasz błąd ze zlej analogii, na który zwróciłem ci uwagę wcześniej (ciekawe czy zrozumiesz na czym polega twój błąd w szukaniu analogii do procesów genetycznych w programach komputerowych. Może jedyna, jaka jest to ta,że każdy program musiał ktoś inteligentny napisać). Poza tym arbitralnie wychodzisz z założenia, że te sekwencje nie pełnią żadnej funkcji pomijając lawinę obserwacji (pisałem o tym wyżej), która świadczy, że jednak użyteczne funkcje sprawują. Popełniasz przy tym błąd logiczny, ponieważ usiłujesz dowodzić swoich racji tezą, która sama domaga się uzasadnienia.

Rozumiesz teraz: one są funkcjonalne, tylko ich funkcje (wbrew wcześniejszym deklaracjom) są niepoznane.



W wielu doświadczeniach wykazano, że usuwanie pewnych fragmentów tzw. śmieciowego DNA prowadziło do wad rozwojowych i różnych schorzeń. Przeprowadzono też doświadczenia, które pokazały, że usuwanie myszom fragmentów tych sekwencji nie wywoływało żadnego widocznego efektu w fenotypie. Ale mimo to naukowcy doszli do wniosku, że te usunięte fragmenty były jakoś rekompensowane zapasowymi kopiami i sekwencjami, które kopiami być nie musiały, tych usuniętych sekwencji. A do wniosków takich doprowadziły uczonych banalne obserwacje (pisałem o tym wyżej), że sekwencje te są mimo wszystko wysoko konserwatywne. A więc muszą pełnić jakieś funkcję. Poza tym biologia molekularna, to nauka młoda. Poczekaj jeszcze ze 20 lat, a może poznasz funkcje przynajmniej niektórych z tych sekwencji.

A więc ten cały mit o smieciowym DNA należy wyrzucić na śmietnik historii. Kolejny NEOdarwinowskich (a raczej NEOmitomański) mit polamał zęby na twardej empirii. Oczywiście, nie zrozumiałeś, co empirycznie wykazano.



Pozostaje mi tylko na koniec stwierdzić, że masz mierne pojęcie o procesach molekularnych. Opierasz swoje wnioski jedynie na często opacznie rozumianych artykułach blogowych. Poczytaj może coś fachowego?

http://shapiro.bsd.uchicago.edu/



Genome System Architecture and Natural Genetic Engineering

http://shapiro.bsd.uchicago.edu/ReplTrans.gif

http://shapiro.bsd.uchicago.edu/genome.shtml

http://shapiro.bsd.uchicago.edu/Shapiro ... olRevs.pdf
Why repetitive DNA is essential to genome function

Tutaj coś po polsku. Komentarza do artykułu o myszach, o ktorym wspomnialem wcześniej:



http://migg.wordpress.com/2007/11/15/gr ... /#more-458

"Kilka lat temu w Nature pojawiła się praca, której autorzy chcieli sprawdzić, czy te sekwencje rzeczywiście są potrzebne. Postanowili zatem wyciąć myszom spore fragmenty genomu, w których nie ma żadnych kodujących białka genów – 2 miliony par zasad w jednym miejscu i milion par zasad w drugim. Fragmenty te zawierały ponad 1000 krótkich sekwencji, które są podobne u myszy i człowieka – a takie podobieństwo, utrzymujące się przez miliony lat ewolucji, sugeruje, że te sekwencje są ważne (a nie 85% genomu, jak twierdził Eryk). Tego typu sekwencje zajmują kilka procent naszego genomu. Jednak myszy po wycięciu tych milionów par zasad świetnie sobie radziły.
Naukowcy obserwowali je przez pół roku, mierzyli, ważyli, porównywali i nic. Wszystkie wyglądały, jakby niczego im nie brakowało. Badacze przetestowali nawet ekspresję genów znajdujących się w okolicach wyciętych fragmentów, i na 9 badanych genów w 12 różnych tkankach udało im się wreszcie znaleźć dwie niezbyt wielkie różnice. Sprawdzili więc, czy te konserwowane między myszą a człowiekiem sekwencje, które znajdowały się w usuniętych fragmentach, są w stanie wpłynąć na ekspresję genu reporterowego – czyli takiego, którego działalność łatwo zmierzyć – w hodowlach komórek. Okazało się, że tylko jedna coś robi. Jaki z tego wniosek? Choć oczywiście nie można wykluczyć, że istnieją jakieś różnice między myszami z wyciętym fragmentem, a myszami, które go mają, wygląda na to, że te niekodujące sekwencje nie są konieczne do normalnego funkcjonowania. Wspiera to koncepcję, że część DNA organizmów eukariotycznych nie pełni żadnej funkcji.

Nie jest to zresztą jedyna praca tego typu. Niedawno w PLoS Biology pojawił się artykuł, którego autorzy wycięli myszom cztery starannie wybrane krótkie fragmenty niekodującego DNA (od 222 do 751 par zasad). (a nie 98% DNA jak twierdził Eryk)Były to takie kawałki, które u człowieka, myszy i szczura są identyczne – należą do tzw. elementów ultrakonserwowanych, których w ludzkim genomie naliczono prawie 500). Dodatkowo wycięte sekwencje zwiększają ekspresję genów reporterowych w hodowlach komórkowych . I co? I nic. Wszystkie tak poprzycinane myszy żyły, rozmnażały się, i nie miały żadnych problemów. Jedyny wyjątek to dwie myszy ze stu z jedną z tych delecji, które miały tylko po jednej nerce, jednak tak rzadkie występowanie tego fenotypu nie pozwala jednoznacznie stwierdzić, że jest on wynikiem usunięcia ultrakonserwowanego elementu. Podobnie, jak poprzednio autorzy zastrzegają, że być może istnieją jakieś różnice, których nie udało im się wychwycić. Przypuszczają też, że jeśli te wycięte elementy pełnią jakieś funkcje – przecież in vitro potrafią podwyższyć poziom ekspresji genów – to i tak znalazł się inny fragment genomu, który był w stanie je zastąpić (czyli, jak przewidywałem. Utrata tych fragmentów musiała być rekompensowana innymi sekwencjami zapasowymi)."

Możesz też poczytać trochę moich pokrewnych do tematu opracowań popularnych. Np:

http://bioslawek.wordpress.com/2012/01/ ... trolowana/
Ewolucja kontrolowana

http://bioslawek.wordpress.com/2012/05/ ... t-i-ludzi/
Czy nieaktywne receptory węchowe stanowią dowód wspólnego pochodzenia zwierząt i ludzi?

@bioslawek
Jak już się nauczysz poprawnie cytować wypowiedzi z forum, to wróć i napisz jeszcze raz. Tym razem jak należy, czytelnie. Bo nie zamierzam się przebijać przez taki śmietnik, jaki tworzysz. Chaos w formie wypowiedzi świadczy o chaosie myślowym, o śmietniku w głowie. Nie mam zamiaru babrać się w śmieciach.

Nie wiem o co ci chodzi, ale twoje ataki personalne dowodzą,że zrozumiałeś swoje błędy i zabrakło ci słów. Następnym razem zanim się zabierzesz za dyskusję o biologii molekularnej poukładaj swój "śmietnik" w głowie, a może stanie się w końcu funkcjonalny.