Chyba się lepiej nie dało tego podsumować.
No nie do końca. Tensorowe sieci neuronowe, których człowiek używa do rozmaitych celów też są zagmatwane i nieskoordynowane. A są jednak dziełem człowieka (i ewolucji też).

Zefciu Nie wiem, o jakich atrapach wiedzy myślisz? Jakie masz inne propozycje? proteom Zefciu Nie wiem, czy ten czynnik jest nadprzyrodzony. Są różne koncepcje dynamiki biologicznej i jedną z nich jest arystotelesowsko-tomistyczną, „witalistyczną” koncepcją życia (AT). Dla większej jasności można tu dodać, że wg AT obserwowalna dynamika biologiczna to nie
jeden, lecz dwie, odmienne formy procesów. Pierwszy, to budowanie narzędzi, organów (rozwój,
embriogeneza) z relatywnie homogenicznego materiału (homogeneous mass), zdeponowanego w jaju
(„posagu”), a w dalszych etapach życia pobieranego z otoczenia. Drugi to zintegrowane,
skoordynowane działanie, funkcjonowanie gotowych organów (dynamika fizjologiczna).
Funkcjonalna, dynamicznie niepodzielna struktura narządów jest “celem” procesów budowania,
epigenezy. Z drugiej strony, wg AT, zarówno procesy budowania jak i późniejsze procesy
manipulowania narządami, są przejawami działania „Czynnika integrującego”, który w różnych
okresach historii był nazywany „duszą wegetatywną” (psyche trofica), ,„vis formativa”, entelecheia …
itp. Ta teoria jest nazywana „witalizmem” i postuluje pluralizm substancji żywych (wielość gatunków
naturalnych) i świata minerałów, a więc przeciwstawia się rozpowszechnionemu dziś w
przyrodoznawstwie monizmowi materialistycznemu.[...]Schemat procesów poznawczych stanowiących fundament
koncepcji życia AT
Etap I. Obserwacja procesów biosyntezy, morfogenezy, embriogenezy, adaptacji i regeneracji.
Etap II. Obserwacja powtarzalności procesów epigenezy w kolejnych pokoleniach
konkretnego gatunku naturalnego.
Etap III. Dostrzeżenie precyzyjnych i zintegrowanych ze względu na
dynamikę efektu końcowego, ograniczeń dynamiki materii mineralnej. Innymi
słowy jest to dostrzeżenie celowości dynamizmów biologicznych.
Etap IV. Poszukiwanie racjonalnego i całościowego wyjaśnienia tych
ograniczeń.
Etap V. Postulowanie „integrującego czynnika
ograniczającego” („duszy”) proporcjonalnego do dynamiki
konkretnego gatunku naturalnego.
Etap VI. Postulowanie aktów stwórczych, powołujących
do istnienia różnorodne dusze gatunków biologicznych i
kształtujących z materii mineralnej odpowiednich form
„posagu”. Powyższy schemat ukazuje, że postulat „duszy” oswobadza niejako Stwórcę, od konieczności
nieustannych interwencji w przebieg dynamizmów biologicznych, oraz tłumaczy, dlaczego w
pewnych warunkach dynamika biologiczna ulega uszkodzeniom, rozmaitym formom patologii i
wreszcie śmierci. Gdyby dynamika biologiczna oparta była na nieustannej interwencji Stwórcy, wtedy
trudno by było pogodzić Jego Wszechmoc z obserwowanymi załamaniami dynamiki biologicznej.
Wprowadzenie pojęcia rozmaitych dusz biologicznych decyduje o tym, że AT jest doktryną
metafizycznego pluralizmu
Więcej http://lenartowicz.jezuici.pl/wp-conten ... cepcje.pdf

ErgoProxy To, że komórka rekrutuje np. jakieś białka jest dość częsty zwrotem w opisach procesów biologicznych, dokonywanym przez naukowców. Taki użyteczny antropomorfizm. Jeśli odrzucisz taki opis, to co w zamian proponujesz? Jaką koncepcję dynamiki biologicznej? Faktem jest zintegrowana i skoordynowana na wielu poziomach regulacja epigenomu, w tym ekspresja genów. Jaki czynnik lub czynniki za to odpowiadają - masz jakiegoś "kandydata"? Komórka nie posiada ludzkiej inteligencji, ale w ramach dynamiki biologicznej mają miejsce procesy zintegrowane i skoordynowane.
Nie wiem, czy komórka ma Ducha, ale z pewnością procesy w niej się odbywające wymagają selektywnej i specyficznej formy integracji. Jaka jest jej natura, to już problem filozoficzny/metafizyczny. Jedną z propozycji jest arystotelesowsko-tomistyczną, „witalistyczną” koncepcją życia (AT). http://lenartowicz.jezuici.pl/wp-conten ... cepcje.pdf Masz inną - czekam na pomysły.

Nie ma takiego czynnika.

Doszukiwanie się go stanowi artefakt umysłu człowieka, który wyewoluował do ciosania pięściaków, więc widząc komórkę - kojarzy "pięściak, a zatem wytwórca pięściaków". Otóż komórka "pozlepiała się" sama z takiego materiału, jaki był w okolicy. Dlatego jest tak złożona; obecność jakiegokolwiek "czynnika integrującego" poskutkowałaby prostszą konstrukcją.

ErgoProxy To jest wyraz Twojej wiary, a nie wiedzy wynikającej z analizy dynamiki biologicznej, choćby podanej w uproszczony sposób na kilku przykładach przeze mnie. Raczej powinieneś napisać: nie widzę takiego czynnika, bo ...
ErgoProxy
Problemem jest natura/przyczyna zintegrowanej i skoordynowanej dynamiki biologicznej, a nie kiedy, jak i przez kogo/co została powołana do istnienia. ErgoProxy Skąd to wiesz? Co to znaczy" prostsza konstrukcja" - wg jakich kryteriów to oceniasz? Mam wrażenie, że chyba nigdy nie czytałeś uważnie jakiejś książki czy artykułu z biologii molekularnej/cytologii/epigenomiki itp., bo strasznie to banalizujesz. Przemycasz różne założenia metafizyczne - ciekawe, czy jesteś tego świadomy?

ErgoProxy
. Wg jakich kryteriów oceniasz prostotę procesów chemicznych? Dlaczego prostota miałaby dowodzić, że stoi za tym jakaś myśl ( cokolwiek to znaczy?). Są w komórkach szlaki metaboliczne jednoetapowe i wieloetapowe - to zależy od związku chemicznego i enzymu dokonujących specyficznych modyfikacji prekursorów. Jako chemik wiem, że są złożone związki chemiczne i nie da się ich z prostych substratów zsyntezować w jednym etapie np. cykl Krebsa. https://pl.wikipedia.org/wiki/Cykl_kwasu_cytrynowego ErgoProxy
Przypuszczam, że nie jesteś chemikiem, stąd dość frywolnie podchodzisz do problemu. Akurat szlaki metaboliczne wyglądają na zaprojektowane, gdyż są podobne do fabryk chemicznych stworzonych przez ludzi https://ecocyc.org/overviewsWeb/celOv.shtml Nie szukam mechanizmu koordynującego, bo on istnieje, choć sprawą subiektywną i dyskusyjną jest jego prostota np. transkrypcja eukariotyczna. W skład mechanizmu koordynującego np.: transkrypcję wchodzą kompleksy białek. https://www.cell.com/current-biology/fu ... 60-9822(08)01569-8 Poszukiwanie dotyczyć może czynnika integrującego powstawanie skoordynowanej w czasie i przestrzeni ekspresji tysięcy genów na wielu etapach. Mimo wielu lat badań i nowych odkryć wciąż aktualne pozostają pytania, jakie postawił w 1995 r. harwardzki prof. biologii Kevin Struhl: 1) W jaki sposób aktywatory i represory wpływają na podstawową maszynerię transkrypcyjną komórki? (2) W jaki sposób regulowane są działania samych czynników transkrypcyjnych? oraz (3) W jaki sposób zintegrowane są różne ścieżki regulacyjne w celu koordynacji wzrostu komórek i odpowiedzi na sygnały zewnętrzne. Czy mamy odpowiedz na te pytania? Po przeczytaniu artykułu w prestiżowym http://www.genetics.org/content/189/3/705 z jednej strony czuję satysfakcję, a z drugiej - niedosyt: tyle jeszcze pracy przed naukowcami.

I to napisał człowiek, który usiłuje wepchać duszę do nauki?


...nie zachłystuję się złożonością, której pojedynczy człowiek nie ogarnie, albo zrobi to z wielkim trudem. Nie zachłystuję się, bo wiem, że struktury trudne do opisania "z wyglądu" da się generować z zawstydzająco prostych reguł na wejściu procesu. Czy np. hasło "system Lindenmayera" mówi coś po drugiej stronie kabla?


Problemem jest C równe A, a nie B równe A. Ręce opadają.


Liczby elementów uczestniczących w procesie i procesu etapów.


Mam wrażenie, że po drugiej stronie kabla nie znają się na matematyce, i to na poziomie pop-sci.


Przemycam naturalizm, bo jest płodny poznawczo.

Akurat orzechy włoskie myślą, gdyż są podobne do mózgu ludzkiego z wyglądu. Ja podchodzę frywolnie do problemu?

Chciałbym Wam przedstawić proces, który wg mnie wymaga działania czynnika integrującego. Tym procesem jest splicing. https://pl.wikipedia.org/wiki/Splicing odbywa on się poprzez usunięcie intronów (sekwencji niekodujących) i połączenie eksonów (sekwencji kodujących) z prekursorowego mRNA organizmów eukariotycznych. Proces ten zachodzi podczas obróbki posttranskrypcyjnej po to, by dojrzały mRNA, przygotowany do translacji, kodował ciągły łańcuch polipeptydowy (od kodonu start do stop). Splicing katalizowany jest przez kompleks białek i RNA zwany spliceosomem. Co wchodzi w skład spliceosomu? Dobrze zostało to przebadane u drożdży i przedstawione w znakomitym artykule: https://cshperspectives.cshlp.org/conte ... 32391.long W skład maszyn molekularnych ( kompleksów białek) dokonujących obróbki wchodzą:
[ciach – flooding, z]
Każdy z tych kompleksów powstaje w sposób skoordynowany ( na różnych etapach ekspresji każdego z tych genów!) i składa się ze specyficznych białek i snRNA połączonych we właściwy sposób i w określonym czasie. To warunek konieczny, ale nie wystarczający do przeprowadzenia splicingu. Te kompleksy są dostarczane tylko do tych pre-mRNA, które zawierają introny. Genów, które kodują intronowe pre-mRNA jest mniejszość ( ok 6%) rozsianych po całym genomie i różnych chromosomach. W tym gąszczu różnych cząsteczek RNA musi nastąpić wybór i rekrutacja tylko do tych intronowych pre-mRNA, choć mechanizm pozostaje zagadkowy. To nie koniec problemów. Kluczowy jest proces sekwencyjnego cięcia pre-mRNA ( rys.2). W 10 etapowym procesie we właściwej kolejności są dostarczane w specyficznym miejscu i czasie są dostarczane w sposób selektywny specyficzne kompleksy. Konieczność działania czynnika integrującego polega na koordynacji w: przestrzeni ( tylko w pre-mRNA intronowe); w czasie ( tylko w czasie procesu transkrypcji pre-mRNA); jakość ( specyficzne kompleksy w odpowiedniej kolejności); ilość ( proporcje tych kompleksów).
Dodam, że proces modyfikacji RNA dotyczy też innych cząsteczek: t-RNA i r-RNA. W ich proces są rekrutowane liczne, specyficzne białka i snRNA - we właściwym miejscu i czasie. Proces modyfikacji t-RNA https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6391926/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3632480/ Maszyny molekularne biorące w tym udział https://www.yeastgenome.org/go/GO:0008033 Warto zwrócić uwagę, że pre-mRNA jest modyfikowany tylko w jądrze komórkowym, a pre-tRNA podróżuje między jądrem a cytoplazmą, w sekwencyjnym procesie tworzenia dojrzałego t-RNA https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articl ... gure/fig1/ Poza tym t-RNA podlega licznym i specyficznym modyfikacjom pojedynczych nukleotydów ( tego nie ma w mRNA) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articl ... gure/fig4/
Modyfikacje r-RNA i bialka biorące w tym udział https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4361047/ https://www.yeastgenome.org/go/GO:0006364
Co i w jaki sposób integruje te wszystkie złożone procesy, jest jak najbardziej zasadne. Inaczej byśmy w tej fabryce chemicznej, jaką jest komórka, mieli chaos, a nie sensowne biologicznie procesy.

Banalizujesz problem, ale to może wynikać z Twojej niewiedzy i/lub braku wglądu w istotę zjawiska biologicznego. Analogia błędna, bo wiemy, że orzechy włoskie nie myślą, a procesy chemiczne w komórkach są "obsługiwane' przez maszyny molekularne. Zachodzi to ultra szybko i mikro skali.

ErgoProxy
Kto wpycha duszę do nauki? Arystotelesowsko-tomistyczna jest koncepcją filozoficzną, a nie naukową. Czytałeś artykuł http://lenartowicz.jezuici.pl/wp-conten ... cepcje.pdf ?
ErgoProxy
Jak to się ma do problemu dynamiki zjawiska biologicznego, a zwłaszcza integracji i koordynacji ekspresji genów? Może zamiast rzucać hasła, trochę to rozwiniesz. Zachęcam do tego.

ErgoProxy
Gdzie wg Ciebie popełniłem błąd w rozumowaniu? Więcej konkretów, a mniej haseł.




Mam wrażenie, że po drugiej stronie kabla nie znają się na matematyce, i to na poziomie pop-sci.

ErgoProxy
Są różne naturalizmy.
Istnieją dwa rodzaje naturalizmu i tylko jeden z nich jest naukowy. Pierwszy, opisywany wyżej to tak zwany naturalizm metodologiczny. Określa on to w jaki sposób badamy i tłumaczymy rzeczywistość, a nakazuje on tłumaczyć zjawiska bez odwoływania się do przyczyn ponadnaturalnych. Co jednak ważne nigdzie nie zakłada ani tym bardziej nie wskazuje on na to, iż istnieją tylko przyczyny naturalne.[...]Drugi to naturalizm ontologiczny, do którego odwołują się tak zwani "nowi ateiści". Jest to pogląd filozoficzny należący do "rodziny" monizmów głoszącym, że nie istnieje inna sfera rzeczywistości niż materialna. Problem naturalizmu ontologicznego polega na tym, iż nie jest to perspektywa naukowa. Nie posiadamy żadnych dowodów na to, że tak w rzeczywistości jest, więc naturalizm ontologiczny nie posiada żadnego patentu na racjonalność. https://www.deon.pl/spolecznosc/artykuly-uzytkownikow/wiara-i-kosciol/art,353,nie-do-konca-taki-naturalny-naturalizm.html

Wow. Deon. Jakby wrzucić definicję naturalizmu z racjonalisty albo innego siedliszcza ateistów, to okażę się, że to ultraracjonalna postawa. Ale mniejsza o to.

Trochę to zabawne, że próbujesz doszukać się cudów przez niedoskonałości. Bo jeśli Bóg w każdej komórce organizmu musi dokonywać zawrotnej liczby interwencji, żeby ona w ogóle działała, to ma niezłe bugi na produkcji.

Inna sprawa i jest to coś na co zdaje mi się wskazywał zefciu - wystarczy spojrzeć na tą kwestię z perspekywy ewolucji. Wtedy nie tylko żaden "czynnik integrujący" nie tylko nie jest konieczy ale nie byłby nawet korzystny.

Po pierwsze - zdaje mi się, że patrzysz na to trochę w ten sposób, że to i siamto działa tak a nie inaczej żeby organizm mógł przeżyć. A tymczasem działa tak a nie inaczej tylko dlatego, że działało tak u poprzednich generacji i ich nie zabiło.

Po drugie ten cały czynnik, czymkolwiek materialnym by nie był, rozwalałby wszystko gdyby sam uległ jakiejś zmianie. Jeśli zaś ma być niematerialny to nie bardzo jest o czym dyskutować

Alugard Co Ci się w tych definicjach nie podoba, poza tym, że są z deona?

Alugard Co w tym jest zabawnego? Piękno życia jest cudem, choć wiem, że nie każdy tego doświadcza - niestety. Mam nadzieję, że Ty do tej grupy ludzi się nie zaliczasz? W AT koncepcji filozoficznej "duszy wegetatywnej" Bóg właśnie w ogóle nie musi interweniować. Odsyłam do http://lenartowicz.jezuici.pl/wp-conten ... cepcje.pdf https://www.kul.pl/files/57/encyklopedi ... _dusza.pdf http://lenartowicz.jezuici.pl/wp-conten ... /dusze.pdf

Alugard Skąd to wiesz? Pochodzenie ( ewolucyjne) zjawiska biologicznego, nie wyjaśnia jego aktualnej: całościowej, skoordynowanej i zintegrowanej dynamiki np. to, że informacja genetyczna powstała drogą ewolucji nie oznacza, że wiemy, jak funkcjonuje i jak jest odczytywana przez komórkę. Zintegrowana koordynacja czasowo-przestrzenna np. ekspresji genów jest faktem. Problemem jest: co za czynnik/czynniki tego dokonują. To, że ten czynnik/czynniki mogły powstać drogą ewolucji, nie wyjaśnia zagadki jego aktualnego funkcjonowania w komórce.

Alugard Nie wyjaśnia to jednak: dlaczego tak działa tzn.: jaki jest mechanizm(natura?) jego zintegrowanej dynamiki, a co najwyżej, że ma wartość przystosowawczą. Wiemy, jak mogła powstać wić bakteryjna; ja jednak chciałbym wiedzieć: jak ona aktualnie powstaje w komórce tzn. poznać czynniki integrujące ten system np. białka.

Alugard Dyskusja dotyczy, mechanizmu/natury czynnika integrującego. Trzeba jednak najpierw uznać, że taki czynnik, bez względu czy jest materialny, czy nie: jest konieczny do wyjaśnienia i zrozumienia dynamiki komórki, w tym epigenomu, czy ekspresji genu. Widzę konieczność integracji procesów w komórce np. eukariotycznej i chciałbym to zrozumieć np. jak się przejawia w poszczególnych systemach np. translacji białka, czy biogenezy rybosomu; i co za to odpowiada w sposób całościowy. Wiemy, że rybosomy odgrywają kluczową rolę w życiu molekularnym każdej komórki. Ponadto synteza rybosomów jest jednym z najbardziej wymagających energetycznie procesów komórkowych. W komórkach eukariotycznych biogeneza rybosomów wymaga skoordynowanej aktywności wszystkich trzech polimeraz RNA i skoordynowanej pracy wielu (> 200! ) przejściowo związanych czynników składania rybosomów. Biogeneza rybosomów jest ściśle regulowaną aktywnością i jest nierozerwalnie związana z innymi podstawowymi procesami komórkowymi, w tym wzrostem i podziałem komórek. Mamy do czynienia z linią montażową, działającą w sposób niezwykle szybki ( u drożdży ok 2000 rybosomów/minutę!) i precyzyjny. W sposób skoordynowany w czasie i przestrzeni są dostarczane do odpowiednich genów specyficzne maszyny molekularne, które dokonują zróżnicowanych modyfikacji prekursorów chemicznych o dużej złożonośći. http://jcs.biologists.org/content/126/21/4815.full
Czy widzisz konieczność integracji w procesie biogenezy rybosomów? Jeśli tak, to co za nią odpowiada?

nie pisałem nic o pięknie, a o tym, że szukasz cudu w tym, że Bóg rzekomo stworzył życie w taki sposób, że nie jest w stanie samodzielnie funkcjonować. Innymi słowy, że stworzył je dość kiepsko.

Nie dam się odesłać jeśli ma to jakiś związek to przedstaw o co chodzi.

napisałem, że taki mechanizm w ogóle nie musi istnieć, a ty dalej pytasz jak on działa? Co do tego czy wiemy dokładnie jak powstaje wić bakteryjna atom po atomie to nie wiem nawet czy dysponujemy techniką, która pozwalałaby to wszystko prześledzić, więc może ktos inny ci odpisze.

a ja nie :C

Alugard Ty chyba żartujesz? Właśnie Bóg stworzył tak życie, iż może samodzielnie funkcjonować - nie wymaga Jego nieustannych interwencji.

Jeśli chcesz wiedziec, jaki to ma związek to musisz przeczytać ze zrozumieniem- nie da się tego zrobić bez wysiłku.

Alugard

Jakie masz merytoryczne argumenty na rzecz swojej tezy? Przedstawiłem Ci swoje. Jeśli nie zgadzasz się z nimi - napisz konkretnie z którymi i dlaczego?
Alugard To jest merytoryczny argument, czy przekomarzanie się?