Los związał księdza Henryka Jankowskiego z „Solidarnością" już od czasu strajków sierpniowych 1980 roku. Jako pierwszy z duchownych ośmielił się pójść do strajkujących w Stoczni Gdańskiej. Odprawiał u nich Msze św. i płomiennymi kazaniami podtrzymywał wolę oporu, zyskując powszechne poparcie. Co najważniejsze, obdarzający go absolutnym zaufaniem, Prymas Polski kardynał Stefan Wyszyński mianował go przedstawicielem Episkopatu w „Solidarności". Nawet w „Magazynie Gazety Wyborczej" z 10 września 1993 roku przyznawano, że po pierwszym zreferowaniu przez ks. Jankowskiego Prymasowi sytuacji w Stoczni odtąd codziennie bądź sam wyjeżdżał nocą do kardynała, by być rano przez niego przyjętym, bądź wysyłał kurierów. Powiadają, że miał do Wyszyńskiego dostęp nieograniczony. Początkiem tego tak wielkiego zaufania u Prymasa Tysiąclecia był ogromny sukces ks. Jankowskiego w odbudowie kościoła Św. Brygidy z ruin na początku lat 70., który zachwycił Prymasa i zyskał Jankowskiemu niepodważalną potem opinię znakomitego gospodarza i administratora. Szybko zdobyte zaufanie u stoczniowców i dokładne wnikliwe raporty o przebiegu strajku sierpniowego i jego uwarunkowaniach pozycję ks. Jankowskiego u Prymasa jeszcze bardziej wzmocniły.


Ciągle za mało doceniona jest rola, jaką odegrały wśród stoczniowców gdańskich Msze św. odprawiane w czasie strajku przez ks. Jankowskiego. A jest na ten temat bardzo ważne świadectwo zagranicznego znawcy spraw polskich Lawrence Goodwyna, autora monumentalnego dzieła „Jak to zrobiliście? Powstanie „Solidarności" w Polsce". Eksponując doniosłość Mszy św. odprawionej przez ks. Jankowskiego wśród strajkujących w Stoczni Gdańskiej, Goodwyn pisał: (...) Taką to okrężną drogą Kościół, w osobie księdza Henryka Jankowskiego, wszedł na scenę Polskiego Sierpnia. Jako posługa religijna, msza odprawiona w niedzielę rano nie była niczym niezwykłym; ale jako wydarzenie polityczne ogromnie pomogła robotniczej sprawie. Słuszność strajku, kwestionowana od momentu dwóch sprzecznych oświadczeń Wałęsy złożonych w przededniu, została teraz jakby przebudowana dostojeństwem szat liturgicznych Jankowskiego i jego wysokiej, nieomal królewskiej postaci. W ceremonii przy bramie Stoczni wzięło udział jakieś 5 tysięcy ludzi, w tym około 2 tysięcy mieszkańców Gdańska, którzy zgromadzili się tuż za bramą. Cały świat zobaczył obrazy polskich stoczniowców przyjmujących komunię w czasie, gdy toczą bój przeciwko komunistycznej władzy. Obraz był zarazem uderzający i zagadkowy. Nie-Polacy musieli długo zastanawiać się, dlaczego okupacyjny strajk skierowany przeciwko władzy został pobłogosławiony przez Kościół... podczas nabożeństwa odprawionego z przyzwoleniem władz... podczas którego krzyż ku czci robotników zamordowanych przez władze... został poświęcony przez Kościół. Jeśli obcokrajowcy mieli prawo pytać, czy strajkujacy są radykalnymi socjalistami, czy raczej pobożnymi dziećmi Kościoła - to mieli oni również prawo zastanawiać się, w jakiej mierze komunistyczna partia „żyruje " katolicką liturgię i w jakiej mierze Kościół katolicki „zaraził się " jakąś formą syndykalizmu. Tylko w komunistycznej Polsce mogła zdarzyć się ta poranna niedzielna msza na dziedzińcu państwowej stoczni. Co o tym wszystkim myśleli Sowieci - niech zgaduje, kto ciekawy (...).


A później przyszła wyjątkowo wielka, choć dziś jakże często przemilczana, rola ks. Jankowskiego i kościoła Św. Brygidy w najtrudniejszych dla „Solidarności" czasach stanu wojennego i późniejszych represji doby jaruzelszczyzny. To spod kościoła Św. Brygidy wychodziły jedne z najpotężniejszych w Polsce demonstracji antyreżimowych. Tu rozpoczynały się wszelkie akcje ulotkowe i protesty. A ksiądz Jankowski systematycznie wspierał finansowo rodziny wszystkich zatrzymanych z powodów politycznych i płacił grzywny za młodzież ukaraną w starciach z milicją. Ksiądz Jankowski zorganizował w kościele Św. Brygidy specjalny kącik zdelegalizowanej „Solidarności", który przez lata był niezwykłą atrakcją dla rodaków i obcokrajowców, podziwiających ten spektakularny, tak widoczny punkt oporu. O wszystkim decydowała nieugięta postawa proboszcza Św. Brygidy, który szydził ze wszystkich reżimowych pogróżek i otwarcie wychodził z wyzwaniem. Nader wymowna pod tym względem była opowieść szefa „Solidarności" w Stoczni Gdańskiej Jerzego Borowczaka, który wspominał: - Jak w stanie wojennym spotykaliśmy się w kościołach, musieliśmy wchodzić tylnymi drzwiami, pojedynczo. A u księdza to nie było podziemie: on nas przyjmował z wielką pompą. Wychodził po nas i wołał do ubeków: — „ Bliżej, bliżej, to wam lepiej te zdjęcia wyjdą ".


Kościół Św. Brygidy pod zarządem ks. Jankowskiego był jednak dla opozycji czymś dużo bardziej znaczącym niż tylko bastion oporu przeciwko władzom. To było zarazem miejsce ciągłego skupiania się „mózgów" opozycji i dyskusji nad najlepszą strategią walki przeciw władzom. Nawet w „Magazynie Gazety Wyborczej" w swoim czasie akcentowano: Historyk na pewno przyznałby poczesne miejsce księdzu Jankowskiemu za rolę w Sierpniu'80 i kościołowi Św. Brygidy jako ambasadzie podziemnego społeczeństwa polskiego w PRL (cyt. za: A. i P. Bikont „Daję, więc mam", „Magazyn Gazety Wyborczej" z 10 września 1993 roku). Sam Wałęsa wspominał po latach: (...) Na długie lata plebania księdza Jankowskiego stała się moim drugim domem i centrum „ Solidarności". Najrozmaitsze spotkania, konferencje prasowe odbywały się właśnie tam. Całe życie parafii Św. Brygidy zdawało się koncentrować na sprawach „ Solidarności". Ksiądz prześcigał wszystkich w wymyślaniu rocznicowych obchodów, imprez, sympozjów, prelekcji i czego tam jeszcze. Gdy rozpoczął się strajk majowy w 1988 roku oddał do dyspozycji „ Solidarności " swój dom i wszystkie jego zasoby, a to, że miał obszerną plebanię, sprawny samochód, dwa telefony i zawsze jakieś środki finansowe, okazało się wręcz niezbędne dla zorganizowania centrum informacji, tudzież pomocy materialnej. Dzięki niemu świat i zdezorientowani oficjalnymi doniesieniami Polacy mogli usłyszeć, co naprawdę dzieje się w oblężonej i odciętej od reszty Gdańska stoczni.


Przez szereg lat czułem się trochę jak syjamski brat księdza Jankowskiego - niemal wszędzie jeździliśmy razem, ponieważ był on „przyrośnięty " do mego boku. Miało to swoje dobre strony (bo wiadomo, że kapłan potrafi wszystko dobrze i wygodnie zorganizować), chwilami jednak było uciążliwe. Obecnie ksiądz całkowicie może poświęcić się obowiązkom duszpasterskim, a ja dalej ciągnę swój wózek. Oczywiście, tego wszystkiego, co zrobił dla mnie i dla„ Solidarności " nigdy mu nie zapomnę. A gdyby znów przyszły złe czasy, ponownie wskoczę pod habit księdza Jankowskiego — wypróbowanego przyjaciela i doradcy (...).„ (Rzeczpospolita" nr 73/2808 z 27 marca 1991 roku)


We „Wprost" z 11 sierpnia 1991 roku przypomniano, że: Znaczenie świętej Brygidy i jej proboszcza wzrosło jeszcze bardziej w 1988 roku, kiedy kościół stał się zewnętrznym ośrodkiem utrzymującym łączność z komitetami strajkowymi, a zarazem centrum informacji o strajkach. Wtedy właśnie narodził się zwyczaj cotygodniowych konferencji prasowych Lecha Wałęsy, które odbywały się w przykościelnej salce. Zdarzało się, że pod nieobecność Piotra Nowina-Konopki konferencje prowadził również ksiądz kanonik, będąc również przewodniczącym Komisji Rewizyjnej „ Solidarności". To na plebanii Św. Brygidy powstał zalążek przyszłego Komitetu Obywatelskiego (...).